| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 264,043 | C→T | 6.8% | P86P (CCC→CCT) | glpQ1 → | possible glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 264,043 | 0 | C | T | 6.8% | 266.1 / 5.6 | 87 | P86P (CCC→CCT) | glpQ1 | possible glycerophosphodiester phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/40); new base T (3/3); total (44/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
GCATTAATGCCTTACTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCATTTTTAAAAATGCC > CP000730/263904‑264181 | gCATTAATGCCTTACTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATCTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCg < 1:741432/141‑1 (MQ=255) cATTAATGCCTTACTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGc > 1:1012191/1‑141 (MQ=255) ccTTACTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGa < 1:427841/141‑1 (MQ=255) ccTTACTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGa < 1:167298/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATActt < 1:1061882/141‑1 (MQ=255) tGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCtta > 2:299635/1‑141 (MQ=255) gCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCttat < 1:627082/141‑1 (MQ=255) tAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTatat > 1:902779/1‑141 (MQ=255) aTCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTc > 1:236318/1‑141 (MQ=255) aTCATGATTTTTATTAGTAGGACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTc < 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(MQ=255) ttgatggTAGCTAGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTtat < 2:640868/135‑1 (MQ=255) aaaaGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGTCGGAAATCGTTAGTCTTCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTatat > 2:936764/1‑141 (MQ=255) aaaaGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTatat < 2:967912/141‑1 (MQ=255) aaaGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATg < 1:60511/141‑1 (MQ=255) aaaGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATg < 1:728910/141‑1 (MQ=255) aGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTCTATGGt < 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(MQ=255) ggACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTa > 2:767984/1‑141 (MQ=255) gAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATcc < 2:751594/141‑1 (MQ=255) gAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATcc > 2:161618/1‑141 (MQ=255) aTCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCAtt < 1:17961/141‑1 (MQ=255) cGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCAtttt < 2:182289/141‑1 (MQ=255) cGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCAtttt < 1:608776/141‑1 (MQ=255) aGTCATCCTGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTAGTACATTTAAATCCATTTTTaaa < 2:1087145/141‑1 (MQ=255) gTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCATTTTTaaaa > 1:255655/1‑141 (MQ=255) gTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCATTTTTaaaa > 2:404363/1‑141 (MQ=255) cccGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCATTTTTAAAAATGcc < 1:299635/141‑1 (MQ=255) cccGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCATTTTTAAAAATGcc > 1:586825/1‑141 (MQ=255) cccGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCATTTTTAAAAATGcc > 2:18325/1‑141 (MQ=255) cccGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCATTTTTAAAAATGcc < 1:230416/141‑1 (MQ=255) | GCATTAATGCCTTACTATTGCAGTTAATCATGATTTTTATTAGTAGTACATACTTAATTTTACTATTTAATATGATGTTAAAAGTAGCTGGGCAAAGCCAACTTACGATTAACAATTGGACGGAAATCGTTAGTCATCCCGCCAGTGTGATACTTCTTATTATATTCATATTAAGTGTTGCCTTTCTGATTTATGTAGAGTTTTCATTGTTAGTTTATATGGTTTATGCCGGCTTTGATCGACAGATTATTACATTTAAATCCATTTTTAAAAATGCC > CP000730/263904‑264181 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |