| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 322,033 | A→G | 5.1% | intergenic (+121/‑187) | bsh3 → / → lytM | C59 family penicillin amidase/M23 family lysostaphin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 322,033 | 0 | A | G | 5.1% | 275.6 / 4.3 | 97 | intergenic (+121/‑187) | bsh3/lytM | C59 family penicillin amidase/M23 family lysostaphin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/52); new base G (3/2); total (43/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
GTTGAATGACAATCAATAGCGATTGATAATGGAATTTGGTTGATATGATTTGATGGATGATTACTATCATGCATTAGCGTTGAATCGCGAACATGGACGAACGATTAGTTGTTAATTTTGAAAATTTATAAAAGGTTAAACGAATGCAGTGAGAGATGTCATTTTAATATCAATGTATGGCTATTTTGTAATGACAATGTAATGAGTTTAGTAAAACATTTCGGGAATATTAAATAGTTGGAAAATGAGAATTAAATCCTTTACTCAGTTGTCTAATTCT > CP000730/321894‑322173 | gTTGAATGACAATCAATAGCGATTGATAATGGAATTTGGTTGATATGATTTGATGGATGATTACTATCATGCATTAGCGTTGAATCGCGAACATGGACGAACGATTAGTTGTTAATTTTGAAAATTTATAAAAGGTTAAAc > 2:703186/1‑141 (MQ=255)gTTGAATGACAATCAATAGCGATTGATAATGGAATTTGGTTGATATGATTTGATGGATGATTACTATCATGCATTAGCGTTGAATCGCGAACATGGACGAACGATTAGTTGTTAATTTTGAAAATTTATAAAAGGTTAAAc < 1:683168/141‑1 (MQ=255)gTTGAATGACAATCAATAGCGATTGATAATGGAATTTGGTTGATATGATTTGATGGATGATTACTATCATGCATTAGCGTTGAATCGCGAACATGGACGAACGATTAGTTGTTAATTTTGAAAATTTATAAAAGGTTAAAc < 1:442622/141‑1 (MQ=255)gTTGAATGACAATCAATAGCGATTGATAATGGAATTTGGTTGATATGATTTGATGGATGATTACTATCATGCATTAGCGTTGAATCGCGAACATGGACGAACGATTAGTTGTTAATTTTGAAAATTTATAAAAGGTTAAAc > 1:820928/1‑141 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GTTGAATGACAATCAATAGCGATTGATAATGGAATTTGGTTGATATGATTTGATGGATGATTACTATCATGCATTAGCGTTGAATCGCGAACATGGACGAACGATTAGTTGTTAATTTTGAAAATTTATAAAAGGTTAAACGAATGCAGTGAGAGATGTCATTTTAATATCAATGTATGGCTATTTTGTAATGACAATGTAATGAGTTTAGTAAAACATTTCGGGAATATTAAATAGTTGGAAAATGAGAATTAAATCCTTTACTCAGTTGTCTAATTCT > CP000730/321894‑322173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |