| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 354,925 | A→G | 5.6% | S84S (AGT→AGC) | ywcJ ← | FNT family formate‑nitrite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 354,925 | 0 | A | G | 5.6% | 260.0 / 4.7 | 89 | S84S (AGT→AGC) | ywcJ | FNT family formate‑nitrite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/44); new base G (2/3); total (42/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 | |||||||||||
ATAAAAATATTTTCAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTG > CP000730/354789‑355062 | ataaAAATATTTTCAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTgg > 1:545440/1‑141 (MQ=255) aaaTATTTTCAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCat < 2:942591/141‑1 (MQ=255) atatTTTCAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCatat < 1:690041/141‑1 (MQ=255) ttCAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGATTGTCAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTcaca > 2:863744/1‑141 (MQ=255) cAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAAt > 2:1046401/1‑141 (MQ=255) cAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAAt > 1:26478/1‑141 (MQ=255) aaTACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATg > 1:81989/1‑141 (MQ=255) ctctAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTg > 2:1050705/1‑141 (MQ=255) tctAGTTGGTTTAATTACTTTATAATAGAGGCCGACAGTAAAGTGCATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTgg > 2:864798/1‑141 (MQ=255) tAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGTCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCg < 2:943056/141‑1 (MQ=255) tAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCg > 1:916101/1‑141 (MQ=255) aGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCgg < 1:976305/141‑1 (MQ=255) aGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCgg > 1:928275/1‑141 (MQ=255) ttGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTa < 1:32589/141‑1 (MQ=255) tGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTaa < 1:935248/141‑1 (MQ=255) gTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAAt > 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ttACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGtt > 2:896594/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAACTCTGGTTCgt < 2:1084728/141‑1 (MQ=255) tttATGATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGTTGGATGTAATGGCACTGGCTATATTCATAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCgtg < 2:528510/141‑1 (MQ=255) taataCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGtt < 1:558963/141‑1 (MQ=255) aataCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTg > 1:664434/1‑141 (MQ=255) ataCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCGCTAGCCATATTCACTATACCTGGTGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGc < 2:466705/141‑1 (MQ=255) ataCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGc < 2:16033/141‑1 (MQ=255) taCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCt < 2:234420/141‑1 (MQ=255) taCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCt < 1:848729/141‑1 (MQ=255) aCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCtt > 1:877276/1‑141 (MQ=255) aCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCtt < 1:156957/141‑1 (MQ=255) cAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCttt > 1:86154/1‑141 (MQ=255) cAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCttt > 1:156204/1‑141 (MQ=255) ggggtgcggTAAAGGACATGAGGTGAGTGGGTGGTAGTGCGGAGTTTGTAAATAAGATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCGCTAGCCATATTCACTATACCTGGTGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTaa < 2:615497/133‑1 (MQ=255) aCAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGat > 1:650840/1‑141 (MQ=255) cATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGAc > 1:97365/1‑141 (MQ=255) tGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCg < 2:274468/141‑1 (MQ=255) tGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCg < 1:393221/141‑1 (MQ=255) aaGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGta > 1:138038/1‑141 (MQ=255) gTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGtaat < 1:48871/141‑1 (MQ=255) gTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGtaat < 1:48955/141‑1 (MQ=255) gTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGtaat < 2:205091/141‑1 (MQ=255) cTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATGCGAAGACCGTAATAATc > 2:493123/1‑141 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aaaGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGttt < 1:321527/141‑1 (MQ=255) aaGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGtttt > 1:22100/1‑141 (MQ=255) aGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTta > 2:902187/1‑141 (MQ=255) gCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTtaa > 1:971403/1‑141 (MQ=255) cTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTtaaa > 2:967940/1‑141 (MQ=255) tGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTtaaat < 1:594679/141‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |