| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 354,940 | A→T | 5.4% | I79I (ATT→ATA) | ywcJ ← | FNT family formate‑nitrite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 354,940 | 0 | A | T | 5.4% | 277.4 / 4.7 | 89 | I79I (ATT→ATA) | ywcJ | FNT family formate‑nitrite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/44); new base T (2/3); total (42/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
TTCAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTTTTGTTCT > CP000730/354800‑355080 | ttCAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGATTGTCAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTcaca > 2:863744/1‑141 (MQ=255) cAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAAt > 2:1046401/1‑141 (MQ=255) cAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAAt > 1:26478/1‑141 (MQ=255) aaTACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATg > 1:81989/1‑141 (MQ=255) ctctAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTg > 2:1050705/1‑141 (MQ=255) tctAGTTGGTTTAATTACTTTATAATAGAGGCCGACAGTAAAGTGCATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTgg > 2:864798/1‑141 (MQ=255) tAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGTCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCg < 2:943056/141‑1 (MQ=255) tAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCg > 1:916101/1‑141 (MQ=255) aGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCgg < 1:976305/141‑1 (MQ=255) aGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCgg > 1:928275/1‑141 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taataCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGtt < 1:558963/141‑1 (MQ=255) aataCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTg > 1:664434/1‑141 (MQ=255) ataCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCGCTAGCCATATTCACTATACCTGGTGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGc < 2:466705/141‑1 (MQ=255) ataCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGc < 2:16033/141‑1 (MQ=255) taCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCt < 2:234420/141‑1 (MQ=255) taCAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCt < 1:848729/141‑1 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gTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGtaat < 2:205091/141‑1 (MQ=255) gTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGtaat < 1:48955/141‑1 (MQ=255) cTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATGCGAAGACCGTAATAATc > 2:493123/1‑141 (MQ=255) tGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATcc < 2:558033/141‑1 (MQ=255) tGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTAGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATcc > 1:1007693/1‑141 (MQ=255) ttAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGa < 2:536435/141‑1 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1:1031322/141‑2 (MQ=255) aTGTAATGGCGCTAGCCATATTCACTATACCTGGTGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAGCACGAAGACCGTAATAATACCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTtaaataaa > 2:653162/1‑141 (MQ=255) aTGTAATGGCGCTAGCCATATTCACTATACCTGGTGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAGCACGAAGACCGTAATAATACCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTtaaataaa > 2:206640/1‑141 (MQ=255) gTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACg < 1:931603/141‑1 (MQ=255) aaTGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCt < 1:996195/141‑1 (MQ=255) aTGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCtt < 2:42959/141‑1 (MQ=255) ggCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTg > 1:149447/1‑141 (MQ=255) ggCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTg > 2:150494/1‑141 (MQ=255) cTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAat < 2:1049187/141‑1 (MQ=255) tGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAata < 1:380569/141‑1 (MQ=255) ggCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAatat > 2:421452/1‑141 (MQ=255) tatTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGCTCATAAATCCTGCCATCCTCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGGTATATATCtt > 1:828714/1‑141 (MQ=255) acaATGCCTGGCGGTAAATCTGGGTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTtttttt > 2:854746/1‑141 (MQ=255) aaTGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGTTAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTTTTGTTCt < 2:344965/141‑1 (MQ=255) aaTGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTTTTGTTCt < 1:993898/141‑1 (MQ=255) | TTCAATACTCTAGTTGGTTTAATTACTTTATAATACAGGCCTACAGTAAAGTACATGAAGTTACTGGTTAGTAGTTCGGAGTTTGTAAATAAAATGAGTACTAACGCAAAGCTGAATGTAATGGCACTGGCCATATTCACAATGCCTGGCGGTAAATCTGGTTCGTGTGTTGCTTTAACTGATAATACGAAGACCGTAATAATCCCGATAATAAATCCTGCCATCATCGCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTTTTGTTCT > CP000730/354800‑355080 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |