| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 355,168 | A→G | 5.0% | S3S (AGT→AGC) | ywcJ ← | FNT family formate‑nitrite transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 355,168 | 0 | A | G | 5.0% | 285.6 / 4.5 | 100 | S3S (AGT→AGC) | ywcJ | FNT family formate‑nitrite transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/38); new base G (3/2); total (59/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTTTTGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAAATAATCAATAGA > CP000730/355028‑355306 | gcgcgTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTTTTGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCa > 2:169114/1‑141 (MQ=255) gcgTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTTTTGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACt > 1:1084318/1‑141 (MQ=255) cgTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTTTTGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACtt < 2:664434/141‑1 (MQ=255) cgTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTTTTGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACtt < 1:150494/141‑1 (MQ=255) 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atatatCTTTTGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGcc > 2:928490/1‑141 (MQ=255) tatCTTTTGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTa > 2:563199/1‑141 (MQ=255) tatCTTTTGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATAGGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTa > 2:213023/1‑141 (MQ=255) cTTTTGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTCttt > 2:188325/1‑141 (MQ=255) cTTTTGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTAttt > 2:72949/1‑141 (MQ=255) ttttGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTtg < 1:967940/141‑1 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1:649434/1‑141 (MQ=255) tATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAAtt > 2:196621/1‑141 (MQ=255) attgTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCATCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACACTGAAATCCTCGATTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATCGTCTTATTTGTGAATAAttt > 1:373718/4‑141 (MQ=255) tcatttCAACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTACTTGTGAATAATTTc < 2:928275/138‑1 (MQ=255) tCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGaaattattc < 1:609545/141‑8 (MQ=255) cGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGaaattattca < 2:916101/141‑9 (MQ=255) 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tGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAaataa < 1:345876/141‑1 (MQ=255) gACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAaataat > 1:537070/1‑141 (MQ=255) aCATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAAATAATc > 2:399403/1‑141 (MQ=255) cATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAAATAATCa > 1:583497/1‑141 (MQ=255) cATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAAATAATCa > 2:971951/1‑141 (MQ=255) aTCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAAATAATCaa < 2:131737/141‑1 (MQ=255) aTCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAAATAATCaa > 2:426239/1‑141 (MQ=255) tCCTCACTTTTGATTTGTTAATCATAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAAATAATCAAt < 2:826479/141‑1 (MQ=255) cgcACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTACTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATGTTTTAACAAACCATTTATGTTAAAATAATCAATag < 2:383359/139‑1 (MQ=255) cTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAAATAATCAATag > 2:134193/1‑141 (MQ=255) tCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAAATAATCAATaga < 1:817818/141‑1 (MQ=255) | GCGCGTAATAAATAACGTTTTAAATAAACGCTTTGTAATATATCTTTTGTTCTTATCGTTTCGACTACGTTATTTACCCAGTCGTCCCCATAAAAAATCTTATCCCATTTAATATGTTTCTCCTTCACAATGACATCCTCACTTTTCATTTGTTAATCAGAGTATACTATGAATTGCCTTATTTGTGAATAATTTCACAAAATTAATTTTAAAAACTAATATTTTTGAATAACAGCTAGGATTTTTTAACAAATCATTTATTTTAAAATAATCAATAGA > CP000730/355028‑355306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |