| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,814 | Δ1 bp | 24.0% | intergenic (+45/+63) | rlmH → / ← tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,814 | 0 | A | . | 24.0% | 119.0 / 42.1 | 50 | intergenic (+45/+63) | rlmH/tpn | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/21); new base . (3/9); total (20/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 | |||||||||||
ATGCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTT > CP000730/35675‑35951 | atGCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAg < 1:338032/141‑1 (MQ=255) gCAAAGTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGaa < 2:202555/141‑1 (MQ=255) ttattCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTc < 1:115816/141‑1 (MQ=255) cTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTg > 1:73885/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tctcATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGCAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTaa < 1:44248/141‑1 (MQ=255) aTTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCag < 1:347994/141‑2 (MQ=255) ttGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACt < 2:52812/141‑1 (MQ=255) gTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATc > 1:48997/1‑141 (MQ=255) tttAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATg < 2:30710/141‑1 (MQ=255) aaTGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCa > 1:68605/1‑141 (MQ=255) tAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGTCTAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAgtgt > 2:206164/1‑141 (MQ=255) tAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTTAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAgtgt < 1:45916/141‑1 (MQ=255) aaGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCg < 1:409093/141‑1 (MQ=255) ttCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAAc < 1:150306/141‑1 (MQ=255) tttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAAT‑AAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGc > 2:376336/1‑141 (MQ=255) gATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTAt > 1:382413/1‑94 (MQ=255) 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(MQ=255) atTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAagag > 1:176085/1‑141 (MQ=255) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc > 1:111165/10‑141 (MQ=11) gtgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc > 2:6365/1‑141 (MQ=255) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 2:55827/136‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 2:298974/137‑1 (MQ=11) ttttagtaaAAATA‑ATGGTTCTGTTAAAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTATCTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGTTCTGAAGAGACCTGCgg < 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ATGCAAATTATTCTGAATTTAAAGATGTAGATGATCTCATTGACAAAGTATTTAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTT > CP000730/35675‑35951 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |