New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	= 2142483	42 (1.140)	3 (0.090)	3/242	NT	7.0%	intergenic (‑36/‑139)	groES/USA300HOU_2026	chaperone GroES/hypothetical membrane protein
	?	CP000730	= 2142494	40 (1.150)					intergenic (‑47/‑128)	groES/USA300HOU_2026	chaperone GroES/hypothetical membrane protein

ATCAGTTAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTGGAGGAAAATTATGACAAGAT  >  CP000730/2142364‑2142631                                                                                                                                    |                                                                                                                                          aTCAGTTAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACCCAATTTCCAATTGGTTTTCGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAaca                                                                                                                                 <  1:433479/141‑1 (MQ=255)      ttAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAacatacat                                                                                                                            >  1:368483/1‑141 (MQ=255)      ttAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAacatacat                                                                                                                            >  1:368446/1‑141 (MQ=255)        aaaaCAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTCTTTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACAtt                                                                                                                           <  1:25434/141‑1 (MQ=255)        aaaaCAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTTTTTATTATCAAACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACAttt                                                                                                                          >  2:394351/1‑141 (MQ=255)        aaaaCAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACAttt                                                                                                                          <  1:86950/141‑1 (MQ=255)               tACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTAtaataa                                                                                                                   <  1:104456/141‑1 (MQ=255)                   aCTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCaa                                                                                                               >  1:394314/1‑141 (MQ=255)                    cTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCaaa                                                                                                              >  1:228603/1‑141 (MQ=255)                                       gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTAtaataa                                                                                                                   <  2:422874/117‑1 (MQ=255)                                       gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTAtaataa                                                                                                                   <  2:423106/117‑1 (MQ=255)                                       gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTAtaataa                                                                                                                   >  1:423106/1‑117 (MQ=255)                                       gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTAtaataa                                                                                                                   >  1:422874/1‑117 (MQ=255)                                       gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGt                                                                                           >  2:429092/1‑141 (MQ=255)                                       gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGt                                                                                           <  2:36480/141‑1 (MQ=255)                                       gttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTAAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGt                                                                                           >  2:434566/1‑141 (MQ=255)                                        ttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTc                                                                                          <  2:34180/141‑1 (MQ=255)                                        ttc‑ttTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTc                                                                                          <  1:334244/141‑1 (MQ=255)                                               tttCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAAcc                                                                                    >  1:287383/1‑141 (MQ=255)                                                ttCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCt                                                                                   <  2:387880/141‑1 (MQ=255)                                                 tctcAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCtt                                                                                  <  2:417695/141‑1 (MQ=255)                                                   tcAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCtttt                                                                                >  2:357507/1‑141 (MQ=255)                                                     aataatCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTttaa                                                                              <  1:48930/141‑1 (MQ=255)                                                            acacGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGtt                                                                       >  2:15195/1‑141 (MQ=255)                                                              acGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGtttt                                                                     >  1:82372/1‑141 (MQ=255)                                                                       aaTTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCa                                                            >  1:67332/1‑141 (MQ=255)                                                                                tAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTa                                                   >  2:334441/1‑141 (MQ=255)                                                                                  gaatgacgctatcgcctTAACAAACTTAATGTTTAGCATTGAACATTAAAGAGGGCTAACATAAATTTATAATATAAAAATTAAGTCAAAATTTCAAGTCATAGCTATTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGCTAGCTACg                                                 >  2:109770/15‑141 (MQ=255)                                                                                    aTGATTGTTCCTCCTTAAAATATCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGat                                               <  1:346667/141‑1 (MQ=255)                                                                                       aTTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCTAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGataaa                                            <  1:351226/141‑1 (MQ=255)                                                                                       aTTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGataaa                                            <  1:336048/141‑1 (MQ=255)                                                                                        ttGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGataaaa                                           <  2:62338/141‑1 (MQ=255)                                                                                        ttGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGataaaa                                           <  2:184912/141‑1 (MQ=255)                                                                                               tcctTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATta                                    >  1:282105/1‑141 (MQ=255)                                                                                                   tAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATaaa                                <  2:434446/141‑1 (MQ=255)                                                                                                          ccTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGagtgctaaactttaggttttttaaggaggaacaatcatgct                                                                                                  >  1:46263‑M2/1‑27 (MQ=255)                                                                                                          ccTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGagtgctaaactttaggttttttaaggaggaacaatcatgct                                                                                                  <  2:46263‑M2/68‑42 (MQ=255)                                                                                                            tAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGGTTTTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATAttt                       <  1:124086/141‑1 (MQ=255)                                                                                                             aaaGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTGTTAATGAATTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTg                      >  1:317466/1‑141 (MQ=255)                                                                                                              aaGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTgg                     >  1:64781/1‑141 (MQ=255)                                                                                                              aaGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTgg                     >  1:427408/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                gTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTggag                   <  1:5025/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                 tttAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTggagg                  <  2:96515/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                        cTTAACATTAAAGagtgctaaactttaggttttttaaggaggaacaatcatgctaaaaccaattggaaatcgtgtgattattgagaaaaaagaacaagaacaaacaactaaaagtggtattgttttaactgatagtgctaa           <  1:114012‑M2/141‑129 (MQ=255)                                                                                                                               ctagagagTGCTAACATACCTTTACAATAACCAACTTTGGTAAAACTTTCAAATCATACACCATTGCTAATGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTGGAGGAAAATTATGACAAg    <  1:109770/137‑1 (MQ=255)                                                                                                                                tAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTGGAGGAAAATTATGACAAGa   <  2:452063/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                 aaaGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTGGAGGAAAATTATGACAAGAt  >  1:73701/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                    |                                                                                                                                          ATCAGTTAAAACAATACCACTTTTAGTTGTTTGTTCTTGTTC‑TTTTTTCTCAATAATCACACGATTTCCAATTGGTTTTAGCATGATTGTTCCTCCTTAAAAAACCTAAAGTTTAGCACTTAACATTAAAGAGTGCTAACATACATTTATAATAATCAAATTTGGTCAAAATTTCAAGTCATAACCTTTTAATTAAGTTTTGTAACTTCAAGTTATTTACGATAAAATAAATTATAAACAAATATTTGGAGGAAAATTATGACAAGAT  >  CP000730/2142364‑2142631

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.