| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 487,745 | T→C | 7.7% | intergenic (+3123/‑2655) | USA300HOU_0463 → / → metQ | hypothetical protein/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 487,745 | 0 | T | C | 7.7% | 137.1 / 3.0 | 54 | intergenic (+3123/‑2655) | USA300HOU_0463/metQ | hypothetical protein/ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/19); new base C (2/2); total (32/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
CGCATACAGATTCAATTGTACAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAA > CP000730/487606‑487882 | cGCATACAGATTCAATTGTACAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAgttg > 1:209442/1‑141 (MQ=255) gCATACAGATTCAATTGTACAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAAAACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAgttgt > 2:139112/1‑141 (MQ=255) aGATTCAATTGTACAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATaa < 2:241033/141‑1 (MQ=255) aTTCAATTGTACAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAaca < 2:411346/141‑1 (MQ=255) ttCAATTGTACAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAacac > 1:56151/1‑141 (MQ=255) tGTACAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTAt > 1:19008/1‑141 (MQ=255) tACAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTCGTTGATAACACATTTATGa < 1:265668/141‑1 (MQ=255) aCAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGac > 2:145851/1‑141 (MQ=255) cAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGaca < 1:260960/141‑1 (MQ=255) cAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTCACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGaca < 2:434780/141‑1 (MQ=255) aGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACAcc > 2:24486/1‑141 (MQ=255) aGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTCCGACAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACAcc < 2:188207/141‑1 (MQ=255) gCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCt > 1:264503/1‑141 (MQ=255) cGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCtt < 2:86069/141‑1 (MQ=255) cGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTtattat > 1:83462/1‑141 (MQ=255) gCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATc > 1:151042/1‑141 (MQ=255) ccAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAg < 1:334807/141‑1 (MQ=255) aacaacaaAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGaa < 2:404709/141‑1 (MQ=255) aacaaAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTCGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATcc < 1:299361/141‑1 (MQ=255) ttgttgtTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGAt > 1:452250/2‑141 (MQ=255) tATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTAt < 1:209089/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTAc > 2:76970/1‑141 (MQ=255) cTAATCCATTATTAAGTGTTACTGACATTAAAAAGTGTGCTGAAATTGCGAAAGAACGCGTTTTGATTTGAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAAGGCGTTAGATTTAGGTATCGAGATTGTGTTAc > 2:95598/1‑141 (MQ=255) taaactattattACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTTCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGACTTAGGTATCGATATTGTCTTACa < 1:45304/135‑1 (MQ=255) aTCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACAtt < 2:19008/141‑1 (MQ=255) tattaCGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATATCACAGTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATGTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCaa > 1:42534/1‑141 (MQ=255) attaCGTGTTACTCCCACGAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAAc < 1:367754/141‑1 (MQ=255) cGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGaaa > 2:5656/1‑141 (MQ=255) aCTGACATTAAAAAGTCTGATGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTCAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTa > 2:342157/1‑141 (MQ=255) aCATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTg > 2:330006/1‑141 (MQ=255) aaaaaGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACAt > 2:201096/1‑141 (MQ=255) aaaaGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATa > 1:227581/1‑141 (MQ=255) aaaaGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATa > 1:227328/1‑141 (MQ=255) aGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATCTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTg > 2:17670/1‑141 (MQ=255) tCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGAt > 1:433223/1‑141 (MQ=255) ctgAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCg < 2:288803/141‑1 (MQ=255) cgcaaGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTACGTATCGATATTGTCTTACATTCATTATCGAAGTATTTAGGAGGAAATAGTGATGTCGTTGCTGGtt > 2:117963/4‑141 (MQ=255) cGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGtt > 1:225255/1‑141 (MQ=255) gAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTAATGTCGTTGCTGGttt > 2:403505/1‑141 (MQ=255) aaaGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGATATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTa > 1:17806/1‑141 (MQ=255) aaCACGGTTTGATTTCAGTCGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGCATCGATATTGTCTTGCATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTg > 1:332539/1‑141 (MQ=255) cacGGTTTGGTGTCAGTGGTTGTTAACACATCTATTACACCTTATTATCAGAATGCATTAGAGTTAGTTATCGAGATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCa < 1:223146/141‑1 (MQ=255) acGGTTTGATTTCAGTAGATGATAACACAATTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGACTTACATTCTACAACGAAATATATAAATGGACATAGTGATGTCGTTGATGGTTTAGTTGCaa > 2:146869/1‑141 (MQ=255) cGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAAc > 2:416173/1‑141 (MQ=255) cGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAAc < 1:185277/141‑1 (MQ=255) tGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCgg < 1:10487/141‑1 (MQ=255) aTTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGAt < 2:231910/141‑1 (MQ=255) tttCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATg < 1:273774/141‑1 (MQ=255) ttaGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTGAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGATGGTTTAGTTGCAACATCGGATGAc > 2:269370/3‑141 (MQ=255) aGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACaa > 1:338737/1‑141 (MQ=255) | CGCATACAGATTCAATTGTACAAGCGATACGCCCAACAACAAAGATGTTGTTTATTGAAACACCTTCTAATCCATTATTACGTGTTACTGACATTAAAAAGTCTGCTGAAATTGCGAAAGAACACGGTTTGATTTCAGTTGTTGATAACACATTTATGACACCTTATTATCAGAATCCATTAGATTTAGGTATCGATATTGTCTTACATTCTGCAACGAAATATTTAGGTGGACATAGTGATGTCGTTGCTGGTTTAGTTGCAACATCGGATGACAA > CP000730/487606‑487882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |