| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,095,871 | C→T | 8.1% | V341V (GTC→GTT) | cydA → | cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,095,871 | 0 | C | T | 8.1% | 141.1 / 2.7 | 49 | V341V (GTC→GTT) | cydA | cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/21); new base T (2/2); total (26/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 | |||||||||||
AGTGTCAAAACTAAAGTACAAGGGTTAAATGATTTTCCAAAAAGTTTACATCCGCCTATGATCGTCCATTATTTCTTTGATTTAATGGTAACGATGGGAATTTTATGTTTTGTCATTTCAGGTGTTTATGTCTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCCAGCTTCAATGCTAGCTATAGAATTTGGATGGTTCTTAACAGAGATGGGTAGACAGCCTTGGAT > CP000730/1095740‑1096011 | aGTGTCAAAACTAAAGTACAAGGGTTAAATGATTTTCCAAAAAGTTTACATCCGCCTATGATCGTCCATTATTTCTTTGATTTAATGGTAACGATGGGAATTTTATGTTTTGTCATTTCAGGTGTTTATGTCTTAACTTTa > 2:129093/1‑141 (MQ=255) gtgtCAAAACTAAAGTACAAGGGTTAAATGATTTTCCAAAAAGTTTACATCCGCCTATGATCGTCCATTATTTCTTTGATTTAATGGTAACGATGGGAATTTTATGTTTTGTCATTTCAGGTGTTTATGTCTTAACTTTaa > 1:72854/1‑141 (MQ=255) cAAAACTAAAGTGCAAGGGTTAAATGATTTTCCAAAAAGTTTACATCCGCCTATGATTGTCCATTATTTCTTTGATTTAATGGTAACGATGGGAATTTTATGTTTTGTCATTTCAGGTGTTTATGTTTTAACTTTAATGtt < 1:181885/141‑1 (MQ=255) aaaaCTAAAGTACAAGGGTTAAATGATTTTCCAAAAAGTTTACATCCGCCTATGATCGTCCATTATTTCTTTGATTTAATGGTAACGATGGGAATTTTATGTTTTGTCATTTCAGGTGTTTATGTCTTAACTTTAATGttt > 1:39177/1‑141 (MQ=255) 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1:345042/1‑141 (MQ=255) aTGGTAACGATGGGAATTTTATGTTTTGTCATTTCAGGTGTTTATGTCTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTGCTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCAAGCTTCAATgctagct < 2:394995/141‑1 (MQ=255) aTGGTAACGATGGGAATTTTATGTTTTGTCATTTCAGGTGTTTATGTCTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCCAGCTTCAATgctagct > 1:118790/1‑141 (MQ=255) gATGGGAATTTTATGTTTTGTCATTTCAGGTGTTTATGTCTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCCAGCTTCAATGCTAGCTATAGAAtt < 1:419335/141‑1 (MQ=255) ggAATTTTATGTTTTGTCATTTCAGGTGTTTATGTCTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCCAGCTTCAATGCTAGCTATAGAATTTGGa > 1:439050/1‑141 (MQ=255) aTTTTATGTTTTGTCATTTCAGGTGTTTATGTCTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCCAGCTTCAATGCTAGCTATAGAATTTGGATgg < 2:193742/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gtgtTTATGTTTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTACGGAATATTATTAACAGGACCAGCTTCAATGCTAGCTATAGAATTTGGATGGTTCTTAACAGAGATGGGTAGAc < 1:89867/141‑1 (MQ=255) gtgtTTATGTCTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCCAGCTTCAATGCTAGCTATAGAATTTGGATGGTTCTTAACAGAGATGGGTAGAc < 1:399287/141‑1 (MQ=255) gtgtTTATGTCTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCCAGCTTCAATGCTAGCTATAGAATTTGGATGGTTCTTAACAGAGATGGGTAGAc < 1:236487/141‑1 (MQ=255) gtgtTTATGTCTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCCAGCTTCAATGCTAGCTATAGAATTTGGATGGTTCTTAACAGAGATGGGTAGAc < 2:191185/141‑1 (MQ=255) ttATGTCTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCCAGCTTCAATGCTAGCTATAGAATTTGGATGGTTCTTAACAGAGATGGGTAGACAGcc > 2:307808/1‑141 (MQ=255) cTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCCAGCTTCAATGCTAGCTATAGAATTTGGATGGTTCTTAACAGAGATGGGTAGACAGCCTTGGAt < 1:55306/141‑1 (MQ=255) | AGTGTCAAAACTAAAGTACAAGGGTTAAATGATTTTCCAAAAAGTTTACATCCGCCTATGATCGTCCATTATTTCTTTGATTTAATGGTAACGATGGGAATTTTATGTTTTGTCATTTCAGGTGTTTATGTCTTAACTTTAATGTTTAAAAAGCTTAGAAAGTTTTCTACTCATAAATGGATGCTTTATGGAATATTATTAACAGGCCCAGCTTCAATGCTAGCTATAGAATTTGGATGGTTCTTAACAGAGATGGGTAGACAGCCTTGGAT > CP000730/1095740‑1096011 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |