| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,225,067 | C→A | 11.2% | R690S (CGT→AGT) | priA → | primosomal protein N prime |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,225,067 | 0 | C | A | 11.2% | 101.8 / 3.6 | 36 | R690S (CGT→AGT) | priA | primosomal protein N prime |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/15); new base A (2/2); total (19/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
ACGTACTTATCAACTATTAACGCAAGTGGCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGTTATGGTAGCATCGCAGCATGTTCATAAAATTTTATTACAGCATTTAA > CP000730/1224928‑1225205 | aCGTACTTATCAACTATTAACGCAAGTGGCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCg > 2:142899/1‑141 (MQ=255) tACTTATCAACTATTAACGCAAGTGGCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCa > 2:285432/1‑141 (MQ=255) tCAACTATTAACGCAAGTGGCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAAt > 1:228222/1‑141 (MQ=255) cTATTAACGCAAGTGGCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGaa < 1:262360/141‑1 (MQ=255) aaTTAACGCAAGTGGCTGGTAGAGCAGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTTATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATACAAAAAAGAAAATACAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAat < 2:387755/140‑1 (MQ=255) aaCGCAAGTGGCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCg > 1:336034/1‑141 (MQ=255) gCAAGTGGCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTaa > 1:229246/1‑141 (MQ=255) gCAAGTGGCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTaa > 2:167305/1‑141 (MQ=255) aGTGGCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATAGTCAGGAAATGGAATATCGTAAAtt > 1:376101/1‑141 (MQ=255) aGTGGCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATAGTCAGGAAATGGAATATCGTAAAtt > 1:312751/1‑141 (MQ=255) ggCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAgg > 2:305499/1‑141 (MQ=255) gCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGa > 2:343550/1‑141 (MQ=255) tGGTAGAGCTGGTCGGCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGaaa > 2:64231/1‑141 (MQ=255) gTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGt > 2:102454/1‑141 (MQ=255) agagCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTAt > 1:193526/1‑141 (MQ=255) cTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCAc > 2:93174/1‑141 (MQ=255) taTGAAAAGGCAGGTCAAGTAATCATGCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGAAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGtattat < 1:432254/140‑1 (MQ=255) aaaGTCATCATTCACACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATCAATTTc < 2:375116/140‑1 (MQ=255) atcatTCAAACGTATAATCCAGAGCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAAtc < 1:202439/141‑1 (MQ=255) aaCGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATaa < 1:72883/141‑1 (MQ=255) aaCGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGAAATAAAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATaa < 2:317005/141‑1 (MQ=255) ataATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGCCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGaaa > 1:388684/1‑141 (MQ=255) ccAGATCATTATTCAATATAGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCAAAATCTCACATAAAGAAATgaag < 1:68799/141‑1 (MQ=255) cAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATgaaga > 1:84525/1‑141 (MQ=255) tCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGt > 2:253035/1‑141 (MQ=255) cATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATAGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGtt < 2:376101/141‑1 (MQ=255) cATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATAGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGtt < 2:312751/141‑1 (MQ=255) ttattCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGTTAt > 2:454925/1‑141 (MQ=255) aaTATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCGACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGTTATGGTAGc < 2:310148/141‑1 (MQ=255) atatTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGTTATGGTAGCa < 1:416364/141‑1 (MQ=255) aaaaaTGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGTTATGGTAGCATCGCAGCATGTTCAt < 2:73875/141‑1 (MQ=255) aaaaaTGATTATTTAACATTTTATCGTCAGAAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACACTCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGTTATGGTAGCATCGCAGCATGTTCAt < 2:205459/141‑1 (MQ=255) aaaaTGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGTTATGGTAGCATCGCAGCATGTTCATa < 2:176959/141‑1 (MQ=255) aaTGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGTTATGGTAGCATCGCAGCATGTTCATaaa < 1:427294/141‑1 (MQ=255) ttattTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGTTATGGTAGCATCGCAGCATGTTCATAAAAtttt > 2:272982/1‑141 (MQ=255) aTCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGTTATGGTAGCATCGCAGCATGTTCATAAAATTTTATTACAGCATTTaa < 1:93174/141‑1 (MQ=255) | ACGTACTTATCAACTATTAACGCAAGTGGCTGGTAGAGCTGGTCGTCATGAAAAGGCAGGTCAAGTCATCATTCAAACGTATAATCCAGATCATTATTCAATATTGGATGTTCAAAAAAATGATTATTTAACATTTTATCGTCAGGAAATGGAATATCGTAAATTAGGAAAGTATCCACCGTATTATTATTTGATTAATTTCACAATCTCACATAAAGAAATGAAGAAGGTTATGGTAGCATCGCAGCATGTTCATAAAATTTTATTACAGCATTTAA > CP000730/1224928‑1225205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |