New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000730 | 2457361 = | 64 (1.250) | 4 (0.090) | 3/254 | 4.9 | 7.8% | intergenic (+40/+90) | USA300HOU_2317/USA300HOU_2318 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | CP000730 | 2457434 = | 37 (0.800) | intergenic (+113/+17) | USA300HOU_2317/USA300HOU_2318 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ACAAAATCAAGATATGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTAATGATGTCACTTCATTTGATACGATTCTTGA > CP000730/2457222‑2457501 | aCAAAATCAAGATATGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTcaaaacaa > 1:520943/1‑141 (MQ=255) aCAAAATCAAGATATGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTcaaaacaa > 1:456900/1‑141 (MQ=255) cAAAATCAAGATATGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTcaaaacaaa > 1:189686/1‑141 (MQ=255) cAAAATCAAGATATGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTcaaaacaaa > 2:459211/1‑141 (MQ=255) aaTCAAGATATGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAg < 1:326415/141‑1 (MQ=255) aaTCAAGATATGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAg < 1:268383/141‑1 (MQ=255) atatGTTACGATAAGCACTAAACAAAACAATTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATCaa < 2:96542/141‑1 (MQ=255) tatGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAAc > 1:555845/1‑141 (MQ=255) tGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACtt > 2:441537/1‑141 (MQ=255) tGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACtt > 1:511040/1‑141 (MQ=255) tGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACtt > 2:206785/1‑141 (MQ=255) tGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACtt > 2:497601/1‑141 (MQ=255) tGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTAAAGACAAAAAGGAATCAACtt > 1:149084/1‑141 (MQ=255) ttACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTac < 1:45772/141‑1 (MQ=255) ttACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTac < 2:270029/141‑1 (MQ=255) tatGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCg > 2:363222/1‑141 (MQ=255) gCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGttt > 1:286899/1‑141 (MQ=255) cACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGCCGCGATAAACTTCAAAGAATGTATAACAGAACCTTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTTTTAAATGAACNTTTNAAAANAAAAAGGAATNAACTTACACATCGTTTg < 1:350859/141‑1 (MQ=255) cACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTg < 1:7434/141‑1 (MQ=255) cACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTg < 1:422307/141‑1 (MQ=255) cACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTg < 1:225159/141‑1 (MQ=255) aCTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGt > 2:328516/1‑141 (MQ=255) aCTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGt > 2:91031/1‑141 (MQ=255) tAAACAATTCATCTTTGGTTCCAACAATACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGGTTTAAATTAACTTAATAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGtat < 2:565122/141‑1 (MQ=255) tAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGtat < 1:320276/141‑1 (MQ=255) tAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGtat < 1:399101/141‑1 (MQ=255) ataacTGTCACCAACAAGACGCGATACACTTCCAAAAATGTATCACAAAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTCTTAAACGACCTTTTCAAAACAAAAAGGCATCAACTTACACATGGCTTCTATAATCGTCTTa > 2:450379/5‑141 (MQ=255) aTTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTa > 2:563674/1‑141 (MQ=255) aTTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTa > 1:3681/1‑141 (MQ=255) aTTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTa > 2:518256/1‑141 (MQ=255) aTTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTa > 1:221472/1‑141 (MQ=255) aTTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTa > 1:30803/1‑141 (MQ=255) aTTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTCTGTATAATAGTCTTa > 1:470687/1‑141 (MQ=255) ttCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATc < 1:426675/141‑1 (MQ=255) aCCAACAAGACGCGATAAACTTCAAATAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTTCCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACATTAAAAAAAAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAAcc < 2:451454/141‑1 (MQ=255) ccAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTAAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCa < 2:456900/141‑1 (MQ=255) ccAACAAGACGCGATAAACAAAAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCa < 2:520943/141‑1 (MQ=255) aacaaGANGTGATAAACTTCAAAAAAGGTATATCAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGTAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACt < 2:425939/141‑1 (MQ=255) aacaaGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAAGAGTCTTATCTATAACCACt < 1:123612/141‑1 (MQ=255) cgATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTAtt > 2:499318/1‑141 (MQ=255) cgATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTAtt > 1:187819/1‑141 (MQ=255) cgATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTAtt > 1:122582/1‑141 (MQ=255) cgATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTGGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTAtt > 2:497449/1‑141 (MQ=255) cgATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGAAATAAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACAACTGATGCTAtt > 1:52809/1‑141 (MQ=255) aTAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGa < 1:410602/141‑1 (MQ=255) aTAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGa < 1:187042/141‑1 (MQ=255) aTAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGa < 1:379775/141‑1 (MQ=255) aaCTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTc > 2:374897/1‑141 (MQ=255) ttCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCtt < 2:62603/141‑1 (MQ=255) aaTGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATg < 2:121440/141‑1 (MQ=255) tGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGtt > 1:146827/1‑141 (MQ=255) gTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACGACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTta < 2:511040/141‑1 (MQ=255) gTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTta < 1:497601/141‑1 (MQ=255) gTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTta < 1:441537/141‑1 (MQ=255) gAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATAtttt < 1:363222/141‑1 (MQ=255) aTTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTaa > 1:121726/1‑141 (MQ=255) ataAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTTATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTAatga < 2:358224/141‑1 (MQ=255) aaGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTAatgatg > 1:136243/1‑141 (MQ=255) aaGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTAatgatg > 1:46179/1‑141 (MQ=255) aaGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTAatgatg > 1:61243/1‑141 (MQ=255) gtgtTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTAATGATGTc < 1:389163/141‑1 (MQ=255) cTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTAATGATGTCACTTCATTTGAt < 2:555845/141‑1 (MQ=255) aaacaaaaAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTAATGATGTCACTTCATTTGATACGATTc < 1:374897/141‑1 (MQ=255) caaaaAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCC‑TTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTAATGATGTCACTTCATTTGATACGATTCTTGa < 1:459211/141‑1 (MQ=255) aaaaaGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTAATGATGTCACTTCATTTGATACGATTCTTGa < 2:189686/141‑1 (MQ=255) | ACAAAATCAAGATATGTTACGATATGCACTAAACAATCCATTTCTGTCACCAACAAGACGCGATAAACTTCAAAAAATGTATAACAGAACATTGAAATAATTACCTTTCATTATAAGTGTTAAATGAACTTTTCAAAACAAAAAGGAATCAACTTACACATCGTTTGTATAATAGTCTTATCTATAACCACTGATGCTATTGATTCCTTTTTTATGTTATATATTTTCTTTATTTCAAACTGTATATTAATGATGTCACTTCATTTGATACGATTCTTGA > CP000730/2457222‑2457501 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |