| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 217,036 | 0 | T | A | 25.9% | 47.6 / 16.8 | 27 | intergenic (‑203/+23) | argD/brnQ | ornithine‑‑oxo‑acid transaminase/possible LIVCS family branched chain amino acid:cation symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/7); new base A (4/3); total (17/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TAAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATATTTT > CP000730/216900‑217173 | taAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACa < 2:303964/141‑1 (MQ=255) aaaGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACat < 2:329830/141‑1 (MQ=255) aGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGCTAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAGTCATATGTTAAACATATgcttg < 1:209426/141‑5 (MQ=255) gtgtTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCa < 1:92824/141‑1 (MQ=255) aTGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCt > 2:183050/1‑141 (MQ=255) gtgATTTTTAAAATGAAAGTCCTAATATTTTTTGTGGATTATCATTTATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACTAGCATTTGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCttt < 2:118208/141‑2 (MQ=255) gATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTtgtg < 2:149772/141‑1 (MQ=255) gTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTTTTTTTTTTTTTAGATATAAATGGACACGATAACATTTTTATGTAGTTTGAATAAAAGATGTGACAAGCATATGTTTAACATATGATGGTGATATAGTATTATGCttttttattt > 2:345520/1‑133 (MQ=255) aGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCt > 1:281838/1‑141 (MQ=255) tACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTa > 1:309416/1‑141 (MQ=255) ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaata > 1:116229/1‑141 (MQ=255) ttGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTataaata > 1:327186/1‑141 (MQ=255) gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACa > 1:140975/1‑81 (MQ=255) gtgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACa < 2:140975/81‑1 (MQ=255) tgGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATg < 1:224595/141‑1 (MQ=255) tGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGCATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAAt > 2:142815/1‑141 (MQ=255) tatgtatgTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGaa > 1:192245/1‑141 (MQ=255) tatgtatACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCa > 1:131252/1‑141 (MQ=255) tataCGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCa < 1:35598/141‑1 (MQ=255) cGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGttt < 1:257797/50‑1 (MQ=255) cGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGttt > 2:257797/1‑50 (MQ=255) aTGCCACAGTCATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGAt > 1:13099/1‑141 (MQ=38) aTGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGAt > 2:309236/1‑141 (MQ=255) ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCg < 1:122986/87‑1 (MQ=255) ccACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCg > 2:122986/1‑87 (MQ=255) gtcATATGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTaa > 2:176711/3‑141 (MQ=255) tGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATAttt > 2:59331/1‑141 (MQ=255) tGTTAAACATATGCTTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATAttt > 1:60920/1‑141 (MQ=255) tGTTAAACATATG‑CTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATAtttt > 2:342859/1‑141 (MQ=255) | TAAAGATAAGGTTGTGTTTGTATTAATGTGATTTGTAAAATGAAAGTACTAATATTTTTTGTGGATAATCATTGATATGTATGTATACGATTGCAGTTTAATGTAGTATGAATAAAAAATGCCACAAGCATATGTTTAACATATGACTGTGGCATAGTATTATGCTTGTGGAATTTTACGATGCTTAATTTTATAAATAATGAAGCCGATAATGAAACCAATCAAACTGAGAACAACCCAGCCCATACCAATGTCTGATAATGGTAAATATTTT > CP000730/216900‑217173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |