| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,680,166 | 0 | T | C | 28.6% | 24.9 / 11.0 | 21 | intergenic (+218/+314) | cbpD/USA300HOU_2537 | possible secretory antigen/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/6); new base C (3/3); total (12/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTG > CP000730/2680035‑2680301 | cAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGt < 2:73048/141‑1 (MQ=255) ttGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAAttttt > 2:43527/1‑141 (MQ=255) tataTTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGtt < 1:61565/141‑1 (MQ=255) attcctatctatcATAAGCTATATATAATATTTTATGGTAATAGTGAAATAATACGGTATAATTTAACGTACGCTTTCGATGTAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCAATAGTAaaaaaa < 2:312704/129‑1 (MQ=255) cATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAaata > 1:20193/1‑141 (MQ=255) tatataAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTga < 1:192526/141‑1 (MQ=255) tttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCttttt > 2:215592/3‑67 (MQ=255) tttaAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCttttt < 1:215592/68‑4 (MQ=255) taAAATTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGAT‑TTTTTTCATCATCATCAGTTaaaaaatcag < 2:69854/122‑5 (MQ=255) aaaaTTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTG‑ATTTTTTTCATCATCATCAGTTaaaaaatcaga > 2:192923/1‑117 (MQ=255) aaaaTTTTATGTTTTTGTTTAAGCAATCCACCATAACTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTG‑ATTTTTTTCATCATCATCAGTTaaaaaatcaga < 1:192923/122‑6 (MQ=255) tattatTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGCCCTGTTTAAATtgat > 1:282684/1‑141 (MQ=255) aataatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTG‑TTAAATTGATGACTCAAAAc > 1:28713/1‑141 (MQ=255) aatTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCt < 2:300768/141‑1 (MQ=255) taAGTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTCCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTGTTCGTAATTAGGTGAGAAAAGAATCGATTGGCTGTTGTGAATCCTGTTTAGATGGATGTCTCAAAACGTTTATcgaac > 2:5101/1‑137 (MQ=255) taACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTT‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCt > 2:116598/1‑141 (MQ=255) aaCTTAACATACGTTTTCGATACAAACCTTTTTCTAAATCACTTACAATTTCTTGAT‑TTTTTTCATCATCATCAGTTaaaaaat > 1:91095/1‑83 (MQ=255) gTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGttt > 1:194662/1‑141 (MQ=255) ttttCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTa > 1:284356/1‑141 (MQ=255) ttCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAAt < 1:218491/141‑1 (MQ=255) cGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTg > 1:273688/1‑141 (MQ=255) | CAAATTTCAAATTGCCGTAATTGAACGTATATTTCTTCTTCAACTATTATTTCATCTTTAGCATAATCTATATATAAAATTTTATGCTATTATTTAAATAATTCGCTATAACTTAACATACGTTTTCGATATAAACCTTGTTCTAAATCTC‑AATAATTTTTTG‑C‑TGTTTTCATCGTCATTAGTTAAAAAAATAATTTAACTGAGTTTTTGAGACCTGTTTAAATTGATGACTCAAAACCTTTATCCCCTTTTCACTCGGTTTAATTG > CP000730/2680035‑2680301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |