| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,052,265 | T→C | 14.8% | T10A (ACA→GCA) | pcrA ← | ATP‑dependent DNA helicase PcrA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,052,265 | 0 | T | C | 14.8% | 62.3 / 5.4 | 27 | T10A (ACA→GCA) | pcrA | ATP‑dependent DNA helicase PcrA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/10); new base C (2/2); total (15/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
AAAACATTGTATGGTGAGACATCTTTTTCGTCTAATAAATAAGCAATTCTATGTGTTAAAACACGTGTCTTCCCTGAACCAGCACCTGCCATAATTAACAATGGTCCTTCTGTTGTCTTTACAGCTTCACTTTGCTCTGTATTCATATGATTTAATAACGCATTCATTTACTAGACTCCTTTATTTTTACTGTTTTTAAAGCTTTTTTAATATCTTTATAAATAATATCACCGACGA > CP000730/2052126‑2052362 | aaaaCATTGTATGGTGAGACATCTTTTTCGTCTAATAAATAAGCAATTCTATGTGTTAAAACACGTGTCTTCCCTGAACCAGCACCTGCCATAATTAACAATGGTCCTTCTGTTGTCTTTACAGCTTCACTTTGCTCTGtc < 2:246331/141‑2 (MQ=255) aCATTGTATGGTGAGACATCTTTTTCGTCTAATAAATAAGCAATTCTATGTGTTAAAACACGTGTCTTCCCTGAACCAGCACCTGCCATAATTAACAATGGTCCTTCTGTTGTCTTTACAGCTTCACTTTGCTCTGTATTc > 1:4509/1‑141 (MQ=255) tATGGTGAGACATCTTTTTTTTTTTTTTTATAAGCAATTCTATGTGTTAAAACACGTGTCTTCCCTGAACCAGCACCTGCCATAATTAACAATGGTCCTTCTGTTGTCTTTACAGCTTCACTTTGCTCTGTATTCATATGa > 2:146932/1‑141 (MQ=255) tATGGTGAGACATCTTTTTCGTCTAATAAATAAGCAATTCTATGTGTTAAAACACGTGTCTTCCCTGAACCAGCACCTGCCATAATTAACAATGGTCCTTCTGTTGTCTTTACAGCTTCACTTTGCTCTGTATTCATATGa > 1:29677/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCAATGGTCCTTCTGTTGTCTTTACAGCTTCACTTTGCTCTGTATTCATATGATTTAATAACGCATTCATTTACTAGACTCCTTTATTTTTACTGTTTTTAAAGCTTTTTTAATATCTTTATAAATAATATCACcgacga < 1:8937/141‑1 (MQ=255) | AAAACATTGTATGGTGAGACATCTTTTTCGTCTAATAAATAAGCAATTCTATGTGTTAAAACACGTGTCTTCCCTGAACCAGCACCTGCCATAATTAACAATGGTCCTTCTGTTGTCTTTACAGCTTCACTTTGCTCTGTATTCATATGATTTAATAACGCATTCATTTACTAGACTCCTTTATTTTTACTGTTTTTAAAGCTTTTTTAATATCTTTATAAATAATATCACCGACGA > CP000730/2052126‑2052362 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |