| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,291,644 | G→A | 12.6% | G439D (GGT→GAT) | infB → | translation initiation factor IF‑2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,291,644 | 0 | G | A | 12.6% | 107.8 / 5.4 | 40 | G439D (GGT→GAT) | infB | translation initiation factor IF‑2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/16); new base A (3/2); total (21/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
TCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGACACGAAGCTAGCATTATACAACAAC > CP000730/1291511‑1291778 | tCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCa > 1:233950/1‑141 (MQ=255) aCGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGATCCATCAAc > 1:69531/1‑141 (MQ=255) aCGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGATCCATCAAc > 1:413012/1‑141 (MQ=255) aCGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGATCCATCAAc > 1:144030/1‑141 (MQ=255) cGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACg < 1:288841/141‑1 (MQ=255) cTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCATTGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTg < 2:75827/141‑1 (MQ=255) cTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTg > 1:10315/1‑141 (MQ=255) cTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTg > 1:440082/1‑141 (MQ=255) gCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAAtt < 1:75544/141‑1 (MQ=255) taGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTa < 1:388864/141‑1 (MQ=255) aCAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatga > 1:348880/1‑141 (MQ=255) cAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAatgat > 1:433164/1‑141 (MQ=255) cATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAg > 1:328306/1‑141 (MQ=255) ttAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCt > 2:11401/1‑141 (MQ=255) aaaTGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTgg < 2:176157/141‑1 (MQ=255) aaaTGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTgg < 2:412749/141‑1 (MQ=255) ttGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATc < 2:287129/141‑1 (MQ=255) ggTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGc < 2:15/141‑1 (MQ=255) gTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCt > 2:121245/1‑141 (MQ=255) gCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTttgtt > 2:301374/1‑141 (MQ=255) gCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTttgtt > 2:23227/1‑141 (MQ=255) ttGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTAt > 2:203815/1‑141 (MQ=255) gTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGTTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTAttt < 1:111602/141‑1 (MQ=255) gTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGATCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTAttt < 2:211517/141‑1 (MQ=255) tAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTa > 2:39509/1‑141 (MQ=255) cTTTCGGCCGTATGTGTGACAGCGTTAAAGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGaaataa > 2:116575/1‑138 (MQ=255) gCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGt < 1:121245/141‑1 (MQ=255) ttcaTGACTTAGGTCAAAGAATCACAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGGATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCaa < 2:19025/138‑1 (MQ=255) gACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGacac < 1:23227/141‑1 (MQ=255) gACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGacac < 1:301374/141‑1 (MQ=255) gACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGacac < 2:224728/141‑1 (MQ=255) aGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGACACGAAGc < 1:39509/141‑1 (MQ=255) tgTCAAAAAAGCAAAACGTGTGATCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCGTTGTTGTATTTAGTGATTAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGACACGAAGCt < 2:158338/140‑1 (MQ=255) aTCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGACACGAAGCTAGCATtata > 2:377486/1‑141 (MQ=255) aTCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGACACGAAGCTAGCATtata > 1:376418/1‑141 (MQ=255) aTCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGACACGAAGCTAGCATtata > 1:86642/1‑141 (MQ=255) aTCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGACACGAAGCTAGCATtata > 1:237683/1‑141 (MQ=255) tCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGCAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGACACGAAGCTAGCATTATac < 2:348880/141‑1 (MQ=255) aaCGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGGAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGACACGAAGCTAGCATTATacaaca > 1:233195/1‑141 (MQ=255) cGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGACACGAAGCTAGCATTATACaacaac < 1:445309/141‑1 (MQ=255) | TCACGTGGTCCTTCTGCATCATTATTAGTACAAAACGGTACATTAAATGTTGGTGATGCGATTGTAGTTGGTAATACTTACGGCCGTATCCGTGCAATGGTTAATGACTTAGGTCAAAGAATCAAAACGGCTGGTCCATCAACGCCTGTTGAAATTACAGGTATTAATGATGTGCCACAAGCTGGGGATCGCTTTGTTGTATTTAGTGATGAAAAACAAGCTCGTCGTATTGGTGAATCAAGACACGAAGCTAGCATTATACAACAAC > CP000730/1291511‑1291778 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |