| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 512620 = | 63 (1.140) | 48 (1.260) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
30/178 | NT | 52.6% | intergenic (+688/‑173) | recR/rrs1 | recombination protein RecR/16S ribosomal RNA |
| ? | CP000730 | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+5) | USA300HOU_t0050/rrf4 | tRNA‑Val/5S ribosomal RNA | |||||
CTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATTAACATTTAAGTCAATAACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000730/512756‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATT > CP000730/1998278‑1998413 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTAAATAATGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTA > 1:192283/1‑140 TGTTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTTCCGTCATGTATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCC < 1:206370/140‑1 TTTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTTTCCAT > 1:143649/1‑140 TTGTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTTTCCATT > 2:579506/1‑140 GTAACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATAATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTT > 1:105427/1‑140 AACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTAT > 1:367429/1‑140 ACTTATAGTTACGTTTTTTTGTATTAACATTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTACTTATACATTTTATCAACATTTAAGTAAATAACTTTTTTTTTCTTGTCCATTTTATT > 2:239330/1‑140 ACTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATT > 1:548103/1‑140 CTTATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTT > 2:518096/1‑140 TATAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTT > 1:111889/1‑140 TAGTTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTA > 1:202741/1‑140 TTACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACC < 1:235922/140‑1 ACGTTTTTTGGAATTAACGTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAA < 2:397095/140‑1 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GTTGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCTAAGTTTGATTAAAAAACTG < 2:307179/140‑1 TGACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAATATTTAAGTTAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCC < 1:502348/140‑1 GACATATTGTCATTTAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT < 2:343882/140‑1 GACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCT < 2:93738/140‑1 ACATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTG < 2:602350/140‑1 ATATTGTCATTCAGTTTTTAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGC < 2:131503/140‑1 ATATTGTCATTCAGTTTTCGATGTTCATTTTTTTTACCGACAAGAATTAATTATTCATTTTATCAACATTTAAGTCAATATCTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGC < 2:185704/140‑1 ATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTCTACATTTTATCAACATTTAAGTCCATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGC < 2:66254/140‑1 ATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAATCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGC > 2:438754/1‑140 ATATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGC < 1:632628/140‑1 ATTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATAAAACTTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTACCTAGCAA > 2:220478/1‑140 TTGTCATTCAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAAC < 1:615338/140‑1 CAGTTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACT < 2:204596/140‑1 TTTTCAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTA > 1:470853/1‑140 CAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGG > 1:11575/1‑140 CAATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAATCAATAACTTTTTTTATCTTGTACATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTACAAAACTGCCTGGCAACGTTCTCCTCTAGAGG > 1:16678/1‑140 ATGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCCGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAA > 2:535453/1‑140 TGTTCATTTTTCTTACCGACAAGAATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAC < 1:556153/140‑1 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ATTAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCT < 2:548103/140‑1 TAATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAA < 2:628904/140‑1 AATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTTTTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAG < 1:291663/140‑1 AATTATACATTTTATCAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAG > 1:640451/1‑140 atcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACTAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTCCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGCAGCTAGGGCGCTTAtatttt > 2:133882/4‑134 tcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTTACCTTATTTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTTTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTG > 2:661150/3‑140 tcAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTG > 1:15446/3‑140 cAACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAATGAGCTTTACGTCTGT > 2:507731/2‑140 aaaaATTTAAATCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGTCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCCACTACCATCGACGCTAAGGATCTTACCTCCTGT > 2:408557/5‑140 ACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAACTTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACTATAGACGCTAAGGAGGTTAACTTCTGTGT > 2:277776/1‑140 ACATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGT > 1:172774/1‑140 CATTTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTT > 1:642795/1‑140 CATTTAAGTCAATAACTTTATTTATATTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTT > 1:364725/1‑140 TTAAGTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGG < 1:518096/140‑1 GTCAATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTGGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGCCGCTAAGGCGCTTAACTTCCGTGCTCGGCATG > 2:477837/1‑140 cagTAACTTTTTTTATCTTGGCCATTTTATTTTTTACCCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGG < 2:495133/137‑1 ATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCCAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCATCGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTCACTTCTGTGTTCTGCCTGGGAA > 2:25465/1‑140 ATAACTTTTTTTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAA > 1:27320/1‑140 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ATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTTAGTTCGACTACCATCGGCGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTAT < 1:438754/140‑1 TTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGAAACGATCTACTATAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATA > 1:351569/1‑140 TTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAC > 1:220071/1‑140 TTTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGAAACGTTCTCCCCTAGCGTAACGTAAGTTCGACTCCAATCGACGCTAAGCAACTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAG < 2:106488/140‑1 TTAACCAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAAGAAAATACGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCGATAGTCACCAGA > 1:206506/1‑140 TTAACAAAAATTTGATTAAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTTCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGCCGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTAAGTCGTCCTTGCTATAGTCACCAGA < 2:143649/140‑1 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CP000730/512756‑512620‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATT > CP000730/1998278‑1998413 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |