BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,087	A→G	58.5%	C155C (TGT→TGC)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	36,087	0	A	G	58.5%	311.5 / inf	636	C155C (TGT→TGC)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (150/115); new base G (209/159); total (361/275)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01

Only 100 of 637 total aligned reads displayed.

TTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTA  >  CP000730/35948‑36225

    atataGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGt                                                                                                                                        >  1:629438/1‑140 (MQ=255)

     tataGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTc                                                                                                                                       <  2:310775/140‑1 (MQ=255)

       taGGGCGTAAATACATTCTATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAg                                                                                                                                     <  2:67470/140‑1 (MQ=255)

       taGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATATTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAg                                                                                                                                     <  1:327539/140‑1 (MQ=255)

       taGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAg                                                                                                                                     >  1:613858/1‑140 (MQ=255)

        agagCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAgg                                                                                                                                    >  1:648779/1‑140 (MQ=255)

         gagCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATAGCAGTCAGgt                                                                                                                                   >  1:318550/1‑140 (MQ=255)

         gagCATAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgt                                                                                                                                   <  2:442587/140‑1 (MQ=255)

            cGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgttta                                                                                                                                >  1:300230/1‑140 (MQ=255)

             gTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaa                                                                                                                               >  1:339252/1‑140 (MQ=40)

              tAAATTCACTCAATACCTTTTAGATTAGTCTTTGTTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaag                                                                                                                              <  2:360658/140‑1 (MQ=14)

              tAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTTTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaag                                                                                                                              <  2:616684/140‑1 (MQ=255)

              tAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGATGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaag                                                                                                                              <  1:67175/140‑1 (MQ=255)

              tAAAAACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATCTGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTCATAAGATATTTCGATGTACAATGACAGGCAGgtttaag                                                                                                                              >  2:281408/1‑140 (MQ=14)

               aaaTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagt                                                                                                                             >  1:276067/1‑140 (MQ=255)

                aaTACATTCAATACCTTTTAGAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGTCGTACAATGACAGTCAGgtttaagtt                                                                                                                            >  1:403493/1‑140 (MQ=14)

                 aTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGTTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                           >  1:207605/1‑140 (MQ=255)

                 aTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGggttaagttt                                                                                                                           >  2:84685/1‑140 (MQ=255)

                 aTACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGCTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGgtttaagttt                                                                                                                           >  1:448303/1‑140 (MQ=255)

                  tACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTGTTGATACTTTCGTATATTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagttta                                                                                                                          >  1:157335/1‑140 (MQ=14)

                   aCATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaggtttaa                                                                                                                         >  1:423796/1‑140 (MQ=255)

                   aCATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGgtttaagtttaa                                                                                                                         >  1:369329/1‑140 (MQ=255)

                    cactCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTaaa                                                                                                                        >  2:210017/4‑140 (MQ=255)

                     actCAATACCTTTTAAAGTAGTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTGTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTaaaa                                                                                                                       >  1:432231/3‑140 (MQ=255)

                         aaTACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTAATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACCTTAATCTGACTTTGATCTTGCTCACTGAGCTTATTCAGTAATTTCGCTGTACAATTGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCtt                                                                                                                   >  2:106626/1‑140 (MQ=11)

                            aCCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTaa                                                                                                                >  1:12067/1‑140 (MQ=255)

                            aCCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTaa                                                                                                                >  1:226718/1‑140 (MQ=255)

                             ccTTTTAAAGTATCCTTTGCCGTATCGATACTTTGATCTCTTCTCTTTCTTACTTCAATATGACGGTGATCTTGCTTAATGACGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAt                                                                                                               <  2:37029/140‑1 (MQ=14)

                              cTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATCTTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAtt                                                                                                              >  1:382342/1‑140 (MQ=255)

                              cTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAtt                                                                                                              <  2:185643/140‑1 (MQ=255)

                              cTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAAtt                                                                                                              <  2:508258/140‑1 (MQ=255)

                               ttttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTa                                                                                                             >  2:633042/1‑140 (MQ=255)

                               ttttAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGAACTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCGGGTTTAAATTTAAGAGATTTAATTa                                                                                                             >  2:199372/1‑140 (MQ=14)

                                tttAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAGAAGCTTTAATTaa                                                                                                            >  2:298691/1‑139 (MQ=255)

                                  tAAAGTATTATTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGTTGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGGTTAACAGCTTTAATTACtt                                                                                                          >  2:120319/1‑140 (MQ=14)

                                  tAAACTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCCTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAACGCTTTAATTACtt                                                                                                          >  1:475722/1‑140 (MQ=255)

                                     aGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTaa                                                                                                       >  1:238360/1‑139 (MQ=255)

                                           cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTg                                                                                                 <  2:658073/140‑1 (MQ=255)

                                            tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                <  2:411689/140‑1 (MQ=255)

                                            tttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                <  2:335677/140‑1 (MQ=255)

                                            tttGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCACTTGc                                                                                                >  1:81815/1‑140 (MQ=14)

                                             ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTCATTACTTTAACCATTGCt                                                                                               >  1:551158/1‑140 (MQ=255)

                                             ttGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCt                                                                                               >  2:230248/1‑140 (MQ=255)

                                                  gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCtt                                                                                          >  2:391119/1‑140 (MQ=255)

                                                     ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                       >  1:599234/1‑140 (MQ=255)

                                                     ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                       >  1:504411/1‑140 (MQ=255)

                                                      tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                      <  1:363652/140‑1 (MQ=255)

                                                       gATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTg                                                                                     >  1:93050/1‑140 (MQ=255)

                                                               gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                             >  1:443150/1‑140 (MQ=255)

                                                                atatcTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                            >  1:181517/5‑140 (MQ=255)

                                                                atatCTTGTCTTTCTTACTTTAATATTACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                            <  1:146537/140‑1 (MQ=255)

                                                                 tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGTTGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                           >  1:290341/1‑140 (MQ=255)

                                                                 tACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTg                                                                           >  1:523709/1‑140 (MQ=255)

                                                                     ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCAATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTCCCTGATCt                                                                       >  1:57695/1‑140 (MQ=255)

                                                                              ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTAcc                                                              >  2:16223/1‑140 (MQ=255)

                                                                                 cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCttt                                                           >  2:599762/1‑140 (MQ=255)

                                                                                 cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCttt                                                           <  2:592836/140‑1 (MQ=255)

                                                                                  tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGCGCCTGCTCTGTAATTCCCtttt                                                          >  2:117107/1‑140 (MQ=11)

                                                                                  ttacatatGACGGTGACCCTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCCATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTCAACCATTGCTACCCTCGTTGAAGTTGCTTGATCTGTAATTACCtttt                                                          <  2:289937/136‑1 (MQ=11)

                                                                                   ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCATTGAAGGTGCCTGATATGTAATTACCTTTTg                                                         >  1:249724/1‑140 (MQ=255)

                                                                                       tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTTCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGAGCTGTAACTACCTTTTGAggc                                                     >  1:467927/1‑139 (MQ=11)

                                                                                       tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGATTATTCAGATTTTTCGATGTACAATGACAGTCCGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTGTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggc                                                     >  1:659672/1‑139 (MQ=11)

                                                                                        atGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGTTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggct                                                    <  1:166256/140‑3 (MQ=11)

                                                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGTTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGATGTTTAc                                                 >  1:48952/1‑140 (MQ=255)

                                                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTATCTTTGTTGTAGATGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                 >  2:221075/1‑140 (MQ=11)

                                                                                           aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTAc                                                 <  2:64426/140‑1 (MQ=11)

                                                                                            cGGTGATCTTGCGCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTTAGGCTTAcc                                                <  2:145880/140‑1 (MQ=11)

                                                                                               tGATCTTGCTCAATGGGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAATCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                             <  1:197614/140‑1 (MQ=255)

                                                                                               tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                             <  2:247430/140‑1 (MQ=16)

                                                                                               tGATCTTGCTCAATGAAGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                             <  1:565920/140‑1 (MQ=12)

                                                                                                gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGAAAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCACAt                                            >  2:275398/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                  tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                          >  1:105324/1‑140 (MQ=16)

                                                                                                  tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                          >  1:134703/1‑140 (MQ=16)

                                                                                                   cTTGCTCAATGAGGTTCTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAATTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                         <  1:394492/140‑1 (MQ=17)

                                                                                                   cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                         >  1:411095/1‑140 (MQ=16)

                                                                                                   cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGACTTCGTTTAAGGTGCCTTATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTCCCACATTGt                                         >  2:35078/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                    ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                        >  2:521399/1‑140 (MQ=12)

                                                                                                     ttgttaaTGTGTTTATTCAGAGATTTCGATTTACAATGGCAGTGAGGTTTAACTTTAAAAGTGTTAATTACTTTAACCATTGCTAACTTCGTTGAAGGTGAATGATCTGTACTTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                       <  2:32170/135‑1 (MQ=11)

                                                                                                        tCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTTCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                    <  2:43502/140‑1 (MQ=12)

                                                                                                         cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                   <  2:257702/140‑1 (MQ=12)

                                                                                                           aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGACATGTAACGACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATgag                                 <  1:259007/140‑1 (MQ=11)

                                                                                                              aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                              <  2:499245/140‑1 (MQ=32)

                                                                                                               ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                             >  2:468624/1‑140 (MQ=16)

                                                                                                               ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                             <  2:545401/140‑1 (MQ=17)

                                                                                                                gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                            <  1:635444/140‑1 (MQ=12)

                                                                                                                gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                            >  2:533572/1‑140 (MQ=12)

                                                                                                                 ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACTTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGttt                           <  1:533586/140‑1 (MQ=12)

                                                                                                                   aTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGa                         >  2:175818/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                      cAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaa                      >  2:621317/1‑140 (MQ=16)

                                                                                                                        gATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATaaag                    >  2:482938/1‑139 (MQ=16)

                                                                                                                         atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGGTACCTTCGTTGAGGGTGCCTGCTTTGTAATTTCCTTTTGGGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGGCGTTTGATAAACg                   >  2:329837/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                           atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                 <  2:4500/140‑1 (MQ=17)

                                                                                                                             ttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCata               <  1:512182/140‑1 (MQ=18)

                                                                                                                                  tGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg          >  1:624623/1‑140 (MQ=16)

                                                                                                                                   gTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa         <  1:109051/140‑1 (MQ=17)

                                                                                                                                    tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTGATGACTTTAAACATTGCTATCTTCGTTGAAGGTGCCTGTTCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTCCCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGaa        <  1:585565/140‑1 (MQ=11)

                                                                                                                                    tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGaa        >  2:581160/1‑140 (MQ=16)

                                                                                                                                       aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa     >  1:542748/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                                       aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa     <  2:561088/140‑1 (MQ=32)

                                                                                                                                         tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAGTTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt   <  2:403493/140‑1 (MQ=11)

TTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTA  >  CP000730/35948‑36225

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`