BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,133	A→G	28.7%	V140A (GTA→GCA)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
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*	CP000730	36,133	0	A	G	28.7%	470.9 / inf	469	V140A (GTA→GCA)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (175/157); new base G (69/65); total (245/224)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.38e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.28e-01

Only 100 of 478 total aligned reads displayed.

TGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATC  >  CP000730/35994‑36272

   tGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACAATTGCTACCt                                                                                                                                          >  1:443234/1‑140 (MQ=255)

    gTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCtt                                                                                                                                         >  1:43502/1‑140 (MQ=255)

     tATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTc                                                                                                                                        <  1:234068/140‑1 (MQ=255)

      aTTGATACTTCGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGTTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCg                                                                                                                                       <  2:518698/140‑1 (MQ=255)

       ttGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGcccttgt                                                                                                                                      >  1:246376/1‑135 (MQ=14)

       ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCTATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTCTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                                      <  1:497531/140‑1 (MQ=255)

       ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATTTACAATGACAGTCAGGTTAAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTACCCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                                      >  1:324657/1‑140 (MQ=255)

       ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                                      >  1:198287/1‑140 (MQ=255)

       ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGt                                                                                                                                      >  1:530130/1‑140 (MQ=255)

        tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                                     <  1:563754/140‑1 (MQ=255)

        tGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGtt                                                                                                                                     <  2:52802/140‑1 (MQ=255)

          aTACTTTGATATCTTTTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTGATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGa                                                                                                                                   <  2:341277/140‑1 (MQ=14)

          aTACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGa                                                                                                                                   >  2:130852/1‑140 (MQ=255)

            aCTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTGGGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTGGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAg                                                                                                                                 >  1:339725/1‑140 (MQ=14)

            aCTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGTTTATTCATATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTTATAGCTTTAATTACTTTAATCATTGCTACCTTCGTTGagg                                                                                                                                 >  1:98797/1‑138 (MQ=14)

            aCTTTGAGTCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGGGATCTTGCTCAATGTGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAg                                                                                                                                 <  2:62406/140‑1 (MQ=255)

             cTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGACGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAgg                                                                                                                                >  1:40489/1‑140 (MQ=255)

                 gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTGCAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTgac                                                                                                                            >  2:619478/1‑138 (MQ=255)

                  aTACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                                                           >  2:406237/1‑140 (MQ=39)

                      cTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGGTCTTGCCCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATc                                                                                                                       <  2:169158/140‑1 (MQ=11)

                       ttGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAAATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAATTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGATTCATGATCt                                                                                                                      >  1:124506/1‑140 (MQ=14)

                          tctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTATTCGGTTTCATTATTTTTGCCATTGCTGCCTTCGTTGACGATGCCTGATCTGTa                                                                                                                   >  1:585889/1‑140 (MQ=14)

                           ctttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaa                                                                                                                  <  2:637398/140‑1 (MQ=255)

                            tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAt                                                                                                                 >  1:360830/1‑140 (MQ=255)

                             ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGTTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                                                <  1:295938/140‑1 (MQ=255)

                             ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAAtt                                                                                                                <  2:274865/140‑1 (MQ=255)

                             ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGATAGGCAGGTTTACGTTTACACGATTTAATATTTTTAGACAGTGCTCCCTCAGTTGAAAGTGCCCGATCTGTaact                                                                                                                >  2:397363/1‑138 (MQ=11)

                              tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCATTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                               >  1:522664/1‑140 (MQ=255)

                              tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                               >  2:117849/1‑140 (MQ=255)

                              tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                                                               >  2:543563/1‑140 (MQ=39)

                                ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc                                                                                                             >  2:662456/1‑140 (MQ=255)

                                ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc                                                                                                             >  2:364763/1‑140 (MQ=255)

                                  aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCGGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCtt                                                                                                           >  1:635532/1‑140 (MQ=255)

                                   cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                                                          >  1:148066/1‑140 (MQ=255)

                                   cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTAACTTCGTTGAAGGTGCCTGATATGTAATTACCttt                                                                                                          >  1:88818/1‑140 (MQ=25)

                                    tttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                                         <  1:143421/140‑1 (MQ=25)

                                    tttAATATGACGGTGATCTTGCCCAATGAGGTTATTCAGATATTTAGATGTACAATGGCAGTCAGGTGTAAGCTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGCGCCTGCTCTGTAATTACCtttt                                                                                                         >  2:604522/1‑140 (MQ=11)

                                    ttacatatGACGGTGACCCTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCCATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTCAACCATTGCTACCCTCGTTGAAGTTGCTTGATCTGTAATTACCtttt                                                                                                         <  2:289937/136‑1 (MQ=11)

                                       aaTATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGATTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAg                                                                                                      >  1:227860/1‑140 (MQ=255)

                                         tatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggc                                                                                                    >  2:553915/1‑139 (MQ=255)

                                           tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGctt                                                                                                  >  1:169621/1‑140 (MQ=255)

                                             acgattatctaacTCAAGGAGGTTATTCAAATATTTCTATTTCGACTGGTATTCAGATTTAATTATAAAAGCTTTAATTACTTTAATAATCGCTACCTTCTTTGAAGGTGCCTGATCTGCAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                                <  2:182783/128‑1 (MQ=2)

                                             aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGTTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGATGTTTAc                                                                                                >  1:48952/1‑140 (MQ=255)

                                             aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                                                                >  2:594165/1‑140 (MQ=255)

                                              cGGTGATCTTGCGCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTTAGGCTTAcc                                                                                               <  2:145880/140‑1 (MQ=11)

                                                 tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaaa                                                                                            <  1:468455/140‑1 (MQ=11)

                                                  gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAAt                                                                                           <  2:449389/140‑1 (MQ=11)

                                                  gATCCTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCGGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt                                                                                           >  1:452682/1‑140 (MQ=255)

                                                   aTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGTTTTACCaaaat                                                                                          >  2:313788/1‑138 (MQ=255)

                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTg                                                                                         >  1:105324/1‑140 (MQ=16)

                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGTCTTACCAAATTg                                                                                         >  1:509691/1‑140 (MQ=11)

                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTg                                                                                         >  1:549049/1‑140 (MQ=11)

                                                    tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACAAAACTg                                                                                         >  2:256280/1‑140 (MQ=11)

                                                     cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTTCTACCTTAGTTAAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGCTTTAACAAATTGt                                                                                        >  1:68930/1‑140 (MQ=11)

                                                     cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTTCCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                                                                        >  1:281865/1‑140 (MQ=255)

                                                         ctaaaTGAGTTTATTGCTCTATTTCGATTTACAATGGTAGTCTTGTTTAAGTTTAAAAGCTTTTATTTCTTTAACCATTGCTAGCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                                                    <  1:268917/137‑1 (MQ=11)

                                                         cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTCATCTGTAATTACCTTTTGCGGTTTACCAAATTGTTTaa                                                                                    <  1:371398/140‑1 (MQ=255)

                                                           cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATg                                                                                  <  1:413465/140‑1 (MQ=16)

                                                             aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                                <  1:206300/140‑1 (MQ=17)

                                                             aTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATgag                                                                                <  2:352590/140‑1 (MQ=12)

                                                                aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                             <  2:200072/140‑1 (MQ=17)

                                                                aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                             <  1:80949/140‑1 (MQ=11)

                                                                aGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACg                                                                             <  2:576547/140‑1 (MQ=32)

                                                                aGGTTAATCAGATATTTCGATGTACACTGGAAGACACGAATAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTAGTTGAAGGAGCCTGATCTGTAATTACATTTTGAGGATCACAAAATAGTTTAATgtgaga                                                                             >  2:465710/1‑138 (MQ=11)

                                                                 ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTCCTACATTGCAAGGAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGt                                                                            >  1:154008/1‑140 (MQ=11)

                                                                  gTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                                                           >  2:533572/1‑140 (MQ=12)

                                                                    tATTCAGATATTTCTATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTGTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTGTGCGGAATACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTg                                                                         <  2:441248/140‑1 (MQ=11)

                                                                     aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACATAAGTATAATGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGATTGa                                                                        >  1:654635/1‑140 (MQ=11)

                                                                     aTTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTACTGAGCGGTTTGa                                                                        >  2:493664/1‑140 (MQ=11)

                                                                      ttCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTAAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                                                                       >  1:187211/1‑140 (MQ=17)

                                                                           atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGGTACCTTCGTTGAGGGTGCCTGCTTTGTAATTTCCTTTTGGGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGGCGTTTGATAAACg                                                                  >  2:329837/1‑140 (MQ=11)

                                                                           atatTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                                                                  <  1:308033/140‑1 (MQ=17)

                                                                             atTTCTATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTTGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                                <  1:256572/140‑1 (MQ=11)

                                                                             atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                                <  2:226718/140‑1 (MQ=16)

                                                                             atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                                                                <  2:585889/140‑1 (MQ=11)

                                                                              tttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                               <  2:503188/140‑1 (MQ=17)

                                                                              tttAGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                                                               <  2:323138/140‑1 (MQ=11)

                                                                                tCGGTGTACTATGGAAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTACTTGCGTTTACTATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCATGATCTGTAATTACCTTTTGATGTTTACGATATTGTTTAATGGGACGTTTGATAAACGCatat                                                             <  2:215886/140‑1 (MQ=11)

                                                                                tCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTCATGAGACGTTTGATAAACGCatat                                                             <  2:473959/140‑1 (MQ=16)

                                                                                    tGTAGAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg                                                         <  1:478886/140‑1 (MQ=11)

                                                                                    tGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg                                                         >  1:624623/1‑140 (MQ=16)

                                                                                    tGTACAATGGCAGTCAGGATTAAGTTTAAAGGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTTAGGTTTGCCAAATTGTTTAAGGAGACATTCGATAAACGAATatgatg                                                         >  2:300642/1‑140 (MQ=11)

                                                                                     gTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa                                                        <  1:109051/140‑1 (MQ=17)

                                                                                      tACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGTTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCTTTGAAGGTGCTTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGaa                                                       <  1:380837/140‑1 (MQ=11)

                                                                                        caatgtgcgtgaGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTCTTGAGCTTTACCAATTGGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATg                                                     <  2:419179/129‑1 (MQ=1)

                                                                                         aaTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa                                                    >  1:542748/1‑140 (MQ=11)

                                                                                           tGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt                                                  >  1:629464/1‑140 (MQ=11)

                                                                                            gACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTa                                                 >  2:232678/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                           tattttAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCTTTATCTGTAACTACGTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatg                  <  1:16223/137‑1 (MQ=1)

                                                                                                                               ttAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAatgtatg              >  1:663927/1‑140 (MQ=11)

                                                                                                                                 aaccATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACTTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATTTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATATATGTc            >  1:612620/3‑140 (MQ=255)

                                                                                                                                  atcATTGCGATGTTCGTTTAAGTTGCCTGATCTGTAATTACCTGTTGAGGTTTATCAAATTTTTTAATGAGACGTTTTATAAATGCATATGCTTAATGAATATCTCGTTGCTTACGAAACCAAATATCTAATGTAGGTcc           <  2:281865/138‑1 (MQ=11)

                                                                                                                                     aTTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctc        >  1:579442/1‑140 (MQ=32)

                                                                                                                                     aTTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctc        >  2:380742/1‑140 (MQ=32)

                                                                                                                                      ttGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAGTGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctct       >  1:573442/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                                      ttGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTTATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctct       >  1:427404/1‑140 (MQ=17)

                                                                                                                                      ttGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCACCCAAATATCTAATGTATGTCCctct       >  2:651525/1‑140 (MQ=17)

                                                                                                                                      ttGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCctct       >  2:83042/1‑140 (MQ=32)

                                                                                                                                       tgctgcCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTg      >  2:245064/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                                       tGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTg      >  1:537803/1‑140 (MQ=32)

TGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCGTTGCTTACGCAACCAAATATCTAATGTATGTCCCTCTGCATC  >  CP000730/35994‑36272

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`