| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,876 | C→T | 55.0% | intergenic (+107/+1) | USA300HOU_0025 → / ← USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,876 | 0 | C | T | 55.0% | 10.6 / 111.1 | 100 | intergenic (+107/+1) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/30); new base T (21/34); total (36/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAT > CP000730/35737‑36013 | gCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAAAAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGc > 1:518698/1‑140 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTa > 1:349692/1‑140 (MQ=255) tCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAAc > 2:635511/1‑140 (MQ=255) cAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACt < 2:307882/140‑1 (MQ=255) aacgTTTTTGGCGAAAAATGGTTACTTGAACAAGAGCTAAGATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAATGTTCTGTTGCAAAGTAAACACATCTAGCTAACCACCAATTTATCACGGCATTGTTCGCTTAATTGGCTAg < 2:557235/137‑1 (MQ=255) gCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCACGATGCTa > 1:336889/1‑140 (MQ=255) cGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTaa > 2:84775/1‑140 (MQ=255) aaaTGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAAtttg > 1:213423/1‑139 (MQ=255) gATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTgg > 2:169961/1‑140 (MQ=255) tACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATTGAAGGTTCTGTTGCTTAGTATATTAATATAGCTAGCCACTGATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCAt < 1:280684/140‑1 (MQ=21) ttGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGCCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGACGCTAATTTCGTGGCATGGc < 2:334978/140‑1 (MQ=255) cAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGaaaa < 2:51706/140‑1 (MQ=255) cTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGATATGTTTGTGGCATGGCGAAAATCCGTa < 2:306120/140‑1 (MQ=255) cTAAAAAAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTa < 2:216147/140‑1 (MQ=255) taaaataaaaTTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAg > 1:663515/1‑140 (MQ=255) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑ACAAAATCTAGCTAATCACTAATATATCATACCAATATTCGTTTAACTGGTGAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATGCGTAGATCTGa > 1:288880/15‑140 (MQ=2) acaaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGa > 1:20869/15‑140 (MQ=11) caaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGaa < 1:265277/127‑1 (MQ=11) aaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCTGTGTTTGTTTATCTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAag < 1:194225/128‑1 (MQ=11) aaaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAag < 1:628378/128‑1 (MQ=11) aaagtgtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCTCTAATATATCTTGTCAGTGTTCGTTTATCTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAaga < 1:74933/129‑1 (MQ=11) aaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAaga < 1:517866/129‑1 (MQ=11) aaagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAaga > 2:159932/12‑140 (MQ=11) aagagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAagag < 1:534692/130‑1 (MQ=11) atTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAaga > 2:584782/1‑140 (MQ=255) agagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAgaga > 2:296117/10‑140 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:83130/132‑1 (MQ=11) gagtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAc < 1:123561/132‑1 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 1:237830/133‑1 (MQ=11) agtattttaataaAAAT‑GATGGCTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:294229/133‑1 (MQ=11) tgactatataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATACCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:307935/133‑1 (MQ=255) tgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 1:504728/140‑1 (MQ=255) tgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 2:630285/140‑1 (MQ=255) tgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTACAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGAcc < 1:384811/140‑1 (MQ=255) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGCAgagagttg < 2:576400/135‑5 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 2:357206/135‑1 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg > 1:545401/6‑140 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAAGCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 1:34158/135‑1 (MQ=11) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGATAGCATGCTGCTCAGTTCGTGGCATGGCGATAATCCGTAAATCTGCAGAGAcacg > 2:329856/6‑137 (MQ=11) gATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTATATCTGAAGAGACCt < 1:356554/140‑1 (MQ=255) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGGATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 1:158799/136‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc > 1:526189/5‑140 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGACAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAAGCTGTAGATCTGAAGAGAACTGc > 1:118936/5‑140 (MQ=11) attttaataaAAA‑GGATGGCTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATAGATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGACGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 2:32631/136‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTACTATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg > 1:46612/4‑140 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 1:665108/137‑1 (MQ=11) ttttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 2:14986/137‑1 (MQ=11) ttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTTATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 1:595201/139‑1 (MQ=11) cTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 1:635511/140‑1 (MQ=255) taataaAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTCGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCgg < 2:354634/140‑1 (MQ=255) taataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGtt < 2:45730/140‑1 (MQ=11) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAATATTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTc > 1:228945/1‑140 (MQ=11) ataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCt < 1:602248/140‑1 (MQ=11) atggctgggtCTGTGGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTta < 2:33711/131‑1 (MQ=1) tgctttttatGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCGTATCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGTCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtat < 2:454308/131‑1 (MQ=1) tgAAGGTTCTGTTGAAAAGCAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttttcgt < 2:504480/139‑4 (MQ=9) tggttaaatttcAAAGCAAAAAAATATAGATAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTGGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAACTCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTtatata < 2:546926/129‑1 (MQ=1) aacatagAGGTAACTATTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTTTTATGGCGAAAATTCTTATATTTGAAGTGACCTGCAGTTTTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATa < 1:508092/137‑1 (MQ=1) tatccACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAg < 1:15170/137‑1 (MQ=1) ctaatacaccATGTTAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTATATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCt < 1:360623/131‑1 (MQ=1) atatattatGTCAGTGTTCGTTTACCTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGATAGTTGCGGTTCTTGTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTg < 1:385591/137‑1 (MQ=1) atatATCATGTCAGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCAGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTGAATACGTTTTAAAGTATTCTTTg > 2:531082/4‑140 (MQ=1) atatATCATGTCAGTGTTCGTATAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGATCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTg < 1:462310/137‑1 (MQ=1) atatATCAGGTCATTGTTCTTTTAACTTGCAAGCATGATGCTAATTTCCTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATCGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTg < 1:320431/137‑1 (MQ=1) caggTCCGTGTTGGCTTAACTTGCTAGCGTGATGCTAATTTCGTGGCATTGCGAAAATCCGTAGATTTGAAGAGACCTGCGGCTCTTTCTATATATAGCGTAAATACCTTCAATACCGTTTAATCTACTCTTTGCTGTAt < 2:276759/137‑1 (MQ=1) gtgaGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATATCTCCAATACCTTTTAAAGTATTCTTCGCTGCATTGa < 2:373396/137‑1 (MQ=1) ggggtTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGTTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATAc < 2:255617/137‑1 (MQ=11) cgtgtTCGCTTAACTTGCTAGCATGTTGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATCCACTCAAAGCCTTTTAAAGTATTCTTTGCTTTATTGATAc < 1:489477/139‑1 (MQ=11) aGTGTTCGTTTAACTTGGTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATAc < 1:231026/140‑1 (MQ=11) aGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATAc < 1:571427/140‑1 (MQ=11) aGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATAc > 1:18135/1‑140 (MQ=11) aGTGTTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTATATTGATAc > 1:86527/1‑140 (MQ=2) aGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTAGATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATAc < 1:656331/140‑1 (MQ=2) aGTGTTCGCTTAACTCGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTGATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATAc < 1:656236/140‑1 (MQ=2) gtgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGAGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACt > 1:284000/1‑140 (MQ=11) gtgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGAGAAAATCCGTGAATCTGAAGAGACCTGCGGTTCGCTTTATATAGAACGTAAATACAATCAAACAATCTTTAAATATACTTTGCTGTATTGATAca > 2:454330/1‑139 (MQ=11) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt > 1:217655/1‑140 (MQ=255) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACtt > 2:478886/1‑140 (MQ=255) tgtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt < 2:279644/140‑1 (MQ=12) tgtTCGCTTAACTTGCTAGCCTTTGGCTTATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt > 2:642331/1‑140 (MQ=11) tgtTCGCTTAACTTGCTAGCATGCTGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACATTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt > 1:210348/1‑140 (MQ=12) tgtTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCCTGGCGAAAATGCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTAACAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt > 2:197614/1‑140 (MQ=11) tgtTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt > 1:494598/1‑140 (MQ=17) tgtTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACtt > 1:306929/1‑140 (MQ=17) gtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGTAAAATCCGTAGATCTTAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGGAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt < 2:649666/140‑1 (MQ=11) gtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCCGTATTGATACttt < 1:645293/140‑1 (MQ=11) gtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt > 1:108877/1‑140 (MQ=17) gtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt < 2:548954/140‑1 (MQ=16) gtTCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAAACCGTAGATCTGAAAAGACCTGCGGTACTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt > 1:358220/1‑140 (MQ=11) gtTCGCTTAACTTTCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAACTCCGTAGATCTGAAGAGTCCTGTGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAAGACCTTTGAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt < 1:218079/140‑1 (MQ=11) gtTCGCTTAACTTGCTTGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt < 1:80714/140‑1 (MQ=16) gtTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACttt < 1:360350/140‑1 (MQ=18) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTg < 2:349688/140‑1 (MQ=16) ttCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAAAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCCTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACATTg > 1:311666/1‑140 (MQ=11) ttCGCTTAACTTTCTAGCCTGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGATACCTGCGGTTCTTTTTATATATAGCATAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTg < 2:57776/140‑1 (MQ=11) tCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa < 2:628678/140‑1 (MQ=16) tCGTTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa > 2:391978/1‑140 (MQ=12) tCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGa < 1:270266/140‑1 (MQ=18) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAt > 2:349203/1‑140 (MQ=17) cGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAt > 2:546368/1‑140 (MQ=17) | GCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACTTGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGAT > CP000730/35737‑36013 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |