| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 35,858 | T→A | 56.8% | intergenic (+89/+19) | USA300HOU_0025 → / ← USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 35,858 | 0 | T | A | 56.8% | 25.6 / 77.8 | 67 | intergenic (+89/+19) | USA300HOU_0025/USA300HOU_0026 | hypothetical protein/IS431mec transposase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/15); new base A (16/22); total (30/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
TAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTA > CP000730/35727‑35988 | tAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATGACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTAATCATGTc > 2:211369/1‑141 (MQ=255) gAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAGAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTc > 1:131790/1‑141 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCtcaa < 1:84301/141‑4 (MQ=255) aTTCAGTATAAAGTTATTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAAAAGGTTCTTTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTaa < 2:30590/141‑1 (MQ=255) 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2:152768/3‑136 (MQ=255) tttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCatgatg > 2:33293/1‑141 (MQ=255) tttGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCatgatg > 1:51269/1‑141 (MQ=255) ggCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTa < 2:103130/141‑1 (MQ=255) gAAAAATGATTACTTTAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAAtt > 1:294749/1‑141 (MQ=255) aaaaaaGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCGAATAACAATAGACGGTTCTGTTGCCAAGTACAAAAATATAGCTAACCACTGATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAAttt < 1:15612/141‑1 (MQ=21) 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< 2:270921/135‑1 (MQ=11) gtattgtaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTg < 1:59417/135‑1 (MQ=11) tgATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAAACAGTAGATCTGCagaaaact > 2:349245/1‑136 (MQ=255) tattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc > 2:274299/6‑141 (MQ=11) gattttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGc < 2:93929/136‑1 (MQ=11) attttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTCGCCTGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 1:391118/137‑1 (MQ=11) 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> 2:3582/3‑140 (MQ=2) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:88204/139‑1 (MQ=11) tttaataaAAAT‑GATGGTTCTGGTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 2:235082/139‑1 (MQ=11) tCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCg < 2:131790/141‑1 (MQ=255) taataaAAATAGAAGGGTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTGACCCCTAATTTATCATGTCCGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGt < 1:215785/141‑1 (MQ=255) aataaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTACTATATCATGTCAGTGTTCATAAAACT‑‑TAATAGCAAGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGCACTGGAAAGACCTGCCGTCCt > 2:238377/1‑141 (MQ=2) 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1:344232/141‑1 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 1:311184/141‑1 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 2:282856/141‑1 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCttt > 1:394659/1‑141 (MQ=11) taaAAAT‑GATGGTTCTGTTGCAAAGT‑AAAAAATATAGCTAATCACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATACTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACTTGCGGTTCttt > 1:123703/1‑141 (MQ=11) aaaaTAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGAACTGAAGAGACCTGCGGTTCttt < 2:288962/141‑1 (MQ=25) 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(MQ=1) aatcACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGGGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTACGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTa > 2:389990/4‑141 (MQ=1) aatcACTAATATATCATGTCAGTGTTCGTTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACACTCAATACCTTTTAAAGTa < 1:95547/138‑1 (MQ=0) | TAATGTAGAAGCTATTCAGTATAAAGTTTTTGGCGAAAAATGATTACTTGAACAAGAGCTAAAATAAAATTGTGATCTAATAAAAATAGAAGGTTCTGTTGCAAAGTAAAAAAATATAGCTAACCACTAATTTATCATGTCAGTGTTCGCTTAACT‑‑TGCTAGCATGATGCTAATTTCGTGGCATGGCGAAAATCCGTAGATCTGAAGAGACCTGCGGTTCTTTTTATATAGAGCGTAAATACATTCAATACCTTTTAAAGTA > CP000730/35727‑35988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |