| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,064,126 | G→C | 44.7% | Y121* (TAC→TAG) | USA300HOU_1000 ← | LytR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,064,126 | 0 | G | C | 44.7% | ‑4.4 / 34.2 | 27 | Y121* (TAC→TAG) | USA300HOU_1000 | LytR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/6); new base C (6/6); total (15/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
CATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCCAACTTTAGGAATGTAGCTGATAGTATCACGTGGAATACTAAGCATTCTAATTTGATGTTTTGATTGATTAAAAGTAGTTAAAATCATAGCGTCTGATCTAGAGTGTTCAGCATCCTGTCCTTTT > CP000730/1063996‑1064258 | cATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCCaa > 2:199442/1‑141 (MQ=255) cTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCTAAATTTAGGAAt > 1:101584/1‑141 (MQ=255) cTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCCAACTTTAGGAAt > 1:121274/1‑141 (MQ=255) cTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCCTAATAGCCAACTTTAGGAAt > 1:117366/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaTTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATAGGCATGTGCATGGGTAATCTTATCCTAATAGCCAACTTTAGGAATGTAGCTGAAAATATCACGTGGAATACTAAGCATCTTAATTGGCTGt > 2:185817/3‑141 (MQ=255) aTGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCCTAATAGCCAACTTTAGGAATGTAGCTGATAGTATCACGTGGAATACTAAGCATTCTAATTTGATGTTttgat < 1:228168/141‑1 (MQ=255) gCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCCTAATAGCCAACTTTAGGAATGTAGCTGATAGTATCACGTGGAATACTAAGCATTCTAATTTGATGTTTTGATTGATTa > 1:263015/1‑141 (MQ=255) ccctaaTCCATTGCCGCAATTGGACCACCATCTGCATGTGCATGGGTAATCTTATCCTAATAGTCAACTTTAGGAATGTAGCTGATAGTATCAACTGGAATACTAAGCATTTTAATTTGATGTTTTGATTGATTAAAagta < 2:196012/137‑1 (MQ=255) cATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCCTAATAGCCAACTTTAGGAATGTAGCTGATAGTATCACGTGGAATACTAAGCATTCTAATTTGATGTTTTGATTGATTAAAAGTAGTTAAAAt < 1:70963/141‑1 (MQ=255) ttGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCCTAATAGCCAACTTTAGGAATGTAGCTGATAGTATCACGTGGAATACTAAGCATTCTAATTTGATGTTTTGATTGATTAAAAGTAGTTAAAATCa > 2:36910/1‑141 (MQ=255) tGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCCTAATAGCCAACTTTAGGAATGTAGCTGATAGTATCACGTGGAATACTAAGCATTCTAATTTGATGTTTTGATTGATTAAAAGTAGTTAAAATCAt < 1:223029/141‑1 (MQ=255) gCGGCAATTGGACCACCAAACCAGCCTTTATGGGTAATCTTATCCTAATAGCCAACTTTAGGAATGTAGCTGATAGTATCACGTGGAATACTAAGCATTCTAATTTGATGTTTTGATTGATTAAAAGTAGTTAAAATCATa > 2:270483/1‑141 (MQ=255) cGGCCATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATGGGAATAGCCAACTGTAGGAATGTAGCTGATAGTATCACGAGGAATACTAAGCATTCTAATTTGATTTGTTGATTGATTAAAAGTAGTTAAAATCATAg < 2:101584/141‑1 (MQ=255) cGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCCAACTTTAGGAATGTAGCTGATAGTATCACGTGGAATACTAAGCATTCTAATTTGATGTTTTGATTGATTAAAAGTAGTTAAAATCATAg < 2:121274/141‑1 (MQ=255) aTTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCCAACTTTAGGAATGTAGCTGATAGTATCACGTGGAATACTCAGCATCCTAATTTGATGTTTTGATTGATTAAAAGTAGTTCAAATCATACCGCCt > 2:164834/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) | CATTTACAGCCTCGACAAATGCTTTCATATTGACTCTCACATAATAATCAACAGGTACATTCATGGTAGCTTCTACCGAATCCATTGCGGCAATTGGACCACCATATGCATGTGCATGGGTAATCTTATCGTAATAGCCAACTTTAGGAATGTAGCTGATAGTATCACGTGGAATACTAAGCATTCTAATTTGATGTTTTGATTGATTAAAAGTAGTTAAAATCATAGCGTCTGATCTAGAGTGTTCAGCATCCTGTCCTTTT > CP000730/1063996‑1064258 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |