| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,035,886 | T→C | 66.2% | intergenic (‑212/‑3) | USA300HOU_1892 ← / → USA300HOU_1893 | hypothetical protein/DNA‑directed DNA polymerase III |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,035,886 | 0 | T | C | 66.2% | 21.7 / 12.5 | 24 | intergenic (‑212/‑3) | USA300HOU_1892/USA300HOU_1893 | hypothetical protein/DNA‑directed DNA polymerase III |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/5); new base C (12/3); total (16/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TCATCATTTACTTTTTAATCAGAGTTACATCCAAATGATAGATTTCACGTTATACCTTCACGTATAATATTATGTATCGTTTGTAAGCAAATGACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACTACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGTTAAAGTCATTGATAGTCAAATAACAGAAACATTTCATACTCTTGTGAATCCGCAA > CP000730/2035746‑2036023 | tcatcaTTTACTTTTTAATCAGAGTTACATCCAAATGATAGATTTCACGTTATACCTTCACGTATAATATTATGTATCGTTTGTAAGCAAACGACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGCTTTACt > 2:82591/1‑141 (MQ=255) atTTACTTTTTAATCAGAGTTACATCCAAATGATGGATTTCACGTTATACCTTCACGTATAATATTATGTATCGTTTATAAGCAAATGACTAAAAGTATATTAATATATACATTTAATTAATTGCAAGGATTTACCACATg > 2:84314/1‑141 (MQ=255) cTTTTTAATCAGAGTTACATCCAAATGATAGATTTCACGTTATACCTTCACGTATAATATTATGTATCGTTTGTAAGCAAATGACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTAAAATGATTGACAACATGATACa > 1:84095/1‑141 (MQ=255) gATTTCACGTTATACCATCACGTATAATACTATGACTCGAGTGATAGCAAATGACTAAGAGTCTATTAATATATACATTTAACTAATTGAAAGGATTGTCTACCTGATACAAGATGCGTTTGTGGCACTTGATATTGAGAc > 2:127866/1‑141 (MQ=255) aaatatataCCTTGAATAATAATATGATGTATGGTTTGTAAGGATATGTCTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACTAAATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTAGATTTTGAAACAGCaa < 1:51274/136‑1 (MQ=255) cGTATAATATTATGTATCGTTTGTAAGCAAATGACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACTACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACaa < 2:159855/141‑1 (MQ=255) gTATAATATTATGTATCGTTTGTAAGCAAATGACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACCACATGATACTAGACGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAg < 1:192438/141‑1 (MQ=255) atatTATGTATCGTTTGTAAGCAAATGACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTAttt > 2:254382/1‑141 (MQ=255) cGTTTGTAAGCAAATGACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACTACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCATTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGa < 2:206353/141‑1 (MQ=255) tAAGCAAATGACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGtt > 1:44740/1‑141 (MQ=255) tAAGCAAATGACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGtt > 1:233780/1‑141 (MQ=255) aaTGACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTTTCGGAATGGATAAAGTc > 2:191992/1‑141 (MQ=255) gACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGTTAAAGTCAtt > 1:225149/1‑141 (MQ=255) cTAAAAGTCTATTACTATATACATTTCATTAATTGAAAGGATTGACTACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACCGCTAATGTTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGTTAAAGTCATTGa < 1:162539/141‑1 (MQ=255) tATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGTTAAAGTCATTGATAGTCAAAt > 1:275861/1‑141 (MQ=255) aTTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAAGGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGTTAAAGTCATTGATAGTCAAATa > 2:120003/1‑141 (MQ=255) ataCATTTAATTAATTGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATACGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGACTGGCTACAGTCAATGATAGTACAATAACAGaaaa > 1:26839/1‑140 (MQ=255) tttAATTAATTGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCACATGGTAAACGTACAAGTATTTGTCCTGTCGGAATGGTTAAAGTCATTGTTAGTCAAATAACAAAACCAGTTc > 2:41759/1‑141 (MQ=255) tttAATTAATTGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGTTAAAGTCATTGATAGTCAAATAACAGAAACATTTc < 1:254382/141‑1 (MQ=255) attaattGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACaa < 1:77535/80‑1 (MQ=255) attaattGAAAGGATTGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACaa > 2:77535/1‑80 (MQ=255) ttGAAAGGATTGACTACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGTTAAAGTCATTGATAGTCAAATAACAGAAACATTTCATACTCTtg < 1:117921/141‑1 (MQ=255) tGACCACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGTTAAAGTCATTGATAGTCAAATAACAGAAACATTTCATACTCTTGTGAATCCGCa > 1:191751/1‑141 (MQ=255) gACTACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGTTAAAGTCATTGATAGTCAAATAACAGAAACATTTCATACTCTTGTGAATCCGCaa > 1:257778/1‑141 (MQ=255) gACTACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGTTAAAGTCATTGATAGTCAAATAACAGAAACATTTCATACTCTTGTGAACCCGCaa > 2:76687/1‑141 (MQ=255) | TCATCATTTACTTTTTAATCAGAGTTACATCCAAATGATAGATTTCACGTTATACCTTCACGTATAATATTATGTATCGTTTGTAAGCAAATGACTAAAAGTCTATTAATATATACATTTAATTAATTGAAAGGATTGACTACATGATACAAGATGCGTTTGTTGCACTTGATTTTGAAACAGCAAATGGTAAACGTACAAGTATTTGTTCTGTCGGAATGGTTAAAGTCATTGATAGTCAAATAACAGAAACATTTCATACTCTTGTGAATCCGCAA > CP000730/2035746‑2036023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |