| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 36,581 | C→T | 37.5% | intergenic (‑30/‑493) | USA300HOU_0026 ← / → USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,581 | 0 | C | T | 37.5% | 156.8 / 137.0 | 139 | intergenic (‑30/‑493) | USA300HOU_0026/USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/43); new base T (17/35); total (61/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.30e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.50e-02 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTAG > CP000730/36442‑36720 | tCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACt > 2:497075/1‑141 (MQ=32)tCCCTTAACATATCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACt < 2:507431/141‑1 (MQ=17) aaTATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAAt < 2:157457/141‑1 (MQ=35) tCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACt > 1:440501/1‑141 (MQ=35) cAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACtt > 2:773679/1‑141 (MQ=35) tatatCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAATTTATAATATAAATTTAACTTTGCa > 2:471689/1‑141 (MQ=255) tatatCACGATAACTCAACGGATATCGTAGATAGAAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATGCAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTCTAAATTCAACTTTGCa < 1:202110/141‑1 (MQ=11) taaatCACGATAACTAAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCa < 1:353346/138‑1 (MQ=21) tatCACGATAGCTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATAAAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAAc < 1:416965/141‑1 (MQ=255) cGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCATCGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAc > 2:520093/1‑141 (MQ=25) gATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAccc > 2:193791/1‑141 (MQ=25) tagcTCAGTGCATATCTGATATAGGAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGGTTGGATCTTAAATAGTTCAGACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 1:550511/138‑1 (MQ=11) tagcTCAATGCACATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACCCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAAccacacctt < 2:683328/138‑9 (MQ=11) agcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGta > 1:640460/3‑141 (MQ=9) agcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGta > 1:756098/3‑141 (MQ=12) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 2:788733/2‑141 (MQ=12) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 2:231193/2‑141 (MQ=12) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCAAACGGCTACAGTGATAACATCCTGGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGATCATACACAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACTGAACCGtat > 2:190875/2‑141 (MQ=11) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 1:171321/1‑141 (MQ=16) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt < 2:702947/141‑1 (MQ=18) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 1:710573/1‑141 (MQ=12) ccAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatta < 1:66445/140‑1 (MQ=40) cAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATAATTGCTGGACGTTGGATGTCTGAATCCTTGCATACAGAAGACTCCTTTTGGTTAGAAGGATACTATGAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattat > 1:777847/1‑141 (MQ=9) cAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatttt < 1:129214/141‑3 (MQ=255) cAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatttt < 1:60161/141‑3 (MQ=255) cAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatttt < 2:101883/141‑3 (MQ=255) aaTGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatttta > 2:583819/1‑138 (MQ=255) tgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 2:489681/138‑6 (MQ=255) tgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 1:41217/138‑6 (MQ=255) tgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 2:717220/138‑6 (MQ=255) tgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGATACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGTCTCCTATTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTCCAACAGAACCGtattttatg < 1:481284/138‑6 (MQ=11) tgcatatCTTAGACAGTAGCTAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 2:316500/138‑6 (MQ=11) tgcaaatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTGAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 1:462470/136‑6 (MQ=11) tgcaaatCTTAGATAGTAGACAACGGCTACAGTGATAACATAATTGATGTATCATTGATATTTGATATAGTTCATAAAGCAGCCTCCTGGGTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 2:756887/136‑6 (MQ=2) tgaatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGATTACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 2:22029/138‑6 (MQ=11) agcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAACTTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 2:437433/138‑6 (MQ=255) tgatatCTTAGAAGATAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATGGTTTATATCGGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatga < 2:118178/139‑7 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatga < 1:623707/139‑7 (MQ=255) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatga < 2:208718/139‑7 (MQ=255) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatga < 1:469052/139‑7 (MQ=255) gcatatCGTAAATTGTAGCCAACGGGTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCACCAGAACCGtattttatga < 2:654722/139‑7 (MQ=11) gTACATCTTAGATAGTAGCCAACCGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATACTTCATACAGAAGACTCCTTCTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgta < 2:410062/141‑12 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCTTGCTTGGTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgag > 1:739085/2‑134 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCCACCGACCCGtattttatgag < 2:597016/140‑8 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgag > 1:667737/2‑134 (MQ=255) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtctta > 1:702189/1‑127 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGACTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATCAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagta > 1:409114/1‑132 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatatg < 2:183673/141‑15 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatatg > 1:424738/1‑127 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATaga > 2:24710/1‑141 (MQ=255) tCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtaca > 2:596765/1‑130 (MQ=11) cTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCAtattttatgagtacac > 1:144475/1‑129 (MQ=11) tttgATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGAt < 1:268896/138‑1 (MQ=255) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 2:655850/141‑15 (MQ=11) aTAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTg < 2:775024/141‑1 (MQ=255) aTAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTAATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCACCAGAACCTTATTATGGAATAGAGATGTTg > 2:196791/1‑141 (MQ=255) tagtagGCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGGACCGTATTATGGAATAGAGATGTTgg > 1:578934/1‑141 (MQ=255) gtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTa > 1:659397/1‑141 (MQ=255) gtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACACAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTa > 2:552325/1‑141 (MQ=255) agCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAAc < 2:784842/141‑1 (MQ=255) ccAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATAGAGAAGGCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAAcct > 1:609582/1‑139 (MQ=255) ccAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAt > 1:315285/1‑141 (MQ=255) cAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAtt < 1:332236/141‑1 (MQ=255) cGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCATCAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtat > 2:553650/1‑141 (MQ=255) aggCTACAGTGATAACATCCTTCTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTGTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtat < 2:57802/140‑1 (MQ=255) tACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAg < 1:18857/141‑1 (MQ=255) tACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAg > 1:500749/1‑141 (MQ=255) cAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATGGAGATGTTGGTAACAtttgttcatga > 2:695896/1‑133 (MQ=17) cAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGa > 1:352817/1‑141 (MQ=255) cATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATAc < 2:320265/141‑1 (MQ=255) aTCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTTTACt > 2:788609/1‑141 (MQ=21) tGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTCAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGt < 1:304458/141‑1 (MQ=255) tGTTAAATGGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGt < 1:304372/141‑1 (MQ=255) tttAAATTGTTTATATCTTAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTTAGtt < 2:289400/140‑1 (MQ=255) gTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTTTTTTTTATACTATAAATTCAACTTTCCAACAGAACAGTATTATGGAGTAGAGATGTTTGTAACATTTATCCAGTATCATTATACTTAAAtt > 2:389562/1‑141 (MQ=18) ttAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACACTTATACAGGATCATTATACTTAAGttt < 2:599114/141‑1 (MQ=255) aaaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTaa > 1:630685/1‑141 (MQ=255) aaaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTaa > 1:19389/1‑141 (MQ=255) aaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAAt < 1:144508/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAAt < 1:638343/141‑1 (MQ=255) aaaTCGGTCATACAGAAGGCTCCTTTTGGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGaa < 1:92202/141‑1 (MQ=255) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAAAAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcaca < 1:773679/141‑1 (MQ=255) tCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcacaca > 2:339417/1‑141 (MQ=255) tCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTAAACTTTGAAACAGAACCGACTTATGGAAAAAAGATGTTGGTAAAATTTCTAAAGGATCATCATCCTTAAGTTTAATTTCGTTATTAAAGAAcaaaaaa > 1:355074/1‑135 (MQ=21) tACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACATATTc < 1:535678/141‑1 (MQ=255) aCAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTcc > 1:588201/1‑141 (MQ=255) gaagaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAAc > 1:423538/1‑141 (MQ=255) aagaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTCAAGTTTAATTTCGTTATTACAGCACCACACATTCCAAcc < 1:394832/141‑1 (MQ=255) gaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCag < 2:451434/141‑1 (MQ=255) cTCCTTTTTTTTTTTATTTTACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTATTTTCGTTATTACAGAACCACACATTACAACCagaa > 2:471089/1‑141 (MQ=255) tCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCagaag > 1:377857/1‑141 (MQ=255) ccTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGATATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTACGTTTAATTTCGTTATGACAGAACCACACATTCCAACCagaagg > 2:286402/1‑140 (MQ=255) tttttGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAgaga < 2:512139/141‑1 (MQ=255) tttttGTGAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAgaga < 2:467483/141‑1 (MQ=255) ttttGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGaa > 1:677100/1‑141 (MQ=255) tAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGAAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATg < 1:497075/141‑1 (MQ=255) aaaTTATACTATAAATTCAACTTGGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTGCAACCAGAAGAGAAAGTATGTc < 2:576575/141‑1 (MQ=255) aaTTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCt < 1:581495/141‑1 (MQ=255) ataCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTAttt > 1:626547/1‑141 (MQ=255) aCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTAg < 1:337639/141‑1 (MQ=255) | TCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTAG > CP000730/36442‑36720 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |