| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 39,672 | C→A | 100% | V488F (GTT→TTT) | mecA ← | penicillin binding protein 2 prime |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 39,672 | 0 | C | A | 97.9% | 142.9 / ‑5.0 | 54 | V488F (GTT→TTT) | mecA | penicillin binding protein 2 prime |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (31/21); total (32/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAA > CP000730/39536‑39806 | gAAAGGATCTGTACTTGGTTAATCAGTATTTCACTTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAAcc < 1:214364/140‑1 (MQ=255) aaaGGATATGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCt < 2:139047/140‑1 (MQ=255) ggATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAAACTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGATATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATTTTCACCAAAACCTAGt > 2:198547/1‑140 (MQ=255) gATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAAAACCTAGtt > 1:273168/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gTATATATTCACCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCa > 2:328238/1‑140 (MQ=255) aCCAAAACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCAAGAGCTACTCTAGCAAAGAAAATATTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTaa > 1:159676/1‑140 (MQ=255) | GAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACCACTTCATATCTTGTAA > CP000730/39536‑39806 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |