Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,532,515 | 1 | .→C | 1.0% | 1.7 0.0 ‑0.2 | 203 | intergenic (‑76/‑303) | yhgE/pck | DUF4153 family putative inner membrane protein/phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (104/97): total (105/98) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.68e-01 |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
CCAGCCATCCCCAAAGGCGCTTCTGTTTAAAAGAGATCACGGAGAAGAGTAAAACGGATGAAAACGCGACGGTCGCAGGCACGCCATAAACAATCCAACTGTGATTTTTTCCGGAAAGCCAGGCGATCAGCAGGTAGCAAACCAGACCCTGAAGTAATCCGGTAGCAATCATCCCCCAGCGTGTTGCGGGTGAAAGTTCAACGTTATCCATGTTGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTCCACTCACAATATTCCCGCCATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGTAAATCTATGAGCCTTGTCGCGGTTAACACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGC > NC_000913/3532229‑3532811 ccagccaTCCCCAAAGGCGCTTCTGTTTAAAAGAGATCACGGAGAAGAGTAAAACGGATGAAAACGCGACGGTCGCAGGCACGCCATAAACAATCCAACTGTGATTTTTTCCGGAAAGCCAGGCGATCAGCAGGTAGCAAACCAGACCCTGAAGTAATCCGGTAGCAATCATCCCCCAGCGTGTTGCGGGTGAAAGTTCAACGTTATCCAGGTTGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAga > 2:876484/1‑300 (MQ=255) 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CCAGCCATCCCCAAAGGCGCTTCTGTTTAAAAGAGATCACGGAGAAGAGTAAAACGGATGAAAACGCGACGGTCGCAGGCACGCCATAAACAATCCAACTGTGATTTTTTCCGGAAAGCCAGGCGATCAGCAGGTAGCAAACCAGACCCTGAAGTAATCCGGTAGCAATCATCCCCCAGCGTGTTGCGGGTGAAAGTTCAACGTTATCCATGTTGGTTATCCAGAATCAAAAGGTGGGTTAATTATCGCATCCGGGCAGTAGTATTTTGCTTTTTTCAGAAAATAATCAAAAAAAGTTAGCGTGGTGAATCGATACTTTACCGGTTGAATTTGCATCAATTTCATTCAGGAATGCGATTCCACTCACAATATTCCCGCCATATAAACCAAGATTTAACCTTTTGAGAACATTTTCCACACCTAAAATGCTATTTCTGCGATAATAGCAACCGTTTCGTGACAGGAATCACGGAGTTTTTTGTCAAATATGAATTTCTCCAGATACGTAAATCTATGAGCCTTGTCGCGGTTAACACCCCCAAAAAGACTTTACTATTCAGGCAATACATATTGGCTAAGGAGC > NC_000913/3532229‑3532811 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |