Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_000913 | 142,098 | 1 | .→A | 1.0% | 2.0 0.0 ‑0.4 | 197 | coding (573/663 nt) | can | carbonic anhydrase |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (91/104): total (92/105) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.46e-01 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAGAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGATGAGTTTGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGATGTGTTGCATCCGGCATGGCATTTTTATTTGT‑GGTTGGCGTGTTTCAGCTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATCC‑AGATCACGCAGCAAGCCGTCGTGAATGCCGTAGGCCCAGCCGTGAATGGTAACTTTCTGCCCGCGTTTCCACGCTGATTGCATAATGGTGGAGTGGCCCAGGTTATACACC‑TGTTCCATGACGTTCAGTTCACACAAGGTATCCAGACGGCGCTCTTGCGGCATTTCGCCGAGCAATGAGCTATGTTTGAACCAGATATCGCGGATATGCAGCAGCCAGTTGTTGATAAGCCCCAGTTCCGGGTTTTCAACTGCGGCTTGTACGCCGCCGCAACCGTAGTGGCCACAGATAATAATG > NC_000913/141799‑142395 | gtcGATTTGTACGGTGCTGGAGAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAGAATTTAGCGGGTTCTCGATCCCGGATGAGTTTGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGATGTGTTGCATCCGGCATGGCATTTTTATTTGT‑GGTTGGCGTGTTTCAGCTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATcc < 2:20357/298‑1 (MQ=255) 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aTTTGTACGCTGCTGGATAAAGCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGGCCCGGTATAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGATGAGTTGGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGATGTGTTGCATCCGGCATGGCATTTTTATTTGT‑GGTTGGCGTGTTTCAGCTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATCC‑AGAt < 2:147166/300‑1 (MQ=255) tttGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAGAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGATGAGTTTGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGATGTGTTGCATCCGGCATGGCATTTTTATTTGT‑GGTTGGCGTGTTTCAGGTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATCC‑GGTTCa > 1:1261758/1‑301 (MQ=255) ctgggggAGAAACCGTCCCGTCGGTAAGTGAACGGCCCGGTAGAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGATGAGGTTGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGAGGTGTTGCATCCGGCATGGCATTTTTATTTGT‑GGTTGGCGTGTTTCAGCTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATCC‑AGAt < 1:1126798/286‑1 (MQ=255) 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aTCC‑AGATCCCGGAGACAGCCGTCGTGAATGCCGTAGGGCCAGGCGTGAATGGTAACTTGCTGCCCGCGTTTCCACGCTGATTGCATAATGGTGGAGTGGCCCAGGTTATACACC‑TGTTCCATGACGTTCAGTTCACACAAGGTATCCAGACGGCGCTCTTGCGGCATTTCGCCGATCAATGAGCTATGTTTGAACCAGATATCGCGGATATGCAGCAGCCAGTTGTTGATAAGCCCCAGTTCCGGGTTTTCAACTGCGGCTTGTACGCCGCCGCAACCGTAGTGGCCACAGATAATAAtg < 2:1143571/301‑1 (MQ=255) cc‑AGCTCACGCAGCAAGCCTTCATGAATGCCGGAGGCCCAGCCGTGAATGGTAACTTTCTGCCCGCGTTTCCACGCTGATTGCAGAATGGGGGAGTGGCCCAGGTTATACACC‑TGTTCCATGACGTTCAGTTCACACAAGGTATCCAGACGGCGCTCTTGCGGCATTTCGCCGAGCAATGAGCTATGTTTGAACCAGATATCGCGGATATGCAGCAGCCAGTTGTTGATAAGCCCCAGTTCCGGGTTTTCAACTGCGGCTTGTACGCCGCCGCAACCGTAGTGGCCACAGATAATAAtg < 2:922150/299‑1 (MQ=255) | GGCGATTTGTACGCTGCTGGATAAACCGTCCCGTCGTGAAGTGAACGTCCCGGTAGAATTTATCGGTTTCTCGATCCCGGATGAGTTTGTGGTGGGTTACGGCATTGATTACGCACAGCGTTACCGTCATCTGCCGTATATCGGCAAAGTGATTCTGCTGGACGAGTAAGTGTGAAGTTGCCGGATGTGTTGCATCCGGCATGGCATTTTTATTTGT‑GGTTGGCGTGTTTCAGCTTGAGGTTGGAAATCCCGTGACGGTAACGTTGCTCAAGGGTTTCGCGGTTGGTGGCGGTAACATCC‑AGATCACGCAGCAAGCCGTCGTGAATGCCGTAGGCCCAGCCGTGAATGGTAACTTTCTGCCCGCGTTTCCACGCTGATTGCATAATGGTGGAGTGGCCCAGGTTATACACC‑TGTTCCATGACGTTCAGTTCACACAAGGTATCCAGACGGCGCTCTTGCGGCATTTCGCCGAGCAATGAGCTATGTTTGAACCAGATATCGCGGATATGCAGCAGCCAGTTGTTGATAAGCCCCAGTTCCGGGTTTTCAACTGCGGCTTGTACGCCGCCGCAACCGTAGTGGCCACAGATAATAATG > NC_000913/141799‑142395 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |