Read alignment evidence... | ||||||||||
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* | NC_000913 | 2,988,006 | 0 | C→A | 1.9% | 4.4 ‑0.7 ‑0.0 | 304 | F157L (TTC→TTA) | yqeH | putative LuxR family transcriptional regulator |
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (3/6): ref base (140/152): total (143/161) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 5.06e-01 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
AAAAAACCACAATGCGAGATTAAGCGGATATATTTTTGTCGATTTTTCAGTAAGTTTTTTACGTCTATTCCTTGAAAAAGACTGGATTGACTATCTTGCAAGTACTGACATGGGGATTGTTTTAGTCAGCGACCGCAATATGCAATCGTTAGCTAATTACTGGCGAAAACACAACTCAGCAATATCTGCTGTCATATATAATGATGATGGTCTTGATGTTGCCAATGAAAAGATCAGACAACTATTTATTGGTCGTTATTTATCATTTACCGGAGGTAACACATTAACTCAGATGGAATTCACCATAATGGGGTATATGGTTTCTGGTTATAATCCATATCAGATTGCTGAAGTTCTGGATATGGATATCCGTAGCATCTACGCGTACAAGCAACGAATCGAAAAGAGAATGGGTGGTAAAATAAACGAATTATTTATTCGTTCACATTCGGTCCAACATTGATACTCAACGACCAGCCAGAATCATACTCTGTTTATACGGGCATTTATTGAAATGTCCGTATTTTATAAATAGGCCGTCCCCTCAAGAGTAAACACCATAGTATTTAAAACCATCACACGAAAAATTCAGAAGCATTA > NC_000913/2987706‑2988305 | ccACAATGCGAGATTAAGCGGATATATTTTTGTCGATTTTTCAGTAAGTTTTTTACGTCTATTCCTTGAAAAAGACTGGATTGACTATCTTGCAAGTACTGACATGGGGATTGTTTTAGTCAGAGACCGCAATATGCAATCGTTAGCTAATTACTGACGAGAACACAACTCAGCAATATCTGATGTCATATATAATGATGATGGTCTTGATGTTGCCAATGAAAAGATCAGACAACTATTTATTGGTCGTTATTTTTCATTTACCTGAGGTATCACATTAATTCAGATGGAATTCACCATa > 1:866610/1‑301 (MQ=255) 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AAAAAACCACAATGCGAGATTAAGCGGATATATTTTTGTCGATTTTTCAGTAAGTTTTTTACGTCTATTCCTTGAAAAAGACTGGATTGACTATCTTGCAAGTACTGACATGGGGATTGTTTTAGTCAGCGACCGCAATATGCAATCGTTAGCTAATTACTGGCGAAAACACAACTCAGCAATATCTGCTGTCATATATAATGATGATGGTCTTGATGTTGCCAATGAAAAGATCAGACAACTATTTATTGGTCGTTATTTATCATTTACCGGAGGTAACACATTAACTCAGATGGAATTCACCATAATGGGGTATATGGTTTCTGGTTATAATCCATATCAGATTGCTGAAGTTCTGGATATGGATATCCGTAGCATCTACGCGTACAAGCAACGAATCGAAAAGAGAATGGGTGGTAAAATAAACGAATTATTTATTCGTTCACATTCGGTCCAACATTGATACTCAACGACCAGCCAGAATCATACTCTGTTTATACGGGCATTTATTGAAATGTCCGTATTTTATAAATAGGCCGTCCCCTCAAGAGTAAACACCATAGTATTTAAAACCATCACACGAAAAATTCAGAAGCATTA > NC_000913/2987706‑2988305 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |