Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,290,946 | 1 | .→C | 1.0% | 1.6 0.0 ‑0.8 | 203 | coding (2133/2517 nt) | yraJ | putative outer membrane protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (91/110): total (92/111) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.46e-01 |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCAACGGTAAACCGTTGCCCTTTGGCGCTCTTGCCAGCAACGATGATACGGGGCAACAAAGTATCGTCGATGAGGGCGGCATACTATATCTCTCTGGGATATCGAGTAAATCACAAAGCTGGACTGTACGC > NC_000913/3290652‑3291231 | aGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATACATCCTCATGGCGTGACGCCCTCGCCGTATCTGGGCCACGCTTTTGCACTTCTCGATGCTAACGGAGCCTCTGCTGTGCGGAGCCAAAAATAGACGGGGCTTGCTCCCGATCCTATTGGCTTTGCCGTGGTTCCTTCTTCCCCAACTAAA‑TAGGATAACCga > 1:736904/1‑299 (MQ=255) gTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGTCGTGGTTATCCATCCTAATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAgg < 2:794111/291‑1 (MQ=255) tgtaCGATAACAACCATAACAGTAGCCCTCACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGGGCCGGATACAGCTACGGTAATTACAGCCGCCAATACAATTACGGCGTTACCTGCGGCGTGGTTATCCATTCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGt < 2:1195077/298‑1 (MQ=255) aTAACAACCATAACAGGAGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTAGGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGAtac < 2:111193/301‑1 (MQ=255) tAACAACCAGAAAAGTAGCCTGAAACCCATGTGCCGTTCACCGTATGGCACCTGCAGTGCCGGATACAGCGACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGAtact < 1:652534/301‑1 (MQ=255) cccacCATAACAGTGGCCTGAACGCCAGTTAACGTTCAACTGATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATTGAGGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGAtactac < 1:1152229/298‑1 (MQ=255) aacagtAACAGTAGCCGGACGGCCAGTTACCGTTCACCTTCTGGCCCCTTCCGTGCCGGACACAGCTCCGGTAATGACAGCGTCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGGGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTAGCGAGGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGc < 1:706088/296‑1 (MQ=255) aacCCTAACAGTATCCTGAACGCCAGTTACCGTACACCTTATGGCACCTTCAGGGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGc < 1:199195/301‑1 (MQ=255) aacCATAACAGTAGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCCGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACg > 2:1292166/1‑300 (MQ=255) ccATACCAGTGGCGTGACCGCCAGTTACCGTCCACCTTATGGCACCTTCAGGGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAAGAGCCAATTCAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATAGCTGAGCAACGCATTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGGTCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGc < 1:312511/299‑1 (MQ=255) 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ccAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATCACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGACACCCGTCTCTCGGt > 2:1356626/1‑268 (MQ=255) gTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTACTGACAGCAGCCAATACAATTCCGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTCTCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTTCGCTTATCGATTCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGCTACACACCTCTCCGGGGCTTGCTACCGATCCTTTTGTCTATGAAGTTGTTCCTTATTGTACAACTTAT‑ACGGCAACCCGTCTCTCGGTCGATCCTACGCCGCTGACCGTTACAGTCGATCtttaccacca > 1:1322097/1‑293 (MQ=255) ttaaCCTTATGGCACCTTCAGGGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATAAAATTCCGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGGGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGaacaaaca < 2:953008/298‑1 (MQ=255) 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cTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCGATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAACCGGACTCTCGGTAGATAACCCGCACCTGCCCGATAACGTAGCTATTGAAACAACAACACAGttgttaggt > 1:530907/1‑294 (MQ=255) gTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACAGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCACTATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGCACACCGTCTCTCGCTAGAAACTACGCATCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACCAACAACACCGTTTGTGGTGCCCaa > 2:240252/1‑301 (MQ=255) gCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATAC‑AAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCCCAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGATCAACAAACACACTTTGTGTTGCCGAAcga > 2:939736/1‑299 (MQ=255) 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< 2:346318/252‑1 (MQ=255) cTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCCACGGTAAACCGTTGCCCTTTGGCGCTCTTGCCAGCAACGATGATACGGGGCAACAAAGTAt > 1:846446/1‑223 (MQ=255) cTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGGAGAGACTACGCAGCTGCACGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTGGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCAACGGTAAACCGTTGCCCTTTGGCGCTCTTGCCAGCAACGATGATACGGGGCAACAAAGTAt < 2:846463/223‑1 (MQ=255) | GGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAACGGAGCATCTGGCGTGAGGATACAAAACTATCCGGGGATTGCTACCGATCCTTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACAACTTAT‑CAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAACAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCAACGGTAAACCGTTGCCCTTTGGCGCTCTTGCCAGCAACGATGATACGGGGCAACAAAGTATCGTCGATGAGGGCGGCATACTATATCTCTCTGGGATATCGAGTAAATCACAAAGCTGGACTGTACGC > NC_000913/3290652‑3291231 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |