Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,447,846 | 1 | .→G | 2.9% | 0.1 0.0 ‑0.0 | 70 | coding (3735/3780 nt) | tamB | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (38/30): total (39/31) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.92e-01 |
TTATTTGCTACGTGGACAAGGGCTGGAGAGCGATCAGAGCGACAGTGCGGCAATGACCTCGATGCTGATTGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCG‑CAGTTCCGGGGAACGGAACGGTACACGGTGAAGTTTATCGTATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAGGGGCGGTGAATACGCGCGCCAGTTGATTC > NC_000913/4447546‑4448137 | tgattggccactgggACAGGGGCGGGGGTGGGATGAGAGCGACGGTGCGGCCTGGACCTCGATGATGATTGGTGTGGTGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAACATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTGAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCt < 1:161718/288‑1 (MQ=255) aTTTGCTACGTGGACAAGGGCTGGAGAGCGATCAGAGCGACAGTGCGGCAATGACCTCGATGCTGATTGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTCAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGAGAATCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAATTACGGCGTGGGTATCTTTGTGTCTATAGCACCACTCACGTTACGTTATCGCCTGCTGCCTAGTCTATATCTTGAATCCGTTGCT‑gg > 2:262969/1‑301 (MQ=255) acggtgtcaaggggtgggaggggATCAGAGGGACAGGGGGGGAAGGACCTGGATGCTGATGGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAAGTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGAc < 1:356764/279‑1 (MQ=255) cggtgtaaaGGGGTGGGGAGGTAGCGGAGAGAAAGGGGGGCAATGACGTCGAGGGTGATTGGTTGGGGGGTTGGTCAAAGTGGCCAGATGGTGGGTAAAATCGGCGATACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTACCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGAcc < 1:391501/294‑1 (MQ=255) cTGGAGAGCGATCAGAGCGACAGTGCGGCAATGACCTCGATGCTGATTGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCGGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTATCCAAGGCCCTGGCtt > 1:390893/1‑301 (MQ=255) gaaggataaggaggACAGGGCGGCAAGGACGTAGATGGTGATTGGGTTGGGGGTGGCGAAAAGTGGCCATATTGTGGGTAAAAGCGGCGAGACGTGTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGGAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGct < 2:390902/287‑1 (MQ=255) gggggtgggggCGAAAGGGCGGCAATGTGGTTGATGGGGATGGGGTTGGGGGTGGCGCAAAGTGGCCAGATTGGGGGTAAAATCGGGGAGACGTTTGGCGGAAGCAAGTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACGCCTCCCAGGTAGTGGTAAGGGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGGGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTAGCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGctc < 1:280633/290‑1 (MQ=255) agcgagcagggtgcaaGTGCGGCAAGGACCGCGATGCTGATTGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATGTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGctc < 1:360903/285‑1 (MQ=255) gATCAGAGCGACAGTGCGGCAATGACCTCGATGCTGATTGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCACGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTCGACAAGGCACTGGATTTGCTCTAt > 2:101566/1‑300 (MQ=255) aTCAGAGCGACAGTGCGGCAATGCCCTCGATGCTGATTGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGAAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCCACACTCACGTTACGTTATCGCATGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTAT‑GGTGTACACCAGGCCCTGGATTTGCTCTATCa > 2:406072/1‑301 (MQ=255) gTGCGGCAATGACCTCGATGCTGATTGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGACTCAGCTATATCTGGAAGCCGTATAT‑GGGGTAGACAATGCACTGGTTTTGCTCTGTCAGTTGGAGttttg > 2:382621/1‑300 (MQ=255) gggaaatgactggtgagtgggtgggTGTGGGGGTGGTGCAAAGGGGCCGGAGTGTGGGTAAAATCGGCGAGAAGTTTGGCGTAAGAAATGTAGCGCGCGACAACCAGGGAGTAGGCCACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATGGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTAGAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGc < 1:403251/277‑1 (MQ=255) aTGCTGATTGGTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTTTATCAGTTCGAGTTTTAGCAAGGCGAATCTTTGt > 1:269287/1‑301 (MQ=255) ggTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGACAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGGAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGAGACGCATCGCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATGGCCAGGGCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATAGTGGACTATATAGCAAGAATCACGTTAAGTTATAGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTAT‑GGTGTAGACAAGGCACTGGAGTGGCTCGAGTAGTTCGAGTTTTAGGACTGGGAGTAttgtacgaaggagg > 2:124175/1‑289 (MQ=255) gTTTGGGGGTTGCGCAAAGTGGCCAGATTGTGGGTAAAATCGGCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAATCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGCCCAGTCCCTGGATTTGCTTTCTCAGTTCTAGTTTTAGCAATGCGAATCTTTGTCTTCGGCatt > 1:5908/1‑299 (MQ=255) aaaGCGGGGAGACGTTTGGGTTAAGCAATTTAGCGGTAGAACACCAGGGAGGAGGAGTCTCCTCCCAGGTAGGGGTCAGCGGCTATGTTTGGCCAGGTATGCAAGGGAAATACGGCGTGGGTATATTTGAAGCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGGTCGAGTGTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGAcc < 1:262964/301‑1 (MQ=255) ggCGAGACGTTTGGCGTAAGCAATTTAGCGCTCGACACCCAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGGGGTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTATGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGATATCGCCTGATGCCTGAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGGTGTAGACCAGGCAGTGGATTTGCTCTATCAGTGGGTGTTGTAGCAAAGCGAATATTTGTCTACGGCAGGTTACGCCAGAAACAAGGTAACGGTAACCGGATGAACAATg > 2:96118/1‑301 (MQ=255) aCGGTTGGCGTAAGGAATTTAGCGCTCGAAAACAAGGGAGTAGGCGACTCCTCCCAGGTAGTGGTCAGCGGCTATGTAGTGCCAGGTCGGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGACCAGGCACTGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGt < 1:124174/300‑1 (MQ=255) ttGGGGTGAGGAATGGAGGGCTCGAGACCGGGGGAGGAGGGGACTCCTCCCAGGGAGGGTGCAGCGGCTATGGATTGCGAGGACTGCAAGGGAAATACGGAGTGGGTATATTTGAATCTATCGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCT‑GGTGTAGACCAGGCACGGGATTTGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTg < 1:395590/301‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |