Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,191,961 | 1 | .→C | 2.5% | 1.9 0.0 ‑0.3 | 81 | coding (262/543 nt) | yehD | putative fimbrial‑like adhesin protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (38/41): total (39/42) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 4.85e-01 |
ACTTACAATTTTATTTATTAATCCTGCGCCACACGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTT‑CGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTACACCGACTGCATCATCATAGGTAGAATATTTAGCTTTACCTTCAAAGACACTGGTTGGTACAGTCGGCATATTAATACTTACTGAATCACCACCCGCTTCGAATTTACACGGAGATTCTGCAATATTCCCCTTAATAGTTAATGTTCCGGTATCAACGTCTGCAGCAAATACTCCAGCGCTCATAAAAAAAGAAGAAAAGACAGCGGCAGCAATAATTGAACGTTTCATAATATGTTCCTT > NC_000913/2191663‑2192234 | aCTTACAATTTTATTTATTAATCCTGCGCCACACGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGACACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTCCTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCTTTGGTAATCACAGAGCGTTTTCCACCGCCAACTTTttt > 1:355476/1‑299 (MQ=255) tattaATCCTGCGCCACACGCATAACCAGAGAAGATAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGACTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCCACTAGAATTTTACAACACCAACTTCTTT‑CGGGCAGCTAAtttttt > 1:28732/1‑300 (MQ=255) cggaTAACCAGAGAAGAGAACACATGAACTGATTGCACTGAGTGATCGGTCAGTTTCAGGGATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCCAAATGTTAAAACGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGCGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTT‑CGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTacac < 2:355485/298‑1 (MQ=255) cGCATAAACAGAGAAGATAACACATCACCTGATTGCACTGAGTTATCTGTCAGTTTCAGGTATTTTGCTTTAAACGGAATAGCATATTGACCTTCCGCTGTTTTATAACTCTCAATGTTAAAAGGTGCAGAAACATCCAGGACATCGCTGTTATCACCTAAATAGAGATAGTAACCCACGGTATCGTTGCTACTGGCTATCGCCTTATCGTTACCGGTTATTTTATCGTTGGTAATCAACGAGAGTTTTACACCAGCAACTTCTTT‑CGGGCAGCTAATTTTTAACATGCTGCTGGTTacac < 1:190176/301‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |