Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,128,137 | 1 | .→T | 2.7% | 2.5 0.0 ‑0.7 | 73 | intergenic (‑116/‑135) | glcD/glcC | glycolate oxidase subunit, FAD‑linked/glycolate‑inducible glc operon transcriptional repressor; autorepressor |
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (37/34): total (38/35) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.82e-01 |
CCAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCA‑TTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGTTAAATTGATGTAACATAATCACTTACGTGATGTGCGTGTTTTGCGAGTTAAGAACAGAAAAATTGGTCCTACC‑TGTGCACGAGGTCCGGGAATGAA‑AGATGAACGTCGCCCTATTTGCGAAGTGGTTGCAGAGAGTATCGAACGGTTAATTATCGACGGCGTACTGAAGGTCGGTCAGCCGCTTCCCTCGGAACGTCGACTGTGTGAAAAGCTCGGCTTCTCACGCTCCGCACTGCGTGAAGG > NC_000913/3127847‑3128423 | ccAGTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGCTTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTACTCTATCTCTTTAGCTACCGTTCAGACCT‑TTTTTTTTc > 2:427771/1‑300 (MQ=255) gTAATGGACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGCCATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGCTGCCCATGAGTAGGACTCGCTTTTTTGTGTTGTGTGGCCGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCGGTGACCAGTTATTGATGGGGCCTTTCGTTTTCCTCTTCCTCTTGAGCTCCCGGTCTTCCCA‑TTTTTTTTCCatg > 1:307975/1‑299 (MQ=255) gACGCGTGCGATACGCGCTCAACCCGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTCCCGGTCGACCCA‑TTTTTTTTTCGGctttttt > 1:158213/1‑296 (MQ=255) aaacagATACGCGCTCAACCCTTCACAACCAGAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGACCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCA‑TTTTTTTTCCAGCTCTGTGAcc < 1:162700/295‑1 (MQ=255) aTACGCGCTCAACACGTCACACTCGTAAGGAATGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCATGGTAGTTTTGTGTGGCAGCTGATTATTGCGCGCTGCTTCTGTGAAACGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTATTTAGCTACCGGTCTGACCT‑TTTTTTTTGCAGCTCtttgccactttat > 2:162701/1‑291 (MQ=255) cctctcaacctggtacacccccaattaaTGAGCTCGTCATCGCTATGCAGTAGCTCAAGTCCAGTGACATTCGCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACTGCCGGTAAAGCTCCAGCAAGACGCTCTTCGTACATGCTTCTCATGAGTAGGTTTCTCTGTGTTGTGTCTTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGTGGTCTTTTCGTTTTCTTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCA‑TTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGtt < 2:340569/275‑1 (MQ=255) cacccaaaCCCGTCACACTCGTAAGGAATGAGCTCCTAAGCGGGAAGAAGGTACTCAAGGCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTAACGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCA‑TTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGtt < 1:229586/295‑1 (MQ=255) cAACCCGTCAAACTCTTAAGGAATGATCGCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCA‑TTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTc < 2:303725/301‑1 (MQ=255) agacacggcagacgcggaaGGAATGCTCGCCTCATCTGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGGACCGAGGTGCGGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCGTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCA‑TTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACt < 2:125765/283‑1 (MQ=255) cctccaacTCGTAAGGAAGGATCTCCTCATCGGTATGCAGGATCTCAAGTCCAGGGACATGCTCACGCAGTGCCATCAGTACCGATGTGCTGTCGACATCGGGTAAAGCGCCATCAAGACGCTCTTCGTACAAGATGCTCATGAGTAGGCTTCGCTTTGTTGTGTTGTGTGGCAGCTGATTTTTGCGCGCTGCTTCTGTGAACAGTTATTAAGCGGGCTTTTCGTTTTCGTCTATCTCTTTAGCTACCGGTCAGACCA‑TTTTTTTTCCAGCTCTGTGACCTTGTCTTGGTTAACTCAATGt < 2:372542/295‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |