| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 294,210 | 5 | .→A | 2.4% | 2.5 0.0 ‑0.9 | 82 | coding (590/855 nt) | yagM | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (49/31): total (50/32) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.38e-01 | ||||||||||
CATAATTGTTTGTCCTTCTTTGTTACCTCTTAGGTTCTGCTCTCTTGTGAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTACTCTTCCAGAGTTACTTCTGTTTTACCTCGGCTTCGATTGATGCTTTCTTTTATAGAGA > NC_000913/293916‑294510 | cATAATTGTTTGTCCTTCTTTGTTACCTCTTAGGTTCTGCTCTCTTGTGAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTATTCTAAGAACTTCATTTATCCCACATATAATCGATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTTCCGGGCATCACAGTAATAACACTCAAAGTTTGTTCTCT‑‑‑‑‑‑caataa > 2:316925/1‑301 (MQ=255) ttGTTACCTCTTAGGTTCTGCTCTCTTGTGAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTACATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCACTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGACTATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCACAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATACTGTTTGAATATc > 2:44627/1‑300 (MQ=255) ctctTAGGTTCTGCTCTCTTGTGAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGACTCTCATCAATTGGGATGTTGACAATAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAACGTAATAACCCTCAACGGTTGTTCTCT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGaca > 2:266054/1‑301 (MQ=255) tctTAGGTTCTGCTCTCTTGTGAGTAGGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTAAATGAACACGGTTGGAAACATCTGGTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATGTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGacac < 1:266048/301‑1 (MQ=255) gagatttgtagaagagacaggAGTCTGGGTTTAGAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTTGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCAGTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGacac < 2:253687/280‑1 (MQ=255) tCTGCTCTCTTTTGAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGc < 2:399476/301‑1 (MQ=255) gCTCTCTTGTGAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGGAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCGTACCAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGAAAAGAGTAGAGCCTGACAGGCATCAAAGTAATAACCCTACACGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATACGAATAATGTTTGAATATGCTGAGACACTTTGATGCttt > 2:75725/1‑301 (MQ=255) gCTCTCTTGTGAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGAGGAGCACTGGCAACATAACCACCATATCATTGACATGGTAAATATCAATCAAACAAACAACCGGATAAGGCATAAAAAGCCACTTTCTTCTAAGAAATTCATTTATAAAGAATATAACCGATTGGGATGTTGAAATGAGTAACGCCTGCCCGGCATAAAAATAATAACCAGCAAAGACTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAGAAAGAATAGTGTTTGGATATACTGAGACACATAGATgagtt > 2:251441/1‑297 (MQ=255) ctctTGTGAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTAAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAAAAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTaaa > 1:181611/1‑299 (MQ=255) ctTGTGAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCTGCATCAAAGTCATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GACTAAGAATAATGTTTGAATATCCTGACACCCTTTGATGCTTTACAt > 1:251571/1‑300 (MQ=255) ctTGTGAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCCAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATAACCTGAGACACTTTGATGCTTTACAta > 1:296594/1‑300 (MQ=255) gAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGCTGTTGACCAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCATCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTTAATATCCTGAGACACTTTTATTCTTTTAATCaaa > 2:209871/1‑299 (MQ=255) gAGTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACACGAATAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCATCAAAGGTGGTTCTAG‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCATGAGacaa > 1:253682/1‑279 (MQ=255) tggttgtgTTTTTAATGAGTGCATCCGGTAAATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTGGCGGAGCACTGGAAGCATAACCACCATGTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATg < 1:418312/294‑1 (MQ=255) gTATGGGTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGGCATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATACTCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCACAGTAATAACCCTCAACGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATACTGTTTGCATATCCTGAGACACATTGATGCTTTACATCAACATGt > 2:63742/1‑301 (MQ=255) ggTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGCAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTCAATATCAATCCAACAAACAACCGAATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTGAAGCCTACACGGCATCAAAGTGCTAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAGTAAGAATACTGTTTGACTATACTGAGCCAATTTGATGCTTTACATCAAACTGTCtttt > 2:403642/1‑300 (MQ=255) ggTTTATAATGATGTCATCCGGTACATTAACACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGACTCAAAGTAATAACCCTCACAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATTTTTTACATCAAAATGTCttta > 1:435215/1‑300 (MQ=255) tttATAATGATGTCATCCGGGACATTAAAACGGTTGGAAACATCTGTTTTGCGGAGAACTGGCAGCATAACCACCATTACATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGAt < 1:44627/301‑1 (MQ=255) tataCTGATGTCACACGGTACATTAACACGGTTGGACACATCTGTTTTGCGGAGCACTGGCAGCATAACCACCATTTCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATtg < 2:296600/301‑1 (MQ=255) 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tttCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTGTCTTCTAAGAACTGCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTc < 2:251576/301‑1 (MQ=255) ttCATTGACATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACACTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGtttttt > 2:121025/1‑299 (MQ=255) cATGGTAAATATCAATCCAACAAACAACCGGATAAGGCATAACAATCCCCTTTCTTCTAAGAACTTCATTTATCCCGAATATAATCAATTGGGATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTcc > 1:93133/1‑300 (MQ=255) 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tggATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGGAATAACCCTCAAAGGTTTGTCTAT‑‑‑‑‑‑TAATAAGAATAAGGTTTGAATATCCTGAGACACGTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCAGATCGTAATGTTCCCTTAGCTAGTATAGCCTGTCACGTAGAACTGTTGTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATGAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAAGGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAAc < 2:64273/299‑1 (MQ=255) ggATGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCCTGAATTCATCATTAGCGTTCCGTTGACAGTAATCTGCAATGGGAATTTTTAATGGACTCATTATGTTCGTTTTCCAGATTaagtaccat > 2:17080/1‑294 (MQ=255) tGTTGAAAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAT‑‑‑‑‑‑GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGTAc < 1:75725/301‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |