Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,712,444 | 1 | .→G | 0.9% | 1.2 0.0 ‑0.1 | 218 | coding (491/699 nt) | yhjY | autotransporter beta‑domain protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (111/105): total (112/106) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 7.44e-01 |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
CAATTATTCACCAAATTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCGTTATACATCGAGGTGGTTGTGCCATCGTAATGTAATGCCGCGACCGGGCCGGTTGTAACCTGTTCATATAAAGGAAAATTCCAGCCCATACTCATACTGCTGGTCACATCCACAGGGGTTTCTTCCGCCAGATTGACTTCCAGTCCCAGCGCCCTTTGGCTACTTTGAATAC > NC_000913/3712146‑3712741 aTTTATTATTTGGTAAGTTAGCACCCACTATCGCCACAACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTAGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTGGTCGCCGTCATCCGTCTCAGGCCTGCTTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTCTAGCTGATTTg > 1:519381/1‑301 (MQ=255) 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caACTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTAATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTTTCGCCGTCCTCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGTTTTTCTCGCCAAATTGCTGGTTATACCTGATTTGCGCCCAGGTCCGGATGCCGCAAAGCCGGGATTCaaa > 1:481497/1‑300 (MQ=255) cTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCATTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCTTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATCGCTGTTTTGCGCCCAGGGTCTGAGATCCACATGCCGGGAGTCAACACg > 1:1043582/1‑301 (MQ=255) cTATTGTTATTTAATGGTTTCAATTGTGACTGTTACGTTAAAATCTGGCGCTAACCCCCATCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGc > 2:216746/1‑287 (MQ=255) 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aTCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAACTTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGCTCGCCAAGCCGGGAGTCACCACGCCAGCCTCAGGTACTCCCGCTGGCATGCCATAACGGAACGGTCCGCGTGGTAGTACttt > 1:489068/1‑299 (MQ=255) aTCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGgtagta > 2:756360/1‑297 (MQ=255) aTCGTATACAGATAGTCGCTATTATTAGTGGTATTTTCTGCCTGAGTTAGCGCGGCATAGGCGGCAATATTTTGATTGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGgtagta > 2:828152/1‑297 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
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