Read alignment evidence... | ||||||||||
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Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (97/108): total (98/109) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.47e-01 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
TTGTTGTGTCGGTGTAGAAATCGGTAATACCTAATGGCTCAAGGACCGATAAATTACGCTCAACAATATG‑TGTACCGTGTATTGGCGCTAAGTGTGTGAAGCTTTTTTTCCAAATACCATGCTGCCGATGACCATAAAGTTGCGATATTTTCATCCGTGCAGGTAAACAACGTACCAGCAGCGCCACCATCCACTGATCCGTAAGATTAATGACCAGGTCATAATTATTCGCACGCAGAGTTTTTATCAACGAAAGCACATTTTTAATTTTATCGAAAGTTCCCGCACCTTTATTGCTTAT‑CCCATAGAGCGCATTAATTTCCGGGTTTTCAGACAAAATAGGGATGGTGTCCTGATAAAGCAGCATATCGATTTTTGCATCAGGATAATTCTGCTTGAGCGTACTGATGACAGGAGTAGTTAATAACATATCCCCATGATATCGCATCTTTATGACCAGGATTTTTCGAAATGGCTTTTCCACTAGCGACTCTTTTGTGTGATTGTCTGGTTAAGTTAAGCAGAAAAAAGCACGCTACCGCCCCAGGCTCAACAGCTACCTGAATACTGATAACGCACTTACTTTGACGTGCTAGTGTAT > NC_000913/3807651‑3808251 | ttgttgTGTCGGTGTAGAAATCGGTAATACATAATGGCTCAAGGACCGATAAATTACGCTCAACAATATG‑TGTACCGTGTATTGGCGCTAAGTGTGTGAAGCTTTTTTTCCAAATACCATGCTGCCGATGACCATAAAGTTGCGATATTTTCATCCGTGCAGGTAAACAACGTACCAGCAGCGCCACCATCCACTGATCCGTAAGATTAATGACCAGGTCATAATTATTCGCACGCAGAGTTTTTATCAACGAAAGCACATTTTTAATTTTATCGAAAGTTCCCGCACCTTTATTGCTTAt > 2:230855/1‑301 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |