Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,226,371 | 1 | .→T | 1.0% | 1.7 0.0 ‑0.3 | 204 | intergenic (‑291/‑229) | minC/ycgJ | inhibitor of FtsZ ring polymerization/uncharacterized protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (98/104): total (99/105) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.29e-01 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CATCCTGGCCTTACTCAATTAGCTATTAATCATCGCCAGCGCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTT‑AAAAAATACCCTTGTCAATCAACCCATTGCCGTCGTACTTTTGATTGTTCTTATTTACGCTTCCTTTTTCCGCACCCTAATCGTGACAGCATCTCCAGACCTGTTTAAATATCCAGTATTGAGGCAAGTGTA‑‑TTTTTTCACCACGCCAGGCTTTCTTAACTTTCCATTTTTTGCGGCATCATTAAAGAACAGATACCCGTTATCTTAATATCCGCCACAGAATTGCTCTATCATAGAAACCGCAGAAGACGTCTGATACTTCTGTCAGGTCATCGTAACTCGTCCAGGTCAGCGGTTTTGATTACGGATTGATGATGAAATGAGCATAAGTGTTGTACGGTTGGATTATCAGGATGTGCTATGAATATGATGCGTATTTTTTATATCGGATTGTCAGGTGTGGGGATGATGTTCTCATCAATGGCGTCTGGA > NC_000913/1226078‑1226671 | tcctgtctttcatcatgttgCTATTAATCAGCGCCAGGTCGCGATGATGTTCCGAAGACTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGAAAGTCACCCTCCAATTTATTCAGTTTAAAATTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTT‑AAAAAATACCCTTGTCAATCAACCCATGGCCGTCTTACTTTTGATTGTTCTTATTTACGCTTCCTTTTTCCGCACCCTAATCGTGACAGCATCTCCAGACCTGTTTAAATATCCAGTATTGAGGCAAGTGTA‑‑TTTTTTcac < 1:4347/282‑1 (MQ=255) 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cTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTT‑AAAAAATACCCTTGTCAATCAACCCATTGCCGTCGTACTTTTGATTGTTCTTATTTACGCTTCCTTTTTCCGCACCCTAATCGTGACAGCATCTCCAGACCTGTTTAAATATCCAGTATTGAGGCAAGTGTA‑‑TTTTTTCACCACGCCAGGCTTTCTTAACTTTCCATTTTTTACGGCATCCTTAAAGAAAAGATAcc > 1:717561/1‑299 (MQ=255) cTATAAGGCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTT‑AAAAAATACCCTTGTCAATCAACCCATTGCCGTCGTACTTTTGATTGTTCTTATTTACGCTTCCTTTTTCCGCACCCTAATCGTGACAGCATCTCCAGACCTGTTTAAATATCCAGCATTGAGGCAAGTGTA‑‑tttt < 2:835079/238‑1 (MQ=255) ggCATGTTATAGTCTGGATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTT‑AAAAAATACCCTTGTCAATCAACCCATTGCCGTCGTACTTTTGATTGTTCTTATTTACGCTTCCTTTTTCCGCACCCTAATCGTGACAGCATCTCCAGACCTGTTTAAATATCCAGTATTGAGGCAAGTGTA‑‑TTTTTTCACCACGCCAGGCTTTCTTAACTTTCCATTTTTTGCGGCATCATTAAAGAACAGATACCCGTTAt > 2:813701/1‑299 (MQ=255) 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ggATTATATTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTT‑AAAAAATACCCTTGTCAATCAACCCATTGCCGTCGTACTTTTGATTGTTCTTATTTACGCTTCCTTTTTCCGCACCCTAATCGTGACAGCATCTCCAGACCTGTTTAAATATCCAGTATTGAGGCAAGTGTA‑‑TTTTTTCACCACGCCAGGCt < 1:492976/233‑1 (MQ=255) atatTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTT‑AAAAAATACCCTTGTCAATCAACCCATTGCCGTCGTACTTTTGATTGTTCTTATTTACGCTTCCTTTTTCCGCACCCTAATCGTGACAGCATCTCCAGACCTGTTTAAATATCCAGTATTGAGGCAAGTGTA‑‑ttt < 2:1173207/211‑1 (MQ=255) atatTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTT‑AAAAAATACCCTTGTCAATCAACCCATTGCCGTCGTACTTTTGATTGTTCTTATTTACGCTTCCTTTTTCCGCACCCTAATCGTGACAGCATCTCCAGACCTGTTTAAATATCCAGTATTGAGGCAAGTGTA‑‑TTTTTTCACCACGCCAg < 2:837237/225‑1 (MQ=255) atatTGAGGCAAGTCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTT‑AAAAAATACCCTTGTCAATCAACCCATTGCCGTCGTACTTTTGATTGTTCTTATTTACGCTTCCTTTTTCCGCACCCTAATCGTGACAGCATCTCCAGACCTGTTTAAATATCCAGTATTGAGGCAAGTGTA‑‑TTTTTTCACCACGCCAGGCTTTCTTACCTTTCCATTTTTTGCGACATCATTAAAg > 1:64321/1‑263 (MQ=255) tGAGGCAAGTCACCCTACCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTTAAAAAAATACCCTTGTCAATCAACCCATTGCCGTCGTACTTTTGATTGTTCTTATTTACGCTTCCTTTTTCCGCACCCTAATCGTGACAGCATCTCCAGACCTGTTTAAATATCCAGTATTGAGGCAAGTGTA‑‑TTTTTTCACCACGCCAGGCTTTCTTAACTTTCCATTTTTTGCGGCATCATTAAAGAACAGATACCCGTTATCTTAATATCCGCCACAGAATTGctc < 2:1101564/301‑1 (MQ=255) tCACCCTCCCATTTATTCAGAGTAAAAGTCTATTCTGTGATAAATGGCGCTGATTCATAGCTT‑AAAAAATACCCTTGTCAATCAACCCCTTGCCGTCGTACTTTTGATTGTTCTTATTTACGCTTCCTTTTTCCGCACCCTAATCGTGACAGCATCTCCAGACCTGTTTAAATATCCAGTATTGAGGCAAGTGTA‑‑TTTTTTCACCACGCCAGGCTTTCTTAACTTTCCATTTTTTGCGGCATCATTAAAGAACAGATACCCGTTATCTTAATATCCGCCACAGAATTGCTCTATCATAGaa < 1:813679/301‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |