Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,580,102 | 1 | .→C | 0.9% | 1.3 0.0 ‑0.2 | 230 | coding (689/1158 nt) | ydeM | putative YdeN‑specific sulfatase‑maturating enzyme |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (105/123): total (106/124) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 5.91e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
ATTGCAGATAGGTTTATATGCACATTGCTGACATTTCGCTGGAATCCGTTTTTTTTGCGCTGTCAGTTGTACACTGTTCATCGTTTTGAGTTCAGATTTATTAATGTTTCCAATTTTGTACTGTGGATAGACAAAATGGTCGCATTCGTAAATGTCTCCATTACTTTCAACAACCAGATTATCCTTGCAGGACTCCTGGAAAATACAACTGGTATGCCCATTCCCCAAAAAACGGCTGACAAAGCTTTCAAACTGACGGATGAAAATTTCACCCACATCGTTTTTAACCCATTGCATAAAAATGGTTGACATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAATGTGTTCTCACTATGACCACTGAAATCAATATTCGGCGTCCCGGTTTCTAGCAATTCGATAAATTGCATATGTTTACTGCCGATAGATTTTAAAAAATGATAAACCTCAAG‑AGGGTAATGGACATTAACGTTATTAATGACGGTTAACGTATTAAACTCTACTTGATATGATTTCAGACGCTCGATGGCTGCTATCACTTTTGCAAAAGTACCGTTACCT > NC_000913/1579816‑1580395 ttGCAGATAGGTTTATATGCACATTGCTGACATTTCGCTGGAATCCGTTTTTTTTGCGCTGTCAGTTGTACACTGTTCATCGTTTTGAGTTCAGATTTATTAATGTTTCCAATTTTGTACTGTGGATAGACAAAATGGTCGCATTCGTAAATGTCTCCATTACTTTCAACAACCAGATTATCCTTGCAGGACTCCTGGAAAATACAACTGGTATGCCCATTCCCCAAAAAACGGCTGACAAAGCTTTCAAACTGACGGATGAAAATTTCACCCACATCGTTTTTAACCCATTGCATaaaaa < 2:1047322/301‑1 (MQ=255) ttGCACATAGGTTTATATTCACATTGCTGACATTTCTCTTGATTCCTTTTTTTTTTCCCTGTCATTTGTACACTGTTCATCCTTTTGAGTTCAGATTTATTAATGTTTCCAATTTTGTACTGTTGCTAGACAAAATGGTCGCATTCGTAAATGTCTCCATTACTTTCAACCACCAGATTATCCTTGCAGGACTCCTGGAAAATACAACTGGTATGCCCATTCCCCAAAAAACGGCTGACAAAGCTTTCAAACTGACGGATTAAAATTTCACCCACCTCGTTTTTAACCCATTGCATaaaaa < 2:1179977/301‑1 (MQ=255) ggTTTATATGCACATTGCTGACATTTCGCTGGAATCCGTTTTTTTTGCGCTGTCAGTTGTACACTGTTCATCGTTTTGAGTTCAGATTTATTAATGTTTCCAATTTTGTACTGTGGATAGACAAAATGGTCGCATTCGTAAATGTCTCCATTACTTTCAACAACCAGATTATCCTTGCAGGACTCCTGGAAAATACAACTGGTATGCCCATTCCCCAAAAAACGGCTGACAAAGCTTTCAAACTGACGGATGAAAATTTCACCCACATCGTTTTTAACCCATTGCATAAAACTGGTTGACa > 1:557369/1‑301 (MQ=255) tataTGCACATTGCTGACATTTCGCTGGAATCCG‑TTTTTTTGCGCTGTCAGTTGTACACTGTTCATCGTTTTGAGTTCAGATTTATTAATGTTTCCAATTTTGTACTGTGGATAGACAAAATGGTCGCATTCGTAAATGTCTCCATTACTTTCAACAACCAGATTATCCTTGCAGGACTCCTGGAAAATACAACTGGTATGCCCATTCCCCAAAAAACGGCTGACAAAGCTTTCAAACTGACGGATGAAAATTTCACCCACATCGTTTTTAACCCATTGCATAAAAATGGTTGACATAAAc < 2:91631/301‑1 (MQ=255) atatGCACATTGCTGACATTTCGCTGGAATCCGTTTTTTTTGCGCTGTCAGTTGTACACTGTTCATCGTTTTGAGTTCAGATTTATTAATGTTTCCAATTTTGTACTGTGGATAGACAAAATGGTCGCATTCGTAAATGTCTCCATTACTTTCAACAACCAGATTATCCTTGCAGGACTCCTGGAAAATACAACTGGTATGCCCATTCCCCAAAAAACGGCTGACAAAGCTTTCAAACTGACGGATGAAAATTTCACCCACATCGTTTTTAACCCATTGCATAAAAATGGTTGACATAAAc < 1:908364/301‑1 (MQ=255) gTCAGTTGTACACTGTTCATCGTTTTGAGTTCAGATTTATTAATGTTTCCAATTTTGTACTGTGGATAGACAAAATGGTCGCATTCGTAAATGTCTCCATTACTTTCAACAACCAGATTATCCTTGCAGGACTCCTGGAAAATACAACTGGTATGCCCATTCCCCAAAAAACGGCTGACAAAGCTTTCAAACTGACGGATGAAAATTTCACCCACATCGTTTTTAACCCATTGCATAAAAATGGTTGACATAAACTTGCCATAAGCCGTTGGAGGCACAGAAAAATCAATGATACGGAAtg > 1:480588/1‑301 (MQ=255) gTCAGTTGTACACTGTTCATCGTTTTGAGTTCAGATTTATTAATGTTTCCAATTTTGTACTGTGGATAGACAAAATGGTCGCATTCGTAAATGTCTCCATTACTTTCAACAACCAGATTATCCTTGCAGGACTCCTGGAAAATACAACTGGTATGCCCATTCCCCAAAAAACGGCTGACAAAGCTTTCAAACTGACGGATGAAAATTTCACCCACATCGTTTTTAACCCATTGCATAAAAATGGTTGACATAAACTTGCCATAAGCCGTGGGCGGCACAGAAAAATCAATGaatgactctt > 1:938160/1‑292 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |