New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4349233 | 50 (1.090) | 4 (0.090) | 4/574 | 5.8 | 7.4% | intergenic (‑489/+82) | dcuB/dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS |
? | NC_000913 | = 4349250 | 52 (1.180) | intergenic (‑506/+65) | dcuB/dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
GAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGCCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTACGGCAGGAAACACGCGAAATGTTAACCTCGTTGGCTAGCTCGTCGGTTGAAAATTCATAGTCCTGATGCGCGTCAATCCA > NC_000913/4348939‑4349527 | gagagaAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTa > 2:55849/1‑298 (MQ=255) gaAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGttacatccttca > 1:150398/1‑291 (MQ=255) gaAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACtgatga > 2:375641/1‑301 (MQ=255) tctctGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGt > 1:232517/1‑301 (MQ=255) 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aaTTATATTGGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGGGCCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTACGGCAGGAAACACGCGAAATGTTAACCTCGTTGGCTAGCTCGTCGGTTGAAAATTCATAGTc < 1:38054/301‑1 (MQ=255) ttATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGCCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTACGGCAGGAAACACGCGAAATGTTAACCTCGTTGGCTAGCTCGTCGGTTGAAAATTCATAGTCCt < 2:374146/301‑1 (MQ=255) atTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGCCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTACGGCAGGAAACACGCGAAATGTTAACCTCGTTGGCTAGCTCGTCGGTTGAAAATTAATAGTCCTGAtt > 1:392068/1‑300 (MQ=255) aTCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGCCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTACGGCAGGAAACACGCGAAATGTTAACCTCGTTGGCTAGCTCGTCGGTTGAAAAttagatcggaagagcacacg > 2:99465/1‑283 (MQ=255) tCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTTCCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGGTGAGGTATTTACGGCAGGAAACACGCGAAATGTTAACCTCGTTGGCTAGCTCGTCGGTTGAAAATTCATAGTCCTGATGCGCGTc < 2:314858/301‑1 (MQ=255) aGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGCCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTACGGCAGGAAACACGCGAAATGTTAACCTCGTTGGCTAGCTCGTCGGTTGAAAATTCATAGTCCTGATGCGCGTCAATCCa > 2:244613/1‑298 (MQ=255) | GAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTGAAATTAAAAACACCGTTCACCTGAAGAGATATTAATTTTTAGCGATGATGGAGGGATAATTATATTTGATCTGGCACAAGTTTTACTGATGAAGGATGTAACTTGTGCCAGGGGTATTTTGCATTACGGTAATAATTATTACTTACAGATAACCAGCGATCCGTTATTGGCAATATTGTTTCAGTAGTGAGTAGTGTTCTGCCTGAATACGGTAACGGTAAACTGGACGCCCCGTGACGCCATAATGGATACTGGTGAACAAGATGTGGCAGTTGACCAGCCAGATGAGGTATTTACGGCAGGAAACACGCGAAATGTTAACCTCGTTGGCTAGCTCGTCGGTTGAAAATTCATAGTCCTGATGCGCGTCAATCCA > NC_000913/4348939‑4349527 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |