Read alignment evidence... | ||||||||||
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seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,296,599 | 1 | .→A | 1.2% | 1.5 0.0 ‑0.2 | 171 | coding (527/690 nt) | yjcO | Sel1 family TPR‑like repeat protein |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Rejected: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (93/76): total (94/77) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 6.08e-01 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
AACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑A‑‑CCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATGCCCACGCCGTTGGCGTAAATCAAACCAAGCAGCATTTGGGCATCGACGGCAGAGTCGTTCTCCAGATCTTCCGAGGCGTTTTCTAACAGCGAAATTGCCTTTGGATAATCCGGTTTACCCGCTTGAGTATTTACCAGAATATGCGCCAGCGTTACTTCACCTTCTTTACTGCCCGCTTGCGCCGCTTTCTCTGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGA > NC_000913/4296303‑4296893 tATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGGTTTAGCGAGATTTTGTAGTGCGGATAATGCGTTT‑‑ACGCCGCAGCCGACATCAATACCTGATGCGAAGTTGGCGGCGTCTGATTAGCCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCCAACCCTTACATACCGCTCAGATTCAACCATGTCCGCTCCTTTTACTTGTTCTTCTCGATACAACCTTCTTCAACACTTAAGAACATCATTCCCGCCCTGTACTCGGAAGCACCGGTTAGGGAAATTACagtg > 2:755353/1‑299 (MQ=21) tATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCATTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAAGTGCagag > 1:364569/1‑301 (MQ=255) aTCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGc < 1:475249/301‑1 (MQ=255) ggCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCag > 2:321931/1‑294 (MQ=255) ggCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCag < 1:321934/294‑1 (MQ=255) ggCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACAGTTTAAGAACATCATTCCCCCCCAGTCACCGAAATAACCGGTACGGGAAATTGCATACCTGCg > 2:681728/1‑301 (MQ=37) aCGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGa > 1:648095/1‑301 (MQ=255) aCGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTAATCGGAATAACCGGTCCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGa > 2:211393/1‑301 (MQ=255) aCGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTCAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCCTTCCCGCCCAGTCCTCGGATTAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTCGa > 2:158408/1‑301 (MQ=255) gcgcAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑ACGCCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGt > 2:581980/1‑301 (MQ=255) 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gAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATGCCCACGCCGTTGGCGTAAATCAAACCAAGCAGCATTTGGGCATCGACGGc < 2:516059/122‑1 (MQ=255) gAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATGCCCACGCCGTTGGCGTAAATCAAACCAAGCAGCATTTGGGCATCGACGGCAGAGTCGTTCTCCAGATCTTCCGAGGCGTTTTCTAACAGCGAAATTGCCTTTGGATAATCCGGTTTACCCGCTTGAGTATTTACCAGAATATGCGCCAGCGTTACTTCACCTTCTTTACTGCCCGCTTGCGCCGCTTTCTCTGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGAcc < 2:110887/300‑1 (MQ=255) gAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATGCCCACGCCGTTGGCGTAAATCAAACCAAGCAGCATTTGGGCATCGACGGCAGAGTCGTTCTCCAGATCTTCCGAGGCGTTTTCTAACAGCGAAATTGCCTTTGGATAATCCGGTTTACCCGCTTGAGTATTTACCAGAATATGCGCCAGCGTTACTTCACCTTCTTTACTGCCCGCTTGCGCCGCTTTCTCTGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCg > 1:429773/1‑301 (MQ=255) aaCCGGTTCGTGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATGCCCACGCCGTTGGCGTAAATCAAACCAAGCAGCATTTGGGCATCGACGGCAGAGTCGTTCTCCAGATCTTCCGAGGCGTTTTCTAACAGCGAAATTGCCTTTGGATAATCCGGTTTACCCGCTTGAGTATTTACCAGAATATGCGCCAGCGTTACTTCACCTTCTTTACTGCCCGCTTGCGCCGCTTTCTCTGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGAtt < 2:619117/301‑1 (MQ=255) ttCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATGCCCACGCCGTTGGCGTAAATCAAACCAAGCAGCATTTGGGCATCGACGGCAGAGTCGTTCTCCAGATCTTCCGAGGCGTTTTCTAACAGCGAAATTGCCTTTGGATAATCCGGTTTACCCGCTTGAGTATTTACCAGAATATGCGCCAGCGTTACTTCACCTTCTTTACTGCCCGCTTGCGCCGCTTTCTCTGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGa < 1:175842/300‑1 (MQ=255) AACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTT‑‑A‑‑CCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCGCCCAGTACTCGGAATAACCGGTTCGGGAAATTGCAGAGCTGCGTTTGAAATACCAGGTTGCCTTGTCATCGTCGGCCTTAATGCCCACGCCGTTGGCGTAAATCAAACCAAGCAGCATTTGGGCATCGACGGCAGAGTCGTTCTCCAGATCTTCCGAGGCGTTTTCTAACAGCGAAATTGCCTTTGGATAATCCGGTTTACCCGCTTGAGTATTTACCAGAATATGCGCCAGCGTTACTTCACCTTCTTTACTGCCCGCTTGCGCCGCTTTCTCTGCAAGAACTTTTGCTTGTGGATAGTCCAGACTGACCGGATTGGTGA > NC_000913/4296303‑4296893 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |