| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,584,894 | 1 | .→G | 1.2% | 0.1 0.0 ‑0.0 | 172 | coding (1868/3513 nt) | hsdR | endonuclease R Type I restriction enzyme |
| Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (90/80): total (91/81) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 9.66e-01 | ||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
GTCGGGTCAAGATAATTGGTGAGTTCGTTACAGACGGCGCGGTTAAACGCCGGGATCACCAGGCCACGGTTAAAGTCGGCGACTTCAAAATCCTGATCGTCTTCCAGGGTGTCATTGATCACTTCTCCCTGCGGGCTGATGCGCTCTACCTGCTCGCCTTTGGAGAGATAAACCCCCTCCTGCGCGTTGCGGGTGATGATCTGAATAGGCGGATCCTGGTCGATCAGAAAACCGTCGATAACCGCGGTACGGTAGGTATAACGGTAAACCGGCTCGCCGAAAATCTGCACAGTATGTA‑‑GCGCCGGGGTGGCGGTGAGAGCGATTTTTACCGCATCGAAGTGATCGAGAATGCGACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTG > NC_000913/4584597‑4585190 | gTCGGGTCAAGATAATTGGTGAGTTCGTTCCAGACGGCGCGGTTAAACGCCGGGATCACCAGGCAACGGTTAAAGTCGGCGACTTCAAAATCCTGATCGTCTTCCAGGGTGTCATTGATCACTTCTCCCTGCGGGCTGATGCGCTCTACCTGCTCGCCTTTGGAGAGATAAACCCCCTCCTGCGCGTTGCGGGTGATGATCTGAATAGGCGGATCCTGGTCGATCAGAAAACCGTCGATAACCGCGGTACGGTAGGTATAACGGTAAACCGGCTCGCCGAAAATCTGCACAGTATGTA‑‑gc < 1:821144/300‑1 (MQ=255)gTCGGGTCAAGATAATTGGTGAGTTCGTTACAGACGGCGCGGTTAAACGCCGGGATCACCAGGCCACGGTTAAAGTCGGCGACTTCAAAATCCTGATCGTCTTCCAGGGTGTCATTGATCACTTCTCCCTGCGGGCTGATGCGCTCTACCTGCTCGCCTTTGGAGAGATAAACCCCCTCCTGCGCGTTGCGGGTGATGATCTGAATAGGCGGATCCTGGTCGATCAGAAAACCGTCGATAACCGCGGTACGGTAGGTATAACGGTAAACCGGCTCGCCGAAAATCTGCACAGTATGTA‑‑gc < 2:386310/300‑1 (MQ=255) tCGGGTCAAGATAATTGGTGAGTTCGTTACAGACGGCGCGGTTAAACGCCGGGATCACCAGGCCACGGTTAAAGTCGGCGACTTCAAAATCCTGATCGTCTTCCAGGGTGTCATTGATCACTTCTCCCTGCGGGCTGATGCGCTCTACCTGCTCGCCTTTGGAGAGATAAACCCCCTCCTGCGCGTTGCGGGTGATGATCTGAATAGGCGGATCCTGGTCGATCAGAAAACCGTCGATAACCGCGGTACGGTAGGTATAACGGTAAACCGGCTCGCCGAAAATCTGCACAGTATGTA‑‑gcgc < 1:547303/301‑1 (MQ=255) ggTCAAGATAATTGGTGAGTTCGTTACAGACGGCGCGGTTAAACGCCGGGATCACCAGGCCACGGTTAAAGTCGGCGACTTCAAAATCCTGATCGTCTTCCAGGGTGTCATTGATCACTTCTCCCTGCGGGCTGATGCGCTCTACCTGCTCGCCTTTGGAGAGATAAACCCCCTCCTGCGCGTTGCGGGTGATGATCTGAATAGGCGGATCCTGGTCGATCAGAAAACCGTCGATAACCGCGGTACGGTAGGTATAACGGTAAACCGGCTCGCCGAAAATCTGCACAGGATGTA‑‑GCGACgg > 1:516715/1‑301 (MQ=255) 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gTATGTA‑‑GCGCCGGGGTGGCGGTGAGAGCGATTTTTACCGCATCGAAGTGATCGAGAATGCGACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTCGCAACGTGAAGTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATg > 2:648109/1‑297 (MQ=255) gTATGTA‑‑GCGCCGGGGTGGCGGTGAGAACGATTTTTACCGCATCGAAGTGATCGAGAATGCGACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGACTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTTGTCCACGTCGATCAAGTCGTAAAGGGACACCGGCATCGGTTCCTCTCATTGCAGGGTCCGTTTCACCAGCGACGTTCCGGTGGCCACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCTTCCACCCGTTAATGTcacacatgacgt > 2:400130/1‑290 (MQ=255) aTGTA‑‑GCGCCGGGGTGGCGGTGAGAGCGATTTTTACCGCATCGAAGTGATCGAGAATGCGACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGCATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGttt > 2:621215/1‑300 (MQ=255) | GTCGGGTCAAGATAATTGGTGAGTTCGTTACAGACGGCGCGGTTAAACGCCGGGATCACCAGGCCACGGTTAAAGTCGGCGACTTCAAAATCCTGATCGTCTTCCAGGGTGTCATTGATCACTTCTCCCTGCGGGCTGATGCGCTCTACCTGCTCGCCTTTGGAGAGATAAACCCCCTCCTGCGCGTTGCGGGTGATGATCTGAATAGGCGGATCCTGGTCGATCAGAAAACCGTCGATAACCGCGGTACGGTAGGTATAACGGTAAACCGGCTCGCCGAAAATCTGCACAGTATGTA‑‑GCGCCGGGGTGGCGGTGAGAGCGATTTTTACCGCATCGAAGTGATCGAGAATGCGACGGTAGGCAGAGACGTAATCCAGCTGGCTGCGGAACTGCAGTTCGCCTTCGGTCTGCTCTTTATCGAGAATATAGCCGCGATGCGCTTCGTCAACGACGATACAGTCGTAACGGGCCACCGGCATCGGTTCATCTGATTGCAGGGTGCGTTTCACCAGCGACTGTACGGTGGCAACGTGAATTTTGGTGCTGTCTTCCGGGAATTTATCCGTCAGCCCTTTAATGTCGAAAATGCTGTTG > NC_000913/4584597‑4585190 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |