Read alignment evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | change | freq | score | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 98,669 | 1 | .→A | 1.3% | 1.2 0.0 ‑0.1 | 157 | coding (267/1245 nt) | ftsW | putative lipid II flippase; integral membrane protein; FtsZ ring stabilizer |
Rejected: E-value exceeds prediction threshold. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism does not pass frequency cutoff. | ||||||||||
Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (1/1): ref base (74/81): total (75/82) | ||||||||||
Fisher's exact test strand distribution p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 8.87e-01 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
ATGAGTTTGCCCGTCTGGCGAAGGAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGCGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCGACAGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTGGCTGACCTTCGGCCTCGCGGCGATTGGCTTTATCATGGTGACCTCGGCGTCAATGCCCATAGGGCAACGCTTAACCAACGATCCGTTCTTCTTCGCGAAGCGTGATGGTGTCTATCTG‑ATTTTGGCGTTTATTCTGGCGATCATTACGCTGCGTCTGCCGATGGAGTTCTGGCAACGCTACAGTGCCACGATGCTGCTCGGATCTATCATCCTGCTGATGATCGTCCTGGTAGTGGGTAGCTCGGTTAAAGGGGCATCGCGTTGGATCGATCTCGGTTTGCTGCGTATCCAGCCTGCGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTG > NC_000913/98369‑98963 | gttttGCCCGTCTGGCGAAGGAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGCGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCGACAGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTGGCTGACCTTCGGCCTCGCGGCGATTGGCTTTATCATGGTGACCTCGGCGTCAATGCCCATAGGGCAACGCTTAACCAACGATCCGTTCTTCTTTGCGAAGCGTGATGGTGTCTATCTG‑At < 2:157958/298‑1 (MQ=255) aGTTTGCCCGGCGGGGGAAGGAGTTAGGTTGTGGCGTTTATCTCTCCCCCGCCTGAAAATGCCGCGTCTGCCAGGAGTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCGACAGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTGGCTGACCTTCGGCCTCGCGGCGATTGGCTTTATCATGGTGACCTCGGCGTCAATGCCCATAGGGCAACGCTTAACCAACGATCCGTTCTTCTTCGCGAAGCGTGATGGTGTCTATCTG‑At < 2:401023/300‑1 (MQ=255) ggAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGCGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCGACAGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTGGCTGACCTTCGGCCTCGCGGCGATTGGCTTTATCATGGTGACCTCGGCGTCAATGCCCATAGGGCAACGCTTAACCAACGATCCGTTCTTCTTCGCGAAGCGTGATGGTGTCTATCTG‑ATTTTGGCGTTTATTCTGGCgg > 1:245381/1‑300 (MQ=255) gAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGCGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCGACAGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTGGCTGACCTTCGGCCTCGCGGCGATTGGCTTTATCATGGTGACCTCGGCGTCAATGCCCATAGGGCAACGCTTAACCAACGATCCGTTCTTCTTCGCGAAGCGTGATGGTGTCTATCTG‑ATTTTGGCGTTTCTTCTGGCGAt > 1:625225/1‑301 (MQ=255) 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tCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCGACAGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTGGCTGACCTTCGGCCTCGCGGCGATTGGCTTTATCATGGTGACCTCGGCGTCAATGCCCATCGGGCAACGCTTAACCAACGATCCGTTCTTCTTCGCGAAGCGTGGTGGTGTCTCTCTG‑ATTTTGGCGTTTATTCTGGCGATCATTACGCTGCGTCTGCCGATGGAGTTCTGGCAACGCTACAGTGCCACGAtgcggc > 2:611556/1‑300 (MQ=255) tCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCGACAGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTGGCTGACCTTCGGCCTCGCGGCGATTGGCTTTATCATGGTGACCTCGGCGTCAATGCCCATAGGGCAACGCTTAACCAACGATCCGTTCTTCTTCGCGAAGCGTGATGGTGTCTATCTg < 2:133480/221‑1 (MQ=255) tCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCGACAGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTGGCTGACCTTCGGCCTCGCGGCGACTGGCTTTATCATGGTGAGCTCGCCGTCAATGCCCATAGGGCAACGCTTAACCAACGATCCGTTCTTCTTCTCTACGCGTGATGGTGTCTATCTT‑ATTTTGGCGTTTATTCTGGCGTTCTTTCCGCTGCGTCTGCCGTTTGTGTTCTGCCACCCCTCCAGTGcccccctgctcc > 2:469974/1‑290 (MQ=255) 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gtgtCTATCTG‑ATTTTGGCGTTTATTCTGGCGATCATTACGCTGCGTCTGCCGATGGAGTTCTGGCAACGCTACAGTGCCACGATGCTGCTCGGATCTATCATCCTGCTGATGATCGTCCTGGTAGTGGGTAGCTCGGTTAAAGGGGCATCGCGTTGGATCGATCTCGTTTTGCTACGTATCCAGCCTGCAGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTGGCTATATCGCCAACTATATCGTTCGTAAAGCCAACGGAGACCGTAATACCCTGCGCGGCTGCCTGCAACCGGTTGGGGTGAtt > 2:809965/1‑299 (MQ=255) cTATCTG‑ATTTTGGCGTTTATTCTGGCGATCATTACGCTGCGTCTGCCGATGGAGTTCTGGCAACGCTACAGTGCCACGATGCTGCTCGGATCTATCATCCTGCTGATGATCGTCCTGGTAGTGGGTAGCTCGGTTAAAGGGGCATCGCGTTGGATCGATCTCGGTTTGCTGCGTATCCAGCCTGCGGAGCTGACAAAACTGTAGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTACTGGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACTTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGgtg > 1:432616/1‑301 (MQ=255) tATCTGAATTTTGGCGTTTATTCTGGCGATCATTACGCTGCGTCTGCCGATGGAGTTCTGGCAACGCTACAGTGCCACGATGCTGCTCGGATCTATCATCCTGCTGATGATCGTCCTGGTAGTGGGTAGCTCGGTTAAAGGGGCATCGCGTTGGATCGATCTCGGTTTGCTGCGTATCCAGCCTGCGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGgtg < 1:880799/301‑1 (MQ=255) | ATGAGTTTGCCCGTCTGGCGAAGGAGTTAGGTTGATGCGTTTATCTCTCCCTCGCCTGAAAATGCCGCGCCTGCCAGGATTCAGTATCCTGGTCTGGATCTCCACGGCGCTAAAGGGCTGGGTGATGGGCTCGCGGGAAAAAGATACCGACAGCCTGATCATGTACGATCGCACCTTACTGTGGCTGACCTTCGGCCTCGCGGCGATTGGCTTTATCATGGTGACCTCGGCGTCAATGCCCATAGGGCAACGCTTAACCAACGATCCGTTCTTCTTCGCGAAGCGTGATGGTGTCTATCTG‑ATTTTGGCGTTTATTCTGGCGATCATTACGCTGCGTCTGCCGATGGAGTTCTGGCAACGCTACAGTGCCACGATGCTGCTCGGATCTATCATCCTGCTGATGATCGTCCTGGTAGTGGGTAGCTCGGTTAAAGGGGCATCGCGTTGGATCGATCTCGGTTTGCTGCGTATCCAGCCTGCGGAGCTGACAAAACTGTCGCTGTTTTGCTATATCGCCAACTATCTGGTGCGTAAAGGCGACGAAGTACGTAATAACCTGCGCGGCTTCCTGAAACCGATGGGCGTGATTCTGGTG > NC_000913/98369‑98963 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |