| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,706,069 | T→A | 7.3% | R101R (CGT→CGA) | rsxA → | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; inner membrane protein of electron transport complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,706,069 | 0 | T | A | 7.3% | 174.7 / 2.7 | 59 | R101R (CGT→CGA) | rsxA | SoxR iron‑sulfur cluster reduction factor component; inner membrane protein of electron transport complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/24); new base A (3/2); total (33/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACTACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAACCGCGATGGGCATGGGGCTGGCAACAACGTTTGTGATGACGCTGGCGTCTATTTGCGCCTGGCTTATCGATACGTGGATTTTGATCCCACTTAATCTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTGCAGTTCACCGAGATGGTGGTGCGCAAAACCAGCCCGGTGCTTTACCGTCTGCTGGGGATTTTTTTGCCGCTTATCACCACCAACTGTGCAGTGCTCGGCGTGGCGTTGCTGAATATCAATCTCGGGCACAATTTCTTGCAGTCGGCGCTGTACGGTTTTTCCGCCGCTGTCGGTTTCTCGCTGGTGATGGTGCTCTTCGCCGCCATCCGCGAACGCCTTGCTGTGGCTGATGTCCCGGCACCTTTTCGCGGTAATGCCATTGCGTTAATTACCGCAGGTCTTATGTCTCTGGCCTTTATGGGCTTTAGTGGTTTGGTGAAGTTGTAATGAAT > NC_000913/1705774‑1706353 | actACCTGTTACTGTTTGTCGGAACTGTACTGGTCAATAACTTTGTACTGGTCAAGTTTCTCGGTCTCTGTCCGTTTATGGGGGTTTCCAAAAAACTGGAAACCGCGATGGGCATGGGGCTGGCAACAACGTTTGTGATGACGCTGGCGTCTATTTGCGCCTGGCTTATCGATACGTGGATTTTGATCCCACTTAATCTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTGCAGTTCACCGAGATGGTGGTGCGCAAAACCAGCCCGGTGCTTTACCGTctgct > 2:543961/1‑301 (MQ=255) 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ggAAACCGCGATGGGCATGGGGCTGGCAACAACGTTTGTGATGACGCTGGCGTCTATTTGCGCCTGGCTTATCGATACGTGGATTTTGATCCCACTTAATCTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTGCAGTTCACCGAGATGGTGGTGCGCAAAACCAGCCCGGTGCTTTACCGTCTGCTGGGGACTTTTTTGCCGCTTATCACCACCAACTGTGAAGTGCTCGGCGTGGAGTTTCTGAATATACATCTCGGGCACAAGTCCTTTCATTCGgcgcgt > 1:387937/1‑299 (MQ=255) aaaCCGCGATGGGCATGGGGCTGGCAACAACGTTTGTGATGACGCTGGCGTCTATTTGCGCCTGGCTTATCGATACGTGGATTTTGATCCCACTTAATCTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTGCAGTTCACCGAGATGGTGGTGCGCAAAACCAGCCCGGTGCTTTACCGTCTGCTGGGGATTTTTTTGCCGCTTATCACCACCAACTGTGCAGTGCTCGGCGTGGCGTTGCTGAATATCAATCTCGGGCACAATTTCTTGCAGTCGGCGCTGTa < 2:408518/301‑1 (MQ=255) agacgtgtgctcttccgatctgCAACAACGTTTGTGATGACGCTGGCGTCTATTTGCGCCTGGCTTATCGATACGTGGATTTTGATCCCACTTAATCTGATTTACCTGCGCACCCTGGCATTTATTCTGGTGATTGCTGTGGTCGTGCAGTTCACCGAGATGGTGGTGCGCAAAACCAGCCCGGTGCTTTACCGTCTGCTGGGGATTTTTTTGCCGCTTATCACCACCAACTGTGCAGTGCTCGGCGTGGCGTTGCTGAATATCAATCTCGGGCACAATTTCTTGCAGTCGGCGCTGTACg < 2:333437/280‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |