| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 329,532 | C→T | 10.2% | L24L (CTG→TTG) | betT → | choline transporter of high affinity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 329,532 | 0 | C | T | 10.2% | 181.8 / 4.9 | 67 | L24L (CTG→TTG) | betT | choline transporter of high affinity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/25); new base T (5/3); total (39/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCGCGATCGTTGCATCGTGCATGCCCACTTCATTTATTGCTTCCAGTGTGGCGTCGATCAGTTGTCTGCGCCGGATCGACTGCATCCCCAATTTGGGCATTTTCGCCACTCCATTCATCAGCGGTGTTTATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTGGCGGCAACGCTCTATATTGTCTTTGTGGTCTGTATCGCTTGTTCGCGTTTTGGTTCGGTGAAGCTCGGGCCAGAACAATCCAAACCGGAATTCAGCCTGCTGAGTTGGGCGGCGATGCTGTTTGCTGCCGGGATCGGTATCGACCTGATGTTCTTCTCCGTAGCCGAACCGGTAACGCAGTATATGCA > NC_000913/329234‑329830 | tGCGCGATCGTTGCATCGTGCATGCCCACTTCATTTATTGCTTCCAGTGTGGCGTCGATCAGTTGTCTGCGCCGGATCGACTGCATCCCCAATTTGGGCATTTTCGCCACTCCATTCATCAGCGGTGTTTATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTg > 2:238074/1‑301 (MQ=255) gCATCGTGCATGCCCACTTCATTTATTGCTTCCAGTGTGGCGTCGATCAGTTGTCTGCGCCGGATCGACTGCATCCCCAATTTGGGCATTTTCGCCACTCCATTCATCAGCGGTGTTTATCTATTAACGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTAGGGATACTGGCTGACCGCCATTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCAGGTGGCGTTTTACACCTCCGCCGGCTCGGTTTTGTTGttt > 1:2109/1‑301 (MQ=255) cGTGCATGCCCACTTCATTTATTGCTTCCAGTGTGGCGTCGATCAGTTGTCTGCGCCGGATCGACTGCATCCCCAATTTGGGCATTGTCGCCACTCCATTCATCAGCGGTGGTTATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTccc < 1:180389/301‑1 (MQ=255) ccACTTCATTTATTGCTTCCAGTGTGGCGTCGATCAGTTGTCTTCGCCGGATCGACTGCATCCCCAATTTGGGCATTTTCGCCACTCCATTCATCAGCGGTGTTTATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGa > 2:18956/1‑301 (MQ=255) tCCAGTGTGGCGTCGATCAGTTGTCTGCGCCGGATCGACTGCATCCCCAATTTGGGCATTTTCGCCACTCCATTCATCAGCGGTGTTTATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTtc > 2:305322/1‑301 (MQ=255) tCCAGTGTGGCGTCGATCAGTTGTCTGCGCCGGATCGACTGCATCCCCAATTTGGGCATTTTCGCCACTCCATTCATCAGCGGTGTTTATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTtc > 2:212160/1‑301 (MQ=255) gtgtGGCGTCGATCAGTTGTCTGCGCCGGATCGACTGCATCCCCAATTTGGGCATTTTCGCCACTCCATTCATCAGCGGTGTTTATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCgg > 2:466216/1‑301 (MQ=255) 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cATTTTCGCCACTCCATTCATCAGCGGTGTTTATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTa < 1:40757/301‑1 (MQ=255) tttCGCCACTCCATTCATCAGCGGTGTTTATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGGTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTa > 2:451532/1‑301 (MQ=255) cccatgtatcaGCGGTGTTTATCTATTAAAGCGGTTATTGATTGGACGTTCAATATAAAATGTGTCTTAATTGTTACGAATTTGATTTTAAATAGTAACAATAACAGTGGGGATACTGGATGACAGACCTTTCACACAGCAGGGAAAAGGACAAAATCAATCCGGTGGTGTTTTACACCTCCGCCGGACTGATTTTGTTGTTTTCCCTGACAACGATCCTGTTTCGCGACTTCTCGGCCCTGTGGATTGGCCGCACGCTGGACTGGGTTTCTAAAACCTTCGGTTGGTACTATCTGCTggc < 1:465652/294‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |