Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,412,901 | 0 | G | T | 41.3% | 113.0 / 26.5 | 63 | Q189K (CAA→AAA) | acrS | acrAB operon transcriptional repressor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/8); new base T (0/26); total (29/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.31e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTAAAACTGGTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGG > NC_000913/3412753‑3413046 | cTAAAACTGGTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGtt > 2:716285/1‑151 (MQ=255) ggTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATaaa < 2:250178/149‑1 (MQ=255) ggTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGa < 1:263814/151‑1 (MQ=255) ttAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATaa > 2:980425/1‑146 (MQ=255) tAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATc > 1:115928/1‑150 (MQ=255) aCTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAAGTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCa < 2:657744/149‑1 (MQ=255) cTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATa > 1:560411/1‑150 (MQ=255) gtgACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAAcc < 1:980749/151‑1 (MQ=255) gACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAAccc < 2:967145/150‑1 (MQ=255) aCGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGCCCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAAccc < 2:616399/149‑1 (MQ=255) aaCTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCa < 2:324860/150‑1 (MQ=255) gAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATGCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCatat < 2:1032798/149‑1 (MQ=255) aaTTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTc > 1:280082/1‑150 (MQ=255) tCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAAc > 1:522754/1‑151 (MQ=255) cAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGttt > 1:975542/1‑151 (MQ=255) aaTGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTg > 2:620746/1‑150 (MQ=255) aaTGTAATTTTACATGACACTTAATTCTTTCTTTTTATAAATTAATTTCGTTTTGTTTCCATCTGGCATAAACATTCTTAATCCGTTCTCGCCCAGAGGGGGGTTTTTTTTATAAGGATCAAACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGa < 1:923268/151‑1 (MQ=255) tgtaAATTAACATAACACTTATTTCTTTGGTTGAATAATTTATTTTTGTTATGTTTTTTTCTGAAATAACCATTTTAAAAACTTTTACCACCAGGGCGGGGTTTTTTTAAAAAAGACCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTg < 1:434229/148‑1 (MQ=255) tgAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACa > 1:848906/1‑150 (MQ=255) aaTTTACATAACATTTAATTCATTCTTTTGATAAATTATTTTCTTTTTTTTTTCATCTGGCATGAACTTTCTAAATACGTTATCGACCAGGGGGGGGGTTTTTTAAAAAAGATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAAt < 1:224620/150‑1 (MQ=255) tttACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGATTGTTTATAAAGATCATAACCAGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTc > 2:878164/1‑150 (MQ=255) tttACATACCATTTATTTAATTCTTTTGATAAATTGTTTTCTTTATGTTTTCTTTTGGTATAATTTTTTTTAATTTTTTTCCATCCAGGGCGGGGGTTTTTTAAAAAAATTCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACa < 2:812841/146‑1 (MQ=255) tACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGc > 1:234163/1‑151 (MQ=255) aCATGACACTTAATTCATTCTTTTGATAAATTATTTTCTTTTTTTTTTCATCTGGAATAAACATTTTTAATCTTTTATCGCCAAGGGGGGGGGTTTTTTTAAAAAGATCAAACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCg < 1:465111/149‑1 (MQ=255) cATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTg > 1:773135/1‑151 (MQ=255) aTGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTg > 2:540344/1‑150 (MQ=255) acacTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAgg > 1:649373/1‑151 (MQ=255) cttttAATTTTTTCTTTTTATAAATTAATTTTTTTTTTTTTTCTTCTGGCATAAACATTCTTAATTCTTTACCCACCAGTGGGGGGGTTTTTTAAAAAAACACATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAgg < 2:252509/147‑1 (MQ=255) cacTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGc > 2:426909/1‑151 (MQ=255) aaTTTATTTTTTTGATAAATTATTTCCTTTATTTTTTCTTCGGGAATGAATATTCTAAATACTTTACCACCCGGAGCGGGGTTTTTTTTATAAAAATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCa < 1:988765/150‑1 (MQ=255) aaTTCTTTTTTTTGATAAATTAATTTCTTTATTTTTTCATTTGAAATAAACTTTTTTATTCCTTTACCGACCAGGGCGGGGTTTTTTTAAAAAAGATAAAAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCa < 2:530992/150‑1 (MQ=255) ttcattcGTTTGATGAATTAATTTCGTGATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACTAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCa > 2:268558/1‑145 (MQ=255) tttttttGATAAATTATTTTCTTTTTTTTTTCATCTGGCATAAACATTCTTAATCCTTTACCGACCAGAGGGGGGGTTTTTTTATAAAGATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCaat < 1:260203/145‑1 (MQ=255) ttgttttaataatttatttTCTTTATTTTTTCTTCTGGAATAAACTTTTTAAATCCTTTCCCAACCAGGGCGGGGTTTTTTTAAAAAATACCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCaa < 2:785667/135‑1 (MQ=255) ttcTTTTGATAAATTATTTTTTTTTTTTTTTCATCTGGAATAAACTTTTTTAATACGTTACCGCCCAGGGGGGGGGTTTTTTTAAAAAAATAAAACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCaat < 1:272530/149‑1 (MQ=255) cGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCaataat > 1:808857/1‑150 (MQ=255) aattatttTCGTTATGTTTTCATCTGGAATAAACATTTTTAATACTTGACCGTCCAGGGGGGGGGTTTTTTAAAAAAGAAAATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAatcat < 2:334522/147‑1 (MQ=255) aattaattTCTTTTTTTTTTCATCTGGCATAAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGGGCGGGGGTTTTTTTATAAAAATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAatc < 1:250933/145‑1 (MQ=255) taattTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCacaac > 1:960605/1‑150 (MQ=255) attttCTTTTTTTTTTCTTCGGGAATGAACTTTTTAAATCCTTTACCGACCGGAGCGGGGGTTTTTTTAAAAAAATCAAACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAatc < 1:563997/139‑1 (MQ=255) tttCTTTATTTTTTCATCTGAAAAAAACTTTCTAAATACTTTACCAACAAGGGGGGGGTTTTTTTAAAAAAAATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCacaaca < 2:272175/148‑1 (MQ=255) tttCGTTATTTTTTCATCTGGAATGAACTTTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGTTTTTTTATAAAAATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATc < 1:660037/150‑1 (MQ=255) ttATTTTTTCATCTGGCATGAACTTTCTTAATACGTTATCGACCAGGGGGGGGGTTTTTTTATAAAAATCAAACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTaaa < 1:282148/149‑1 (MQ=255) tatttttaaaTCTGGAATAAAATTTATTAATACTTTCTCTCCCAGGGCGGGGTTTTTTTAAAAAAGACCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTaa < 2:176915/138‑1 (MQ=255) tttttCATTGGGCATAAACTTTTTTAATACGTTATCGCCAAGGGGGGGGTTTTTTTTAAAAAGATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAg < 1:458247/149‑1 (MQ=255) cATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTAtt > 1:676233/1‑151 (MQ=255) cATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTAtt > 2:222848/1‑151 (MQ=255) aTCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTAttt > 2:1003828/1‑151 (MQ=255) tCTGGCAAAAACATTTTAATTCCTTTACCGCCAAGAGCGGGGTTTTTTTTAAAAAGTTCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTAtt < 2:1031823/149‑1 (MQ=255) tGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCt > 2:976401/1‑151 (MQ=255) tGGCATAAACATTTTTAATCCTTTACCGCCCGGGGGGGGTGTTTTTTTAAAAAAATCAAAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTAtt < 1:308759/147‑1 (MQ=255) gtcataaattttCTCAACACTTAATCGCCCAGATGGGGTGTTTTTTAATAAACATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTa < 2:968343/141‑1 (MQ=255) aTGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTacac > 1:852153/1‑151 (MQ=255) gAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTAcaca > 1:435641/1‑150 (MQ=255) aaCTTTTTTAATACTTTATCGACCAGGGGGGGGGTTTTTTTAAAAAGATCAAACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTAcaca < 1:546663/149‑1 (MQ=255) aaCATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAAc > 2:42553/1‑151 (MQ=255) aaCATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAAc > 1:132056/1‑151 (MQ=255) ttCTTAATGGTTTACCAACCAGGGCGGGGGTTTTTTTAAAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAAcc < 1:3461/148‑1 (MQ=255) attcGTTATCGACCAGGGCGGGGGTTTTTTTAAAAAGATCATACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCt < 1:229137/147‑1 (MQ=255) ttACCGACCAGGGGGGGGTTTTTTTTAAAAAGATAAAACCCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGaca < 1:702426/149‑1 (MQ=255) aCCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGc > 1:303421/1‑150 (MQ=255) gCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACtt > 2:951481/1‑151 (MQ=255) ttGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCgg > 2:583635/1‑148 (MQ=255) | CTAAAACTGGTTAACTGTGACGAACTGAATTTTCAGGACAGAATGTGAATTTACATGACACTTAATTCATTCGTTTGATGAATTAATTTCGTTATGTTTTCATCTGGCATGAACATTCTTAATACGTTATCGACCAGAGCGGGGGCTTGTTTATAAAGATCATAACCCGCCATATTCATTAACCAGTTTTGAACAATTCCGCTGAAGGCACCATCAATAATAATCATCACAACATCTAAATCGAGGTTATTTGCTACACAACCTTGTTGCTGACACGCCTGCAATACTTCGCGG > NC_000913/3412753‑3413046 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |