| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 898,598 | 0 | T | A | 48.0% | 17.4 / 10.4 | 25 | A27A (GCT→GCA) | rlmC | 23S rRNA m(5)U747 methyltransferase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/3); new base A (0/12); total (10/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.08e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTAT > NC_000913/898454‑898738 | cggcggTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAAcc > 1:3725/1‑151 (MQ=255) ggTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGTTAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAAccgccg > 1:353398/1‑151 (MQ=255) gtATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGAc > 2:120427/1‑151 (MQ=255) ataATCGCCCCCCGTGATGATGTGAAGGTAAATGTATGCGGGGCGCATTTGACGGGGCGGGTCTCTTTCTTCCCTGTCAGGGGATAATACAGCCGTTCCCAGAGAACCTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACtt < 1:270963/151‑1 (MQ=255) atccgccgCCCCGGATGATGTGAGGGTAAATGTATGCAGTGCGCATTTTCCGACGCGGGTCGTTGTCGTCCCGGTAAGTGGATAATGAAGCCGATTCCAGAGCAACTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTc < 1:316489/135‑1 (MQ=255) ccccTGATGATGTGAAGTTAAATGTATGCAGTGCGCCCTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCACCTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGa < 2:118656/150‑1 (MQ=255) gatgatGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAAt > 2:183258/1‑150 (MQ=255) gatgTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTg > 2:509897/1‑151 (MQ=255) tgtgAAGGTAAATGTATGCAGTGCGCATTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGt < 2:314996/148‑1 (MQ=255) aTGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTc > 1:536948/1‑150 (MQ=255) aTGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTc > 2:469766/1‑150 (MQ=255) cgcATTTTACGCCGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATCCCAGAGCAACTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACa < 2:235040/150‑1 (MQ=255) cgcTTTACGACGCGGGTCGCTGTCTTTCCTGTCAGGGGATAATGCAGCCGATTCCAGACCACCTCTCCGAAAAAGCCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACa < 1:62980/146‑1 (MQ=255) tgacgaggGGGTTCGCTGTCGTTCCTGAAAGTGAATAATGCACCCTATCCGAGAGCACCTCTCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGtt < 1:481326/148‑1 (MQ=255) taccgccgcgGTTCGTTGTCGTCCCTGTCAGGGAATAGTGCGGCCGTTCCCAGAGCACCTCCCCCAAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGtt < 1:499574/144‑1 (MQ=255) gcgcgccGCTGCCGTCCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCTATCCCAGACAAACTCCCCGAAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaata < 1:335046/145‑1 (MQ=255) gggTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGAATAATGCAGCCGTTTCCAGAGCACCTCTCCCCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGtaat < 2:124087/148‑1 (MQ=255) gggTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGAAAAATGCAGCCGATTCAAGAGCACCTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGttt < 2:187175/142‑1 (MQ=255) gTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAtgg > 2:165730/1‑150 (MQ=255) ccTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATggtggt > 2:97083/1‑151 (MQ=255) ccTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAAtg < 1:99910/146‑1 (MQ=255) taaggggAAAATGCGGCCGATCCCAGACCAACCCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGa < 1:95127/144‑1 (MQ=255) aaggggccctatcccAGAGCAACTCCCCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGt < 1:509164/132‑1 (MQ=255) gaacacccctcCGCAAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCt < 2:353492/141‑1 (MQ=255) aaCTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTAt > 1:40156/1‑151 (MQ=255) | CGGCGGTTCTTCCAGTTGCAATAATGTGTATAATCGTCGCCCCTGATGATGTGAAGGTCAATGTATGCAGTGCGCACTTTACGACGCGGGTCGCTGTCGTTCCTGTCAGTGGATAATGCAGCCGATTCCAGAGCAACTCTCCGCTAAAACCGCCGATCTTAAAAATCTGCTCGCCGACTTTCCGGTTGAGGAATGGTGCGCGCCGGTGTCAGGCCCGGAACAAGGGTTTCGTAATAAAGCCAAAATGGTGGTGAGTGGTAGCGTTGAAAAACCACTGCTCGGTAT > NC_000913/898454‑898738 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |