| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | 4542682 = | 7 (0.130) | 60 (1.170) | 57/280 | 0.0 | 86.6% | intergenic (+49/‑433) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| ? | NC_000913 | 4542996 = | 12 (0.230) | intergenic (+363/‑119) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
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CCATACTGTGCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCTATATGTAAAG > NC_000913/4542534‑4542830 | attgccagagttttaattttcatgctgctttcctttcaaaaaactatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGcc < 1:298500‑M1/8‑1 (MQ=255) gCGTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttt > 2:501963‑M1/1‑148 (MQ=255) ttATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttg < 1:728231‑M1/150‑6 (MQ=255) cctccagtACTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTAATAAACGAAAAATTACAAAGAGAAGAGGATTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACCATTGGGGCCAttttgactc > 2:334143‑M1/4‑140 (MQ=255) ccGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcat > 1:158575‑M1/1‑140 (MQ=255) taattttcatgctgctttcctttcaaaaaactatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCatat > 1:341680‑M1/130‑150 (MQ=255) attttcatgctgctttcctttcaaaaaactatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCat < 1:336528‑M1/24‑1 (MQ=255) tttcatgctgctttcctttcaaaaaactatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCata < 1:393582‑M1/25‑1 (MQ=255) tAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagagga > 1:296169‑M1/1‑133 (MQ=255) aaTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCataaat > 2:571682/1‑151 (MQ=255) aaTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATCataaa < 1:406879/150‑1 (MQ=255) aTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaa > 1:109411‑M1/1‑131 (MQ=255) aTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAAATGGGGCCAttttgactcatagaggaaag < 2:448365‑M1/151‑21 (MQ=255) 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tatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAACTAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCAt < 1:71107‑M1/53‑1 (MQ=255) ttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaa < 1:692887‑M1/55‑1 (MQ=255) tctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaaa < 2:810885‑M1/56‑1 (MQ=255) aaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAat < 1:152765‑M1/59‑1 (MQ=255) ataatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttg > 1:421134‑M1/1‑98 (MQ=255) ataatCTCATAAACGAAAAAATAAAAAGAGAAGAGGTGTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagatgaaagcatcgcggcaaaactttttcagtttatttgttg < 2:694234‑M1/151‑54 (MQ=255) taatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttgg > 1:465311‑M1/1‑97 (MQ=255) cgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTa < 2:246916‑M1/63‑1 (MQ=255) aatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGTCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttgg < 2:568123‑M1/150‑55 (MQ=255) aatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttgg < 1:791806‑M1/150‑55 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |