| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 45.5% | 47.9 / 21.6 | 44 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/7); new base A (0/20); total (17/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGG > NC_000913/29348‑29646 | tAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAAtata > 1:72502/1‑150 (MQ=255) attGTAAATTTTG‑CCATTTTGTCCAACTTTTTCCTCCCCTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATaaaa < 1:573403/149‑1 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAAt > 1:119142/1‑151 (MQ=255) aaaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTGCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAAt < 1:50072/150‑1 (MQ=255) gACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCAt > 2:15021/1‑151 (MQ=255) cATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTa > 1:297270/1‑150 (MQ=255) tGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTg > 1:468412/1‑151 (MQ=255) tttttCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAgc > 1:333295/1‑151 (MQ=255) ttCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGcc > 1:411903/1‑151 (MQ=255) tCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTTCC‑AGAACAGTTTAGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGccc < 1:42444/146‑1 (MQ=255) tttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:369179/1‑151 (MQ=255) ttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTcc > 1:230547/1‑150 (MQ=255) tttATTTCATGCATTTTTTTTGCTGCGAAAGCTTTTTCC‑AAAACGGTTTAAATAATTTTTTTGTCGTTTAATGCCTGAAAAACATGAAG‑GACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCa < 1:187196/150‑1 (MQ=255) tATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGACACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTATTAGCGCCCATATCTCCAGa > 2:227790/1‑150 (MQ=255) ttGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGcc > 2:238081/1‑148 (MQ=255) ttGCTGCGAAAGCTTTTTCC‑AAAACAGTTTAGATGTTTTTTTTGTCGTTTAATCCCTGAAAAACATGCAT‑GAGCCAAAAAATAATATAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGccgccg < 1:497229/142‑1 (MQ=255) tgctgcGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGa > 1:539449/1‑150 (MQ=255) gcAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgt > 1:70021/1‑151 (MQ=255) 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aaaaaaaaATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagt < 2:487254/139‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaaaaaaACCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATAtt < 2:71777/150‑1 (MQ=255) aataatAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATtctc < 1:6569/151‑1 (MQ=255) tataAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTgg > 1:68408/1‑149 (MQ=255) taAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAggg > 1:459255/1‑151 (MQ=255) taAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAggg > 1:479054/1‑151 (MQ=255) | TAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCAT‑GAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGG > NC_000913/29348‑29646 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |