Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,634,152 | T→C | pseudogene (307/1194 nt) | yhiL ← | pseudogene, DUF4049 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,634,152 | 0 | T | C | 98.6% | 291.1 / ‑4.2 | 73 | pseudogene (307/1194 nt) | yhiL | pseudogene, DUF4049 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (34/38); total (34/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.58e-01 |
CATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATAAACGTATCAGTAGTATTGTCGGCGAATCTATTATATTCTTGAATATCTATAGAAGGTTCACTATTATAAAACCATACTTTCTCCATCTGGTGACTACGATCATTTACCTTCCAGTGACCATGTTGCAGGAAATAGATGATATGCAGGCCAAAATCGTT > NC_000913/3634005‑3634299 | cATCAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATAAACGTATCagcagt > 1:588146/1‑151 (MQ=255) cAACTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATAAACGTATCAGCAGTAtt < 1:867903/151‑1 (MQ=255) aaCTTTATAAATTATATCTGATTTATCTCCAGAGGAATTAATAAAATAATAACCGCCCTTACACTCAACAGTAACGGTAATGGGAGACGATAATTTTAACACATGGTTATTGTCTGGTATAATTGTAAAGATAAACGTATCAGCAGTATTg < 2:577741/151‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |