Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,607,712 | C→T | intergenic (‑12/‑91) | rsmC ← / → holD | 16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase, SAM‑dependent/DNA polymerase III, psi subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,607,712 | 0 | C | T | 98.4% | 238.1 / ‑3.7 | 63 | intergenic (‑12/‑91) | rsmC/holD | 16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase, SAM‑dependent/DNA polymerase III, psi subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (24/38); total (25/38) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 |
ATGAGCACGGCTGGCCGCGGTATCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTCAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCATTACCCAGTGGTCGCT > NC_000913/4607566‑4607858 | aTGAGCACGGCTGGCCGCGGTATCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAAtt < 2:438242/151‑1 (MQ=255) gAGCACGGCTGGCCGCGGTATCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTg > 2:864237/1‑150 (MQ=255) gAGCACGGCTGGCCGCGGTATCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGa < 1:1002841/151‑1 (MQ=255) aGCACGGCTGGCCGCGGTATCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTCGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGAt < 2:558634/151‑1 (MQ=255) ggCCGCGGTATCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTggcggc < 1:746049/151‑1 (MQ=255) gcgGTATCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGAtt < 2:797273/151‑1 (MQ=255) gcgGTATCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGAtt > 2:994581/1‑151 (MQ=255) cgGTATCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGAtt > 2:952258/1‑150 (MQ=255) cgGTATCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATta < 2:289654/151‑1 (MQ=255) aTCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTCAATTGATACTGGCGGCGATTATAGc > 1:348800/1‑151 (MQ=255) aCGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATg > 2:468055/1‑151 (MQ=255) gctcgGGAAGGTCATCCTGTAAGTCACCGGCAAACAGAATACGGCTTTGGTCGAAAGCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCGGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGtt < 1:90049/148‑1 (MQ=255) cgGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGgc < 2:698081/151‑1 (MQ=255) gggCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGgcg > 1:362896/1‑151 (MQ=255) gggCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGgcg < 2:721504/151‑1 (MQ=255) gggCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGgcg < 1:662055/151‑1 (MQ=255) gTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTAt < 2:558780/151‑1 (MQ=255) aTCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATcga < 1:607920/151‑1 (MQ=255) gTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAAt < 2:789682/151‑1 (MQ=255) aaGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAAttt > 1:184988/1‑151 (MQ=255) gTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCACCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCGCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAAt > 1:253994/1‑147 (MQ=255) ccGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCtat > 2:804150/1‑150 (MQ=255) ccGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCta < 1:258659/149‑1 (MQ=255) gCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATAttt < 1:632780/151‑1 (MQ=255) gCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATAttt > 2:65098/1‑151 (MQ=255) gCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATAttt < 1:452692/151‑1 (MQ=255) aaaCAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTgc > 2:747453/1‑151 (MQ=255) aaaCAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTgc < 1:188939/151‑1 (MQ=255) aaaCAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTgc < 1:197516/151‑1 (MQ=255) aaaCAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTgc < 1:858419/151‑1 (MQ=255) aCAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTgcgc < 1:944085/151‑1 (MQ=255) cAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGcc > 1:917564/1‑151 (MQ=255) aaTACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCt > 1:872528/1‑151 (MQ=255) aCGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGac < 1:117046/151‑1 (MQ=255) cGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGaca < 1:477947/151‑1 (MQ=255) ggCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGaca > 1:768642/1‑150 (MQ=255) gTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGa < 1:517706/150‑1 (MQ=255) ttCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGc > 2:632025/1‑151 (MQ=255) 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ttGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGtt > 1:480237/1‑150 (MQ=255) tGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTAc > 2:607341/1‑151 (MQ=255) gCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTAc < 2:335213/150‑1 (MQ=255) gCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTAc > 2:176792/1‑150 (MQ=255) gCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACa < 1:109483/151‑1 (MQ=255) gCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACa < 1:496469/151‑1 (MQ=255) cGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGc > 2:966457/1‑151 (MQ=255) ggggTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGc > 2:1003281/1‑150 (MQ=255) ggTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAAc < 1:685089/151‑1 (MQ=255) ggTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAAc < 1:61261/151‑1 (MQ=255) aaTGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTggg > 2:308981/1‑151 (MQ=255) aaTGCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTggg < 1:954183/151‑1 (MQ=255) gCAGACATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCAt > 2:254904/1‑151 (MQ=255) aCATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCATTAcc > 2:948154/1‑151 (MQ=255) cATGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCATTAccc < 2:377841/151‑1 (MQ=255) aTGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCATTACCCa < 2:164285/151‑1 (MQ=255) aTGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCATTACCCa < 1:952098/151‑1 (MQ=255) aTGGAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCATTACCCa < 1:864089/151‑1 (MQ=255) ggAATGCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCATTACCCAg < 1:323848/150‑1 (MQ=255) gatccttAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACCACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTTCAGCAACTTGGCATTACCCAGGGGTc > 1:493523/3‑150 (MQ=255) gCTCCTTAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCATTACCCAGTGGTc < 1:932796/150‑1 (MQ=255) tccttAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCATTACCCAGTGGTCGc > 1:901688/1‑150 (MQ=255) ccttAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCATTACCCAGTGGTCGCt < 2:173027/150‑1 (MQ=255) | ATGAGCACGGCTGGCCGCGGTATCTAAACGCGCGGGCAGGTCATCCTGTAAGTCTCCGGCAAACAGAATACGGCTTTGTTCGAAATCATCACTGTGACGCAGCAAGACTTCACTTGCCGGGGTAAATGCAGACATGGAATGCTCCTCAATTGATACTGGCGGCGATTATAGCCATATGTTGGCGCGGTATCGACGAATTTGCTATATTTGCGCCCCTGACAACAGGAGCGATTCGCTATGACATCCCGACGAGACTGGCAGTTACAGCAACTGGGCATTACCCAGTGGTCGCT > NC_000913/4607566‑4607858 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |