| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,495,641 | A→C | intergenic (‑349/‑4) | yfdY ← / → lpxP | DUF2545 family putative inner membrane protein/palmitoleoyl‑acyl carrier protein (ACP)‑dependent acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,495,641 | 0 | A | C | 98.7% | 315.9 / ‑3.4 | 79 | intergenic (‑349/‑4) | yfdY/lpxP | DUF2545 family putative inner membrane protein/palmitoleoyl‑acyl carrier protein (ACP)‑dependent acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base C (37/41); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
CATTCATGCTCCTCGTGGTTATGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTAACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTCTACATCCTCGCTACTGGCTCACATGGTTTGGGCTTGGTGTACTCTGGCTTTGGGTACAGCTTCCTTATCCTGTTCTCTGCTTTCTCGGCACGCGTATTGGCGCAATGGC > NC_000913/2495497‑2495787 | cATTCATGCTCCTCGTGGTTATGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATg < 1:409042/151‑1 (MQ=255)cATTCATGCTCCTCGTGGTTATGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATg > 1:398179/1‑151 (MQ=255) ttCATGCTCCTCGTGGTTATGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGtt > 1:732329/1‑151 (MQ=255) cATGCTCCTCGTGGTTATGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGttt < 1:527090/150‑1 (MQ=255) cATGCTCCTCGTGGTTATGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGttt < 2:806805/150‑1 (MQ=255) aTGCTCCTCGTGGTTATGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTcc < 1:968271/151‑1 (MQ=255) cctcGTGGTTATGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACaa < 2:215090/150‑1 (MQ=255) cctcGTGGTTATGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAAt > 1:836757/1‑151 (MQ=255) ggTTATGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAAt > 1:308261/1‑151 (MQ=255) tATGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAAtttt > 2:1072623/1‑151 (MQ=255) aTGTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTc < 1:287785/151‑1 (MQ=255) gTCCTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTccc > 1:852700/1‑151 (MQ=255) ccTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCcgc < 2:1114684/151‑1 (MQ=255) cTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCcgcg > 2:432264/1‑151 (MQ=255) cTGACTAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCcgcg > 1:1103921/1‑151 (MQ=255) tAGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGttt > 2:961694/1‑151 (MQ=255) aGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGtt < 2:265309/149‑1 (MQ=255) aGTCTTTACACTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTc < 1:875661/151‑1 (MQ=255) 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cacTCTTTACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTCTACATCCt < 2:353796/151‑1 (MQ=255) ttACAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTCTACATCCTCGc < 1:740001/148‑1 (MQ=255) caCAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTCTACATCCTCGCTAc > 2:460784/2‑150 (MQ=255) aCAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTCTACATCCTCGCTAcc < 2:567209/150‑2 (MQ=255) aCAGGAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTCTACATCCTCGCTACt < 1:1125636/150‑1 (MQ=255) ggAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTCTACATCCTCGCTACTGGCt > 1:835092/1‑151 (MQ=255) gAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTCTACATCCTCGCTACTGGCTc > 1:460166/1‑151 (MQ=255) gAACCATTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTCTACATCCTCGCTACTGGCTc > 1:1091261/1‑151 (MQ=255) aTTGTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTCTACATCCTCGCTACTGGCTCACATg > 1:418573/1‑151 (MQ=255) gTCGTACATGATGGCCCAACCAATTGAGTGTACCGCTGTCGACATGGAATCTTCTGCGATACAACAATTCGTATCTACAGAAGGTCACTATGTTTCCACAATGCAAATTTTCCCGCGAGTTTCTACATCCTCGCTACTGGCTCACATGGt < 1:135418/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |