| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,354,843 | G→T | intergenic (‑126/+111) | lysU ← / ← dtpC | lysine tRNA synthetase, inducible/dipeptide and tripeptide permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,354,843 | 0 | G | T | 98.5% | 270.1 / ‑3.1 | 68 | intergenic (‑126/+111) | lysU/dtpC | lysine tRNA synthetase, inducible/dipeptide and tripeptide permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base T (25/42); minor base . (1/0); total (26/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
CCCGTGTTTCTTGTTCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGG > NC_000913/4354696‑4354986 | cccGTGTTTCTTGTTCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTtata < 1:1109853/151‑1 (MQ=255) ccGTGTTTCTTGTTCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTatat < 2:685239/151‑1 (MQ=255) ccGTGTTTCTTGTTCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTatat > 2:371210/1‑151 (MQ=255) ccGTGTTTCTTGTTCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTT‑ATATc > 2:154786/1‑151 (MQ=255) ttCTTGTTCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACta < 2:652536/150‑1 (MQ=255) ttCTTGTTCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACta < 2:487910/150‑1 (MQ=255) ttCTTGTTCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACta < 2:282340/150‑1 (MQ=255) tGTTCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACtaat < 1:125091/148‑1 (MQ=255) cAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAataaataa < 2:825777/150‑1 (MQ=255) aGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAAcc < 2:101224/151‑1 (MQ=255) aCATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCGTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCAt < 1:182184/151‑1 (MQ=255) aTTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCa < 2:754752/151‑1 (MQ=255) aTTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCa < 2:522167/151‑1 (MQ=255) aTTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCa < 2:927474/151‑1 (MQ=255) tGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCaaaa < 2:569259/150‑1 (MQ=255) ccTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGttt < 2:919600/151‑1 (MQ=255) aaaTCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTGCACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTGCCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTaaa < 2:703041/149‑1 (MQ=255) aaaTCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTaa < 1:989001/148‑1 (MQ=255) 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cAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAAtct < 2:898354/151‑1 (MQ=255) aaTTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAAtctc > 1:347447/1‑151 (MQ=255) aGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGAtt < 1:1077160/150‑1 (MQ=255) gATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAgt < 2:617966/151‑1 (MQ=255) aaaGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGtt < 2:689168/151‑1 (MQ=255) aaaGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGtt > 2:121936/1‑151 (MQ=255) gaCAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATaa > 2:943827/1‑150 (MQ=255) aGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTg < 1:721974/151‑1 (MQ=255) aGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTg < 2:283578/151‑1 (MQ=255) gATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTg > 1:420776/1‑150 (MQ=255) cGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGaaa < 2:1110019/150‑1 (MQ=255) ggTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGt > 1:344982/1‑151 (MQ=255) tACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGtt > 2:445943/1‑150 (MQ=255) acTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAAtt > 2:521793/1‑151 (MQ=255) gTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAAttt < 2:531430/149‑1 (MQ=255) attatCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTc < 1:833828/151‑1 (MQ=255) tatCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCa < 1:445482/150‑1 (MQ=255) tatCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCa < 2:1081804/150‑1 (MQ=255) tatCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCAt > 1:177367/1‑151 (MQ=255) tCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATa > 2:49142/1‑150 (MQ=255) gCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATaa < 2:432291/148‑1 (MQ=255) gCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATa < 1:1104953/147‑1 (MQ=255) gCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATa < 2:783182/147‑1 (MQ=255) gCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAAcc > 1:523848/1‑150 (MQ=255) ccTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCa > 1:511899/1‑150 (MQ=255) cTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAAt > 1:834671/1‑151 (MQ=255) cGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAAtt < 2:114299/150‑1 (MQ=255) aCTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtt < 1:309036/151‑1 (MQ=255) tATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt > 2:619595/1‑151 (MQ=255) aTTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGtttt < 1:1107405/150‑1 (MQ=255) 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cAAGTTTATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCgg < 1:474253/150‑1 (MQ=255) | CCCGTGTTTCTTGTTCAGACATTTTGGTTCCTCTAAATCCAGCTTTCAATTTAGCGTAGATAAAGAGACAGATCGGTACACTGTATTATCTGCCTCGACTATTAGTAACTCAGTTTATCTTATCGAAACTAACGCTTACCTCAAGTTGATATCACTAATAAATAACCATCAAAATGGTTTAAATGACTTATTAATCTCGATTTGTTAGTGTTATAAACTGAAAGTTAATTTATTCATAACCAATTGTTTTTACGACAGTTAATCGTTGCTCTCCTGTATCATATTCGTCGG > NC_000913/4354696‑4354986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |